山奥の工事現場に怪獣が出現！だが、その怪獣は何故か突然死んでしまった！？山奥に怪獣の調査に向かうアユムと後輩のカミヤだったが、その山中に同種の怪獣が現れ、追いかけ回された2人は遭難してしまう…。ひたすらに街へを歩み続ける怪獣の本当の目的とは？
度重なる戦闘の疲労によりソラトが風邪をひいてしまった！コウセイは看病の傍ら、オメガのフェイク動画で再生数を稼ぐオオカミ君の配信を視聴する。レキネスに共鳴する三日月型の石を、再生数を伸ばす為狙うオオカミ君と野次馬達から守るため、ソラト不在の中、コウセイは街中を走り回ることに！？
5階建ての「大屋日の出ビル」。1~3階に位置している太陽倉庫のほかに、4階と5階には別の会社が入っている。 ４階の会社は「ジャパンサイバーアップ株式会社」。その代表取締役社長の「アカジ ナリアキ」って、一体全体どんな人？！ ソラトとコウセイ、そしてオメガは、彼の目からはどう見えているのだろうか。
朝食のバナナを取り合うソラトとコウセイに、冬眠中の怪獣が発見されたというニュースが舞い込む。調査に来ていたアユムと合流し、冬眠中の怪獣を匿う日本有数の大企業「カネナリコーポレーション」に潜入する3人だったが、そこでアユムは怪獣保護を謳うカネナリ社長にスカウトされてしまう…！
ソラトとコウセイに密着取材の依頼が舞い込んだ！？ 熱心な記者のマキによる本気の密着取材で、いつもの調子がでないソラトとコウセイ。 遂に、温泉地に出現した怪獣を取り逃がしてしまった事をきっかけに、2人は大喧嘩になってしまう！
怪獣退治にも置いて行かれ、オメガが世間からなかなか支持を得られないニュースにも苛立つコウセイは、再びグライム出現の知らせに飛び出してしまう。 一方、NDFのタイラ カズヤスと合流したアユムはグライムの捕獲作戦を実行するが、事態は思わぬ方向に動き出す。
怪獣と向き合う事にコウセイを巻き込んでしまっていた事を後悔し、太陽倉庫を出ていく決意をするソラト。\nソラトが去り、失意の中さまようコウセイは、現場調査をする研究者の女性との出会いと交流の中で、自らのやりたかった事を問いなおす。 その頃、ドグリドまでも取り込み、更に強力になったエルドギメラを倒す為、NDFでは一大作戦が計画されていた。
エルドギメラとの戦いの中で、レキネスを呼び出す姿をアユムに見られてしまったコウセイ。 コウセイはソラトと共に、脱線しながらも今までの出来事を思い返し、アユムへの説明の仕方に悩む。 アユムが到着し、緊張に包まれた太陽倉庫の中に、1匹の珍客が訪れる！？
大仁市に黒いメテオを首に掛けた謎の男が舞い降りた。 一方その頃、太陽倉庫にコウセイが現場調査で知り合ったウタ サユキが突如訪れる。 アユムの師でもある天才科学者のウタ サユキとのマイペースなやりとりも束の間、ソラトの命を執拗に狙う侵略者の魔の手が襲い掛かる…！
謎の生命体ゾヴァラスは、黒いメテオを持つメテオカイジュウ・ヴァルジェネスと、オメガの過去に深く関わっていた。\n怪獣を操る強力な能力を持つゾヴァラスからヴァルジェネスを救う為、サユキとアユムに頼る決心を固めるソラトとコウセイ。 オメガ抹殺と地球支配を目論むゾヴァラスを打倒する為、4人はNDFも巻き込んだ決死の作戦を開始する！
サユキから怪特隊特務班の誘いを受け、チームへの参加を決心するソラトとコウセイとアユム。 活動拠点として太陽倉庫に機材を準備する中、いきなり初任務として、漁港に現れた怪獣の調査任務が舞い込む！？ 謎の怪獣調査の為、ソラト達は新型装備を手に、怪特隊として初出動する！
