東京オリンピックを翌年に控えた1963年。多くの炭鉱が閉山に追い込まれる中、端島にはいつも通りの正月が訪れていた。 その頃、園芸部での活動に熱を上げる朝子（杉咲花）は、鉄平（神木隆之介）に育てた鉢植えを見せる。 うれしそうな朝子を見て、うれしくなる鉄平。2人の距離は確実に近づいているようだった。 一方、賢将（清水尋也）はある決意をし、鉄平にだけその胸の内を打ち明ける。 そんな中、進平（斎藤工）とリナ（池田エライザ）が荒木家を訪れる。リナを追手から命懸けで助けて以来、仲を深めた2人は、ある報告を告げにやってきた。 一方現代では、自分といづみ（宮本信子）に血縁関係がないこと、そしていづみの本当の名前が“朝子”だと知った玲央（神木）は、自分と鉄平の関係を探るため、鉄平が残した10冊もの日記をひも解くことに。するとその中の1冊に、“種”のようなものが挟まっていて…。