地球侵略を狙う異次元人ヤプールが、コンビナートに超獣ベロクロンを送り出した。ベロクロンの攻撃により街は破壊され、北斗星司と南夕子は命を落としてしまう。だが、そのとき、ウルトラの奇跡が起きる！
宇宙より飛来した金の卵と、地中から現れた銀の卵が東京で合体した。孵化する前に退治しようとTACは攻撃を開始するが、逆にレーザーのエネルギーを吸収し、超獣カメレキングが生まれてしまった。
パトロール中の南は、空を割って出現した超獣が旅客機を襲う光景を目撃する。超獣を確認できなかったTACは単なる航空機事故と断定するが、北斗は南を信じ、単独で調査を開始する。
発見された3億年前の古代魚が、ヤプールに持ち去られた。一方、美川隊員は同窓生の人気漫画家・久里虫太郎の家に招かれるが、それはヤプールの陰謀だった。古代魚は、久里が描く絵から超獣ガランに改造され……。
O型女性ばかりが異次元アリ地獄に飲み込まれる事件が続発。すべてはギロン人と、超獣アリブンタの仕業だった。TACは万能戦車ダックビルで出撃するが超獣の逆襲を受け、エースもギロン人に捕らえられてしまう。
月から帰還する宇宙船・新星号が大気圏突入の直前に消息を絶った。パイロットの小山は奇跡的に生還するが、超獣ブロッケンに憑依されていた。息子の敦は父親の異変に気づき、TACに知らせようとするが。
妖星ゴランが、地球に衝突するコースで接近していた。七日後に迫る衝突を回避するためTACは迎撃ミサイル・マリヤ1号の準備を急いでいた。しかし、復讐の鬼・メトロン星人Jr.によって、マリヤ1号は破壊されてしまう。
メトロン星人Jr.と超獣ドラゴリー、さらに怪獣ムルチも妖星ゴランの影響で地中より復活した。3対1の戦いで、エースは激しく消耗してしまう。刻一刻と妖星ゴランは地球に迫る。マリヤ2号の完成は間に合うのか？
雑誌カメラマン・鮫島純子は、超獣ガマスの撮影に成功する。超獣はすぐに姿を消すが、それは策略だった。二次元の世界を行き来できるガマスは、写真のフィルムに潜伏し、大量印刷による増殖を待っていたのだ。
超獣ザイゴンが出現。この騒動に、村野ルミ子と坂田次郎が巻き込まれた。その危機を救ったのは、次郎たちに別れを告げて故郷へ帰ったはずの郷秀樹だった。再会を喜ぶ次郎だが、北斗は疑問を感じ……。
TACの第三レーダー基地が、くの一超獣ユニタングに襲撃された。ユニタングは姿を消したが、北斗は現場付近にいた10人の女子大生を不審に思い、調査を開始する。だが、逆にヤプールに捕まってしまい……。
超獣サボテンダーが出現。一度はエースに敗れるが、赤いサボテンの花に姿を変え、復活の時を待っていた。人を襲うサボテンの存在を知ったTACは、持ち主の三郎少年からそれを確保し宇宙空間で処分しようとするが。
空に浮かび上がるウルトラサインを確認した星司と夕子。エースは4兄弟と合流し、ゴルゴダ星に降り立つ。だが、それはヤプールの仕掛けた罠だった。エースのいない地球に、超獣バラバが出現する！
兄弟を盾にとられたエースは敗退する。TACの高倉司令官は、超光速ミサイルによるゴルゴダ星の爆破を決定。北斗をミサイルの誘導パイロットに任命する。一方、ヤプールは異次元超人エースキラーを誕生させていた！
岡山へ帰郷した今野隊員は、カブトガニと話ができるという少年・夢二と出会った。カブトガニは超獣の襲来を夢二と星司に伝えた。身体を透明化して潜伏する超獣キングクラブとの戦いが始まった！
吉村隊員は帰省の途中に、ヒッピー風の青年・高井と出会う。高井青年はふざけて、牛の霊を祀った塚から鼻ぐりを持ち出し右腕にはめる。その夜、高井の身体に異変が起こり、遂には牛神超獣カウラに変貌する！
対超獣用兵器の輸送ルートであるほたるヶ原バイパスで交通事故が多発。奇妙なことに、搭乗者は白骨化していた。調査に赴いた夕子は車椅子の少女・民子と出会い、親しくなる。
星司と夕子は、鳩を自在に操ることが出来る少年・三郎と出会う。星司は、開発中の無人飛行機の制御に、鳩の帰巣本能を利用することを思いつき三郎の鳩・コジロウを借りる。だが、そこにヤプールが目をつけて……！
嘘つき少年・安夫は、超獣キングカッパーが春山邸のプールに変身する光景を目撃するが、誰も信じてくれない。春山夫妻は安夫の姉や友達をプールに招き入れる。その夜、子どもたちはカッパ人間に変身してしまう。
空を飛ぶ豪華客船を目撃した北斗は、休暇を取り、個人的に事件の調査を開始する。その際、北斗は船乗りを目指す青年・篠田一郎と出会う。二人は事件の真偽を巡って激しく衝突しつつも、友情を深めていくのだった。
ある朝、家政婦として雇って欲しいと竜隊長の元を訪ねてきた一人の少女。竜は丁重に断ると、少女は謎めいた言葉を残し去って行く。彼女は乙女座の精・アプラサで、ヤプールの侵略計画に利用されていたのだ……。
ヤプールの手先・宇宙仮面がTAC本部に侵入。その追跡中に美川隊員が重傷を負ってしまう。彫刻家・坂井に助けられ、親しくなる二人。坂井は幼稚園の子どもたちの為に超獣の模型を作っていた……。
奇妙な歌と踊りで子供たちを洗脳する謎の老人。それは、子供を異次元に連れ去ることで人類の未来を絶とうというヤプールの企みであった。北斗は単身、異次元に乗り込む。ヤプールとの最後の戦いが始まる！
健太少年の母・よし子は、赤い雨に打たれた日から奇行を見せるようになる。ある夜、よし子は寝床を抜け出し、超獣マザリュースに我が子のように呼びかけるのだった。それはヤプールの残党・マザロン人の仕業だった。
小学校の校庭に、突如出現したピラミッド。噴出した赤いガスを吸って次々倒れていく子供たち。その中で、唯一無事だった少女ミチル。彼女はかつて地球を支配したオリオン星人の手先だった。果たしてその目的は？
宇宙最強を自負するヒッポリト星人は、大胆にも人類に「エースを渡せ！」と要求してきた。TACの攻撃も受け付けない敵に戦いを挑んだエースは、ブロンズ像にされてしまう。そして、駆けつけたウルトラ兄弟も……。
ウルトラ5兄弟を倒したヒッポリト星人は地球を明け渡すことを要求するが、竜隊長は断固拒否。TACは決死の覚悟で出撃する。だが、ヒッポリト星人はあまりに強い。その時、ウルトラの父が現れた！
満月の夜以来、不審な行動を見せていた夕子は、出現した超獣ルナチクス打倒に異様な執念を見せる。困惑する北斗だが、この超獣こそ月を死の星にした元凶であった。そして、夕子は北斗に自らの正体を告げる……。
京浜工業地帯が、超獣ギタギタンガによって破壊されたが、その姿を捉えた者はいなかった。調査中の北斗は、孤独な少年・梅津ダンと出会う。ウルトラの星が見えると言うダンは、周囲から嘘つき呼ばわりされてしまう。
東京上空を謎の黒雲が覆った。TACは現場周辺を封鎖するが、北斗はミスを繰り返し、多くの犠牲者が出てしまう。謹慎処分を受ける北斗。狙い済ましたようなタイミングで、街に超獣レッドジャックが現れる！
黒い彗星の影響で、動物園のバクが超獣バクタリへと変貌。バク研究家・獏山の説得により元に戻るが、再び超獣へと姿を変えてしまう。バクタリと戦うエースに、ウルトラセブンからのウルトラサインが届く！
謎の円盤の迎撃に出動した北斗は、奇妙な耳鳴りに襲われ墜落しかける。一方、梅津ダン少年は星野アキラと名乗る少年に出会う。ダンはこの少年が、北斗を苦しめる超獣だと気づき訴えるがTACは取り合ってくれない。
気球船バアロン号に乗った子供はいい子になるとの噂が流れるが、それは超獣の策略だった。子供たちは超獣に気力を吸い取られ、無気力になっていたのだ。気球船の攻撃を決定するTACに、教育ママたちは猛反発する。
タンカー沈没事故を調査中の北斗は、海辺で貝殻を拾う少年ユウジと出会う。貝殻を千枚集めれば、タンカー船長の父が戻って来るという姉の言葉を信じていたのだ。だが、その貝殻は海底汚染に怒る超獣のウロコだった。
超獣に襲われる夢を見るたび、オネショをしてしまう少年・雪夫。調査で異常を確認できなかった北斗は雪夫を叱りつけるが、超獣は実在していた。子供の心を傷つけてしまったことに悩む北斗。そこにゾフィーが現れる。
姿を現しては瞬時に消える超獣サウンドギラーに翻弄されるTAC。北斗は、周辺地域を走り回っている暴走族と、超獣の出現パターンに関係性を見出す。事件解明のため、北斗は暴走族と心を通わせようと試みる。
北斗の友人のカーエンジニア・加島は、研究に没頭するあまり、恋人に冷たくあたっていた。設計したレースカーのテスト中、高速で走る機械の音を嫌う超獣マッハレスが出現。加島は命がけで設計図を守ろうとする。
クリスマスの夜、異国の文化を憎むナマハゲが、人間に制裁を加えようと超獣を呼び出した。超獣スノーギランの怪光線によって失明する人々。北斗は孤児院に現れたサンタクロースを怪しむが、実は彼の正体は……。
死んだと思われていたダン少年の叔父が帰ってきた。しかし、その正体はTACの新兵器シルバーシャークの破壊を企むファイヤー星人だった。超獣ファイヤーモンスの猛攻の前に倒れるエースだが、セブンが激励し……。
正月の街で、パンダの玩具が怪しい黒マントの男に次々と盗まれる珍事が発生。男の隠れ家には、本物のパンダまでもが捕らえられていた。男の正体は、地球人が熱狂するパンダを持ち帰ろうと企むスチール星人だった。
獅子舞の名人を父に持つ新太少年は、獅子舞を使って超獣ごっこをしているうちに、本物の超獣シシゴランに変身してしまう。新太が体内に封じ込まれていてはTACもエースも迂闊に攻撃できず、苦戦を強いられる。
飯田峠で親娘が超獣アイスロンの襲撃を受けた。少女・小雪は、自分を庇って谷底に転落した父親を探すため、谷へと赴く。そこへ超獣が再び出現。追い詰められた2人を救ったのは、なんと幻の怪獣ウーだった。
休日に赴いたスキー場で、雪男の目撃情報を入手した北斗。雪男の正体は、氷と雪の星から飛来した超獣フブギララだった。強烈な吹雪と冷気でスキー場を凍結させたフブギララは、エースの光線も効かない強敵だった。
節分の日、赤い豆を食べた北斗は、筋力が著しく低下する奇病に冒される。それは頭脳派の超獣オニデビルの作戦だった。全く力が出せずオニデビルに惨敗したエースは、治療のためにM78星雲を目指す。
人工衛星ジュピター2号が、ガスタンクに墜落。衛星には超獣ガスゲゴンの卵が産み付けられていた。ガスを吸収して成長した超獣に迂闊な攻撃は出来ない。TACとエースは、超獣を宇宙空間で粉砕する作戦に出る。
時空跳躍能力を持つ超獣ダイダラホーシ。吉村・美川両隊員はその跳躍に巻き込まれ、奈良時代へタイムスリップしてしまう。二人を救出するため、北斗は竜隊長と共に、超獣にワイヤーを打ち込み時空を超える！
村から孤立している坂上老人と孫娘・サユリが飼っているサンショウウオが、太陽光の影響で巨大化し、超獣ハンザギランへと変貌した。坂上老人の憎悪を受け村を執拗に攻撃する超獣は、さらに凶暴化し……。
歯痛に悩まされる北斗は、超獣ベロクロンに復讐される夢を見た。直後、ベロクロンの幻影を目撃。街中でTACガンを乱射してしまい、謹慎処分になる。これはヤプール残党により計画された、エース抹殺作戦だった。
山間の村に降り立つ、謎めいた女。調査のため村を訪れたTACは、村人に火炙りにされかける。村人は、地球を植民地にしようとする宇宙人に洗脳され、宇宙電気クラゲ・ユニバースを神と崇めるようになっていた。
パトロール中の北斗は、青果店を営むユキのトラックと接触事故を起こす。「相手が信号無視をした」と譲らない二人。それは、レボール星人による侵略計画の序章だった。やがて、原因不明の信号機故障が続発する。
母親にバイオリンのレッスンを強制される春夫少年。レッスンを嫌がる春夫が壊そうとしたバイオリンが超獣ギーゴンへと変貌。美しい音色で人の魂を吸い取り、バイオリンからチェロ、コントラバスへと巨大化していく。
TACは墜落した円盤からサイモン星人の子供を保護する。だが、それはヤプールの残党が変身した姿だった。北斗はヤプールの脅迫に屈せず、正体を明かして地球を去る決心をする。エース最後の大激闘が始まる！