HYDRA schließt sich zusammen mit Arnim Zola und Doctor Oktopus und greift das mobile Hauptquartier von S.H.I.E.L.D. an. Das Team von S.H.I.E.L.D. trifft der Angriff so unvorbereitet, dass Spider-Man gezwungen ist alleine gegen die Bedrohung zu kämpfen.
Peter Parker learns Doctor Octopus has teamed up with Arnim Zola and Hydra to attack the Tri-Carrier, leaving S.H.I.E.L.D. caught off-guard and Spider-Man left to single-handedly stop the assault. He assembles a new team, including an apprehensive Scarlet Spider, in order to stop the villains from taking over New York.
Quand Octopus s'allie à Arnim Zola et à Hydra pour attaquer le Triporteur, le S.H.I.E.L.D. est pris par surprise et Spider-Man doit répliquer seul à leur attaque.
Ha pasado un tiempo desde que Peter Parker como Spider-Man salvo a la ciudad (al derrotar al Duende Verde, reclutar jóvenes héroes para S.H.I.E.L.D. y ganar el Concurso de Campeones (cuando su tía May, Flash Thompson (Agente Venom) y Amadeus Cho (Araña de Hierro) descubrieron su identidad)), toda su vida ha cambiado a su alrededor. Ahora, Spider-Man, Agente Venom y Araña de Hierro son capaces de detener al Doctor Octopus. Mientras que en el Tri-Carrier de S.H.I.E.L.D., Nick Fury nombra a Spider-Man como su instructor, pero el Doctor Octopus desata un Octobot en miniatura para introducirse en los nanobots de Enjambre donde empieza a remodelar el Tri-Carrier y Ock cambia a una nueva apariencia siniestra. Cuando su socio, Arnim Zola aparece, la nueva forma del Tri-Carrier de S.H.I.E.L.D. se convierte en la isla HYDRA, donde Spider-Man, Nick Fury, Agente Venom y Araña de Hierro son atacados por duendes HYDRA realizados mediante la inyección a los soldados de HYDRA con la Fórmula del Duende Verde. Al final, Spider-Man es salvado por una araña desconocida de caer en el mar.
