ビスト財団は、ネオ・ジオンの残党『袖付き』にある機密を渡そうとしていた。その取引場所となる工業コロニー“インダストリアル7”で暮らしていた学生のバナージは少女を偶然救出する。「戦争を止めたい」と語るその少女、オードリーに突き動かされたバナージは、『ラプラスの箱』を巡る争乱へと足を踏み入れていく…。
カーディアスからモビルスーツ“ユニコ−ン”を託されたバナージは、ロンド・ベルの強襲揚陸艦“ネェル・アーガマ”に拿獲された。その艦には、バナージの友人のタクヤとミコットと一緒にオードリーも収容されていた。そんな時、『シャアの再来』の二つ名を持つ『袖付き』の首魁、フル・フロンタルが単機で挑みかかり…。
ミネバを守るため“ユニコーンガンダム”で出撃したバナージは、フル・フロンタルの“シナンジュ”との交戦で拿捕され、ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星“パラオ”に留め置かれてしまう。バナージと“ユニコーン”を奪還すべく、連邦軍のダグザ中佐は、ネェル・アーガマとの連携による攻略戦を敢行するが…。
『ラプラスの箱』を巡る争乱が地上に波及。連邦政府首都ダカールが戦禍に見舞われた。地球連邦政府の中心人物であるローナン・マーセナスは『箱』の開放を阻止するため、ロンド・ベル隊司令ブライト・ノアに接触する。一方、地球へ降下したバナージは、『箱』への新たな情報を開示する場所、トリントン基地を目指すが…。
黒きMS“バンシィ”に急襲され身柄を拘束されるバナージ。八方塞がりの状況下、“ユニコーンガンダム”が開示した『ラプラスの箱』への新たな座標を秘匿し続けるバナージに、ロンド・ベル隊司令ブライトは歴代のガンダムパイロットが見せてきた矜持と可能性を見い出し、その助け手は彼と共に戦った旧知の人物へと繋がっていく。一方、ローナンからマーサに引き渡されたミネバは、バナージに口を割らせるための駒として超大型輸送機“ガルダ”へ移送されてしまう。『箱』を巡る戦場は、超高々度の翼上へ、やがて再び宇宙へ飛翔する…。
フル・フロンタルの介入で地球連邦軍艦隊の追撃を逃れた“ネェル・アーガマ”は、『袖付き』との共同戦線をやむなく受け入れる。一方、対連邦の秘策を明かして『ラプラスの箱』への次なる座標の聞き出しを目論むフロンタル。その語る未来の非情な酷薄さに慄然するバナージとミネバ。そんな中、一隻の連邦軍哨戒艦が“ネェル・アーガマ”に接近する。哨戒艦の爆沈か、『袖付き』との共同戦線の破棄か…。敵味方の狭間で苦悩するバナージたちの選択は…。
地球連邦政府転覆の可能性を秘めた『ラプラスの箱』の在処が遂に明かされた。その場所は、事件の始まりの地、インダストリアル7の〈メガラニカ〉であった。ビスト財団当主代行のマーサ・ビスト・カーバインは、財団権益を保持すべく、地球連邦政府中枢を担う移民問題評議会議長ローナン・マーセナスと、甥のアルベルト・ビストを伴ってシャイアン基地に直行し、事態の始末を図ろうとする。一方、『箱』を奪取せんと先行したフル・フロンタルを追い、インダストリアル7に急ぐバナージだが、リディとアンジェロが立ち塞がる。『箱』の守人、サイアムが待つ〈メガラニカ〉に到達する者は果たして…。
U.C. 0097, one year after the opening of "Laplace's Box." Despite the revelation of the Universal Century Charter that acknowledges the existence and rights of Newtypes, the framework of the world has not been greatly altered. The conflict later dubbed the "Laplace Incident" is thought to have ended with the downfall of the Neo Zeon remnants known as the Sleeves. In its final battle, two full psycho-frame mobile suits displayed power beyond human understanding. The white unicorn and the black lion were sealed away to remove this danger from people's consciousness, and they should now be completely forgotten. However, the RX-0 Unicorn Gundam 03, which disappeared two years earlier, is now about to show itself in the Earth Sphere once more. A golden phoenix... named Phenex.
