While testing a new ship alloy, Jessica Morgan and Gregory Swafford (who hates Transformers) stumbled upon the ship Optimus Prime was on and saved him. Some time afterward, Jessica gets hurt in a battle between Protectobots, Technobots and Terrorcons, causing her father and Gregory to plot revenge. They use Optimus to lure the Autobots into a trap, getting them infected with Hate Spores which make them go berserk. As the infection spreads, Sky Lynx seeks out a Quintesson that could bring Optimus back to life.
Des humains qui utilisent un nouveau métal expérimental conduisent leur vaisseau vers l'étoile dans laquelle le vaisseau piloté par Optimus Prime flambe. Ils récupèrent son corps et le ramènent sur la Terre. Les scientifiques découvrent que leur vaiseau est recouvert de spores qui induisent la haine et projettent de les utiliser contre les Autobots. Un des scientifiques a en effet une rancune contre Optimus et les Transformers et veut utiliser le corps d’Optimus comme appât pour piéger les autres Autobots.Une autre scientifique prévient les Autobots du piège, mais elle ne connaît pas le plan tout entier et les Throttlebots et les Aérialbots, ainsi que de nombreux autres Autobots sont infectés. Les Décepticans arrivent, dans le but de voler le métal, mais sont eux aussi tous infectés, sauf Galvatron. Les Transformers infectés se déchaînent, infectant d'autres Transformers et des humains. Rodimus s'échappe et désactive Métroplex, mais est poursuivi et infecté par Ultra Magnus et Wreck-Gar. Sky Linx suit les ordres de Rodimus et capture un Quintesson pour faire renaître Optimus. Ils arrivent sur la Terre et Optimus est ramené à la vie.
科学家们发现一场外形瘟疫能使变形金刚在战斗中自我残杀。这无疑会导致汽车人和霸天虎的共同灭亡。现在只有一个人可以救大家。那就是已经死去了的擎天柱。
ジェシカとグレゴリーは太陽近くでコンボイ司令官の眠る漂流船を発見。コンボイを地球に連れ戻す…。
