Koopa plans to use Mario and Luigi's brains for his monstrous creation. When the Marios set out to stop him, an accident in Koopa's lab turns Koopa himself into a mindless monster.
Mario et le groupe sont dans la préhistoire ou il furent attaqué encore par Koopa. Mario fut vaincu par celui-ci. Luigi et le reste du groupe réussissent à échapper à Koopa. rnLuigi apprend qu'il peut sauver Mario en lui faisant manger une pizza.
קופא מכריח את המדען המבריק ד"ר נרדניק להפוך אותו לחצי רובוט, חצי מפלצת.