In Antarctica, three young penguin brothers—Skipper, Kowalski, and Rico—defy the laws of nature to save an egg the other penguins believe to be doomed. After saving it from a pack of leopard seals and accidentally setting themselves adrift on an iceberg, the egg hatches into their new member, Private, (before the events of the Madagascar (2005 film)).
kipper, Kowalski, Private und Rico fallen dem fiesen Dr. Octavius Brine in die Hände. Der Oktopus hat noch eine Rechnung mit den Pinguinen offen. Das clevere Quartett kann fliehen und wird von der Agententruppe Nordwind gerettet, die ihre Hilfe im Kampf gegen Brine anbietet. Doch die Pinguine wollen das alleine regeln – müssen aber feststellen, dass der Oktopus ihnen immer mindestens eine Armlänge voraus ist …