ここは日本の領海のどこかにある、難攻不落の巨大刑務所『南波刑務所』。その夜、最強の看守達と世界最高水準のセキュリティに守られたこの刑務所から、無謀にも脱獄を試みる4人の囚人達がいた。 謎の枷を持つジューゴ。自称イケメンのウノ。病がちなオタクっ子ニコ。グルメな不良のロック。13舎13房の個性あふれる囚人達は、警備の網をかいくぐり、無事刑務所の外へたどり着くことができるのだろうか？
13房の囚人・ジューゴ、ウノ、ニコ、ロックは、脱獄、いたずら、雑談、たまーに刑務作業等をしながら、自由気ままに日々を過ごしている。13舎看守の双六一は、問題ばかりおこす13房に頭を悩ませていた。そしてついに、ハジメは看守長の百式百子から、脱獄囚として有名な13房の4人について、報告書を提出する様命令される。 ある日、看守長・百式百子から、脱獄の常習犯として世界的に名高い13舎の4人の囚人について、報告を求められてしまうハジメ。偽造がばれたらクビになる！と焦ったハジメは、何とか新しい報告書を作成するのだが……。
新人看守の星太郎をいじめながら、暇を持て余しているジューゴ達。そんな13房に新しい囚人がやってきた。囚人番号９９番・ツクモ。その姿、立ち振る舞いは、まさに忍者そのもの！忍者の実在に大はしゃぎの外国人のウノ、ニコ、ロック。しかし日本人のジューゴだけは信じようとしない。自分を本物の忍者だと認めないジューゴ相手に、ツクモは脱獄勝負を持ちかける。
お正月。南波刑務所では、全囚人を集めて、『新年南波一心共闘大会』、略して『新年大会』が実施される。優勝した房の囚人は『何でも好きな物』をもらうことができるこの大会に、ジューゴ達は闘志を漲らせる。しかし、戦いの内容は、お正月にちなんだ変わったものばかり。一癖も二癖もある看守達が率いる、囚人達を相手に、ジューゴ達13舎は、優勝することができるのか？
新年大会を、順調に勝ち進むジューゴ達13舎。3回戦の百人一首では、カードゲームが得意なウノが、3舎の囚人・トロワとハニーを一網打尽に圧倒する。第4回戦は、巨大なコマ回しをメインとした肉弾戦。それなのに、うっかりニコが代表に選ばれてしまう。対戦相手の5舎の囚人・ウパは武術の達人。オタクっ子のニコに勝機はあるのか?!
新年大会の決勝戦まで勝ち進んだジューゴ達13舎13房。 ジューゴとハジメの対戦相手は、４舎の主任看守・四桜犬士郎と、囚人のムサシ。予期せぬムサシとの再会に驚くジューゴ。 『首に傷のある男』を探しているムサシは、容赦なくジューゴを追い詰めていく。そして、『首に傷のある男』の名を聞いたジューゴの体に、異変が起こる。
新年大会の休憩時間に、面会室を訪れるツクモ。マネージャーの八鳥がツクモを訪ねてきたのだ。 実は人気アクション俳優だったツクモは、世間では失踪したものとして報道されており、刑務所に入っていることは知られていなかった。 類まれなる俳優の才能を持つツクモを、もう一度芸能の世界に呼び戻そうとする八鳥。しかし既に芸能界に興味をなくしていたツクモは、その生い立ちを語りはじめる。
枷を発動し、両腕が刃と化したジューゴ。ジューゴは腕の刃でムサシを攻撃し、闘技場を一刀両断する。会場は大騒ぎとなり、看守長の百子は、ハジメ・犬士郎・猿門・キジ等主任看守部長に、ムサシとジューゴの捕獲を命ずる。主任看守部長に反撃をするムサシ。そして、ジューゴの前にはハジメが立ち塞がる。
新年大会で大惨事を起こし、それぞれ地下牢獄に収監されたジューゴとムサシ。二人の異変の謎を探る為、犬士郎はハジメに掛け合いジューゴとムサシに話をさせることに。投獄され、自由に動けなくなったムサシは、『首に傷のある男』の情報を、ジューゴに託す。 そんなジューゴだが、ムサシとのやり取りを聞いているハジメに「お前には中身がない」と言い放たれ戸惑ってしまう。
新年大会でジューゴに大怪我をさせた責任をとり、３日間の謹慎を言い渡されたハジメ。犬士郎、キジ、猿門は、百子の命令でハジメの代理として13舎に行くことになる。ウノ、ニコ、ロックは、３人の看守を前にやりたい放題。３人のあまりの問題児ぶりに、苦労が絶えない犬士郎、キジ、猿門。 そして３日後、ついにジューゴが帰ってくるのだが……
実は新年大会で優勝していた13舎13房。ロックは優勝のご褒美として『石窯』を、ニコは『みんなで遊べる最新のゲーム機』を手に入れる。他の舎の囚人達を招き、自分の大好きなものをお披露目するロックとニコ。今の自分に満足している２人は、そのきっかけをくれたジューゴに感謝の気持ちを伝える。
４舎の地下牢獄に収監されたムサシの元に、犬士郎が訪れる。語られるムサシの過去。そんなムサシに、13舎から呼び出しがかかる。 ウノが手に入れた『娯楽室』に招待されたムサシ。娯楽室には新年大会で戦いあった看守と囚人達が集結。戦いを忘れ共に楽しい時間を過ごす。 その夜。昼間の楽しさが冷めやらないジューゴは一人脱獄し、ある人物と出会う。
突然ジューゴの前に現れた『エルフ』を名乗る男。『首に傷がある男』と繋がっているエルフは、『検体』であるジューゴを探していたのだ。エルフは、ジューゴの周りに危害を及ぼすことを示唆し、姿を消す。 ジューゴは、自分がここにいては仲間に何か良くないことが起きるかもしれないと恐怖し、南波刑務所から一人で脱獄することを心に決める。
今日も元気に脱獄に励むジューゴ。そんなジューゴを探し回る双六一たち。 ウノ、ニコ、ロックは13房で楽しく過ごしている。いつも通りの生活を営む各舎の囚人と看守達。色々なことがあったけど、南波刑務所での生活は何も変わっていない様に見えた。しかし油断するな！南波刑務所に立ち込めている不穏な空気を感じた一声三鶴は、絶対何か起こるはず！と各舎房の偵察を始めた。
13舎に新しい看守がやって来た。なんと、双六一の弟（？）の双六仁志だ。仁志のことを何も知らされていなかったハジメは、今すぐ帰れと説教するが、就職してしまったものは仕方がない。一方ウノとロックは、女性用の看守服を着こなす見目麗しい仁志を前に、彼が本当にゴリラ……もとい双六一の弟であるのか疑いはじめる。真相を明らかにするため、２人は13房恒例鬼ごっこの開催を宣言する。
大和の引率で、５舎に鍛錬に来たロックとツクモ。ロックは猿門に勝負を挑むが、指一本で軽くあしらわれてしまう。その後、出張を前に看守長の元に集められる各舎の代表看守達。猿門は、かつて５舎で起こったある事件が、南波刑務所のイメージを悪くしているのだと、２舎副看守の二舞下に責められる。たまらず部屋を飛び出す猿門。実はこの事件には猿門の大切な人が関係していた。
５舎から13舎へ戻ってきたロックと大和が突然凶暴になり、ジューゴや星太郎に襲い掛かる。傷だらけになりながらも、ウノやニコを護るために必死になってロックを止めようとするジューゴ。そこへ、ロック達と同様に５舎の鍛錬から帰ってきたツクモが姿を現す。一方、ハジメに本気で殴られ動きを止めた大和。彼のうなじには、見覚えのある黄色い札がついていた。
ロックと大和の件で５舎を訪れたハジメとジューゴ、ウノ、ニコ。 トラップにかかったジューゴ達が落ちた先は地下１階の牢獄だった。そこには囚われの身となったウパとリャンがいた。一方、猪里に捕えられ地下牢獄に連行されるハジメ。そこには満身創痍で拘束された猿門がいた。猿門の口から語られる今回の事件の首謀者。それはかつて南波刑務所を大混乱に陥れた罪人、元５舎主任看守の悟空猿鬼。猿門の兄だった。
捕えられたハジメ達看守を探す為に、５舎地下牢獄の地下を進むジューゴ、ウノ、ニコ、リャン、ウパ、ハニー、トロワ。監視の目から逃げ隠れた地下１階の資料室で、ジューゴは自分について記された書類を見つけ、ショッキングな内容に混乱する。 その後一同は、何者かに操られた５舎看守の六力に道を阻まれる。リャンとウパは、この場を自分たちに任せ先に進むようジューゴに告げる。
リャンとウパの前に立ちはだかる、脱獄囚・八萬。しかも、ウパの役に立とうとニコがその場に残っていた。かつて裏の世界でリャン達の雇い主だった八萬は、巨大な武器と毒薬を使ってウパ達を攻撃する。その毒薬は、５舎を裏切り八萬の側についた５舎の囚人チィーの処方したものだった。一方、ウノとジューゴは、常備薬をなくしたまま行方知れずのニコの容体を心配していた。どうやら薬が切れるとニコに大変なことが起こるようで……。
薬が切れてしまったニコは、自分が制御できなくなり、苦しみ、ついに暴走する。凶暴になったニコは、薬を欲して八萬に襲い掛かる。ニコの異様な姿に、ウパもリャンも驚愕する。そこに裏切ったと思われたチィーがあらわれる。薬は使い方を間違えば毒にしかならないということを良く知っているチィーは、かつてウパとリャンと共に、八萬の元で道具のように扱われていた日々を思い出す。
八萬を撃破し、ニコ、リャン、ウパはチィーの案内で先へ進んでいく。ウパは、今回の事件について猿鬼以外の別の誰かが関与している可能性を感じていた。一方、地下３階にたどり着いたジューゴ、ウノ、ハニー、トロワ。そこへ、元５舎看守の脱獄囚・悟浄流河が現れる。流河は操られた５舎看守の八力と九力をジューゴ達にけしかける。流河から逃げる一同だが、要領の悪いジューゴにハニーは苛立ちを募らせていく。
流河の攻撃から必死で逃げるジューゴ達。しかしハニーは、足手纏いにしかならないジューゴに着いてくるなと言い放つ。ハニーの叱責を受けて自分自身と向き合うきっかけを得たジューゴは、ウノに今まで隠していた自分自身のことを全て打ち明ける。しかし、流河の魔の手はすぐそこまで迫っていた。流河達の攻撃を受けるジューゴとウノを救ったのは、意外な人物だった。
流河の芭蕉千による凄まじい攻撃を受ける、ジューゴ、ウノ、ハニー、トロワ。ハニーが必死に食い止めるが、このままでは４人共やられてしまう。この場は自分たちに任せて先に進めと、ジューゴとウノに告げるトロワ。ウノはジューゴの手を取り、さらに地下に向かう階段へと向かって走り出す。しかしジューゴは、自分達の為に戦い続けるハニーとトロワの様子が気になって……
双六一の捕えられた牢獄を目指して地下を一人突き進むジューゴ。地下２階では、ウノとトロワ、ハニーが流河達から逃げ回りながら、”匂い”を頼りにある看守を探していた。また、猿鬼もジューゴ達囚人が逃げたことに気付いてしまう。一方、満身創痍で地下５階にたどり着いたジューゴは、遂にハジメを発見する。しかしその時ハジメの口から出た言葉は非情なものだった。
