七夕の季節。涼宮ハルヒ率いる｢SOS団｣が何もしない訳がない。案の定、ハルヒ団長は、どこからか笹の葉を持ってきて早速飾り付けをすることに。ハルヒが下校し、他のメンバーも帰るかと思いきや、朝比奈みくるが、キョンを呼び止めた。どうやら一緒に行って欲しいところがあるらしい。
It’s Tanabata! But with Haruhi, making wishes won’t be simple. After bizarre theories and formulas, the club ties their wishes to the bamboo. Then, Mikuru offers to take Kyon somewhere… three years ago! Will he finally learn the truth of what occurred then?
"아무튼 칠석 행사를 제대로 치러야지. 난 이런 이벤트는 안 빠뜨리거든." SOS단을 이끌고 칠석 행사를 치르는 스즈미야 하루히. 한편, 모두가 돌아간 후 쿈은 아사히나 미쿠루에게 3년 전으로 가야 한다는 이야기를 듣는데…. 쿈은 3년 전의 세계에서 어른 아사히나 미쿠루와 만나고, 3년 전의 하루히와 만나서 운동장에 커다란 사인을 그린다. 그리고 하루히에게 존 스미스라는 이름을 대고 헤어진다. 하지만 미쿠루가 TPDD를 잃어버리고 3년 후의 세계로 돌아올 수 없게 되자, 3년 전에 있을 나가토 유키를 찾아가게 되는데….
七夕当天，阿虚和朝比奈实玖瑠利用TPDD（Time Plane Destroy Device，类似时光机器的东西）回到三年前的七夕。 在那里，阿虚在大朝比奈实玖琉的帮助下，见到了还是初中生的凉宫春日，并帮助她完成心愿。 此后，阿虚和朝比奈实玖瑠求助长门有希，成功返回了原本的时间。
