Les pandémies ont fait plus de morts que toutes les guerres réunies. Elles sont imprévisibles et inévitables. Même s'il est plus vraisemblable qu'un nouveau virus de la grippe soit à l'origine de la prochaine pandémie, une épidémie de variole aujourd’hui n'est pas exclue. La variole : anatomie d'un fléau juxtapose un scénario du 21e siècle et l'épidémie de variole qui a frappé Montréal en 1885, un fléau qui à l’époque a touché plus de 20,000 personnes et fait plus de 2,500 victimes. Le film s’interroge sur notre capacité à y faire face aujourd’hui.