Im Binnenhafen von Duisburg wird die Leiche des Binnenschiffers Heinz Petschek gefunden. Er wurde verprügelt und mit einem Messer tödlich verletzt. Kriminalhauptkommissar (KHK) Schimanski muss diesen Fall zusammen mit seinem Kollegen Christian Thanner aufklären. Kriminaloberrat Königsberg legt ihm wegen seiner Milieunähe den Fall nahe. Schimanski ermittelt zuerst im Umfeld des Toten. Da Petschek bei der Familie Losse gemeldet war, befragt er Herrn Losse und erfährt, dass das Opfer mit dessen Gattin sowie Frau Poppinga, der Frau eines anderen Binnenschiffers, fremdging. Durch Frau Poppinga erfährt Schimanski, dass die Affäre mit Petschek ihrem Ehemann Jan Poppinga bekannt war. Schimanski sucht ihn in der Kneipe „Zum Anker“ auf und nimmt ihn zunächst nur zur Befragung mit ins Polizeipräsidium, nachdem Poppinga zugegeben hat, das Opfer zur Tatzeit verprügelt zu haben. Aufgrund eines Fluchtversuch im Präsidium und der Tatsache, dass das Messer als Poppingas identifiziert wurde, erfolgt dan
Kriminalrat Karl Königsberg informiert Schimanski darüber, dass er mit dem V-Mann Gerhardt Hollai gesehen wurde und Hollai als aufgeflogen gelten könne. Schimanski will sich daraufhin mit Hollai, einem früheren Freund und Kollegen, in seiner Dienstwohnung treffen, findet diese jedoch durchwühlt vor. Durch den Informanten Blickel, genannt Bombe, erfährt er, dass Hollai wahrscheinlich von dem Spielwarenhändler Kessenich in den Keller seines Ladens verschleppt worden ist. Als Schimanski zusammen mit Thanner dort eindringt, entdecken sie Kessenich in Gesellschaft zweier Schlägertypen und auch Hollai ist anwesend.
m Leichenschauhaus zeigt Kriminalhauptkommissar Schimanski Frau Krage die Leiche eines Mannes, bei dem Papiere auf den Namen ihres Ehegatten gefunden wurden. Dem Mann wurden die Fußsohlen verbrannt und er wurde in einem Schrank am Strang aufgehängt, Frau Krage identifiziert ihn aber als ihr unbekannt. Am Tatort führt ein Bild Schimanski und seinen Kollegen Thanner zur Trabrennbahn in Dinslaken.
Als Kriminalhauptkommissar Schimanski spätabends nach Hause kommt, sitzt die junge Katja Behrens im Treppenhaus vor seiner Wohnung und bittet ihn, sich in der Wohnung ihrer Mutter gegenüber umzusehen. Sie ist aus dem Internat nach Hause gekommen, hat ihre Mutter aber nicht angetroffen, und fand die Wohnung durchwühlt vor. Schimanski tut dem Mädchen den Gefallen, misst der Situation aber keine dringende Bedeutung zu. Trotzdem erlaubt er der verängstigten Katja, bei ihm zu übernachten.
Die Leiche eines asiatischen Kindes befindet sich in einem Korb, der zusätzlich in eine Plastiktüte gesteckt wurde und samt Beigaben (weiße Nelken und ein Kuscheltier-Affe) aus einem Kanal vor Duisburg gefischt wird. Bei der Obduktion stellt sich heraus, dass das kleine Mädchen an Typhus gestorben ist. Nun ist Eile für die ermittelnden Kriminalhauptkommissare Schimanski und Thanner geboten, die die Herkunft des Kindes ermitteln müssen, da die Krankheit meldepflichtig ist und zu einer Seuche führen könnte
Kriminalhauptkommissar Thanner zieht bei seinem Kollegen Schimanski ein, nachdem er von seiner Freundin Sylvia wegen seiner Eifersucht vor die Tür gesetzt worden ist, und bringt dessen Wohnung auf Vordermann. Während Thanner versucht, seine Freundin zurückzugewinnen, wird Daddel Virks, der Kompagnon von Privatdetektiv Heinz Scholl, ermordet in dessen durchwühltem Büro aufgefunden. Die plötzlich am Tatort auftauchende Miriam Schultheiß bringt einen neuen Aspekt in diesen Fall.
Während die Kriminalhauptkommissare Schimanski und Thanner verdächtige Drogensüchtige aufgrund eines Mordes vernehmen, besucht sie unerwartet der Allgemeinarzt Dr. Waldorf, der die Chemiewerke des Industriellen Baumgarten beschuldigt, wissentlich einen Mitarbeiter in den Tod getrieben zu haben. Da sich die beiden Beamten nicht für zuständig halten, wimmeln sie ihn ab, und Waldorf verlässt enttäuscht das Büro. Doch am nächsten Tag wird Dr. Waldorf tot aufgefunden, offenbar erschossen. Die Obduktion ergibt, dass er einen Genickbruch erlitten hatte und mit dem Schuss ein Suizid vorgetäuscht werden sollte.
Die Wohngemeinschaft der Kriminalhauptkommissare Thanner und Schimanski wird langsam zum Problem, da Thanner sich so häuslich eingerichtet hat, dass er keine Anstrengungen mehr macht, sich eine neue Wohnung zu suchen. Nachdem Schimanski im Stadion ein Fußballspiel des MSV Duisburg verfolgt hat, entdeckt man auf der Tribüne die Leiche des Italieners Antonio Veccaverdi, der ermordet wurde. Aufgrund eines Bildes des Toten in der Zeitung meldet sich die Wäschereibesitzerin Schobert, die mit ihren Söhnen Kurt und Fiete zusammenlebt.
Als Kriminalhauptkommissar Schimanski gerade sein asiatisches Adoptivkind (aus der Folge Kuscheltiere) von der Ziehmutter abholt, wird er von seinem Kollegen Thanner zu einem Tatort gerufen. Der Boxer Bubi Kantmeier wurde auf offener Straße angeschossen, bekam durch die Aufregung einen Herzinfarkt und starb. Zusätzlich gab es einen Unfall zwischen einem Mann und einer Frau, die sich aber nicht gerade als hilfreiche Zeugen erweisen.
Jutta Stark liegt tot vor ihrem Wohnblock. Der angenommene Selbstmord birgt für die ermittelnden Kriminalhauptkommissare Schimanski und Thanner aber zu viele Ungereimtheiten. Die Vernehmung von Starks Ehemann ergibt, dass seine Frau an Depressionen litt und er sie nach einem Kollaps vorzeitig aus dem Krankenhaus geholt hatte. Zur Tatzeit habe er eine Verabredung mit einem Paul Gassmann gehabt, dem Leiter einer Sekte. Er habe gehofft, dass seine Frau durch alternative Methoden von ihren Depressionen geheilt werden könne. Ein Armreif jedoch bezeugt, dass die Starks Mitglieder der Sekte „Kirche der Gemeinschaft“ waren, sodass Schimanski und Thanner den Verdacht hegen, dass das Opfer aussteigen wollte.
Während eines Feierabendbieres wird Kriminalhauptkommissar Schimanski in der Wohnung seines Kollegen Thanner von einer Frau am Telefon gebeten, sie in der „Bumerang-Bar“ zu treffen. Die schüchterne Frau namens Ulla Berlitt bittet Schimanski um Hilfe, weil ihr Freund Michael „Mungo“ Mangold verschwunden ist. Er ist Schriftsteller und war einer heißen Sache auf der Spur. Ulla nimmt Schimanski in ein außerhalb gelegenes Haus im Wald mit, weil ihr Freund dort Beweismittel gegen die Firma Sunshine Tours versteckt hat. Doch sie findet zunächst nichts.
In der Duisburger Haftanstalt versucht ein iranisches Kommando, den Elektronikwissenschaftler Karl Bohm jr. zu befreien, um ihn zu entführen. Die Anstaltsbeamten können dies verhindern. Ein Mitglied der Bande nimmt sich bei der Flucht das Leben.
Kriminalhauptkommissar Horst Schimanski übernachtet alkoholisiert in einem Hotel, nachdem er mitansehen musste, wie sich ein junger Mann auf einem Bürogebäude mit einer Handgranate in die Luft sprengte. Während er im Halbschlaf daliegt, wird vor dem Hotel der Möbelfabrikant Heinrich Hencken aus nächster Nähe mit einer Waffe niedergestreckt. Während der Sicherung des Gebäudes findet der Kollege Hänschen Schimanski. Nachdem er sich mit Kriminalhauptkommissar Thanner in seinem Wagen über Körperhygiene auseinandergesetzt hat, treffen sie auf dem Polizeirevier den Sohn des Konkurrenten von Hencken, Hubert Möhlmann. Dieser hat das Ziel, sich gegenüber bevorstehenden Beschuldigungen im Vorfeld zu schützen, nachdem der Sohn Henckens, Siggi Hencken, bereits am Telefon Drohungen ausgestoßen hatte.
Mit einem Polizeihelikopter umkreist Kriminalhauptkommissar Schimanski ein altes Fabrikgebäude auf der Suche nach einem überfallenen Geldtransporter. Als er ihn entdeckt, wird er von den Räubern angegriffen. Bis Schimanski das Fahrzeug erreicht hat, sind die Täter längst geflüchtet. Der Kommissar und sein Kollege Thanner vermuten, dass sie sich über den Rhein abgesetzt haben. Das einzige Boot, das sie sichten, steuert Schimanskis Freund Frieder Schoen. Thanner fühlt ihm auf dem Revier sofort auf den Zahn und Kriminalrat Königsberg verdächtigt ihn, da eine ähnliche Tat nach demselben Muster in Schoens Wohnort Düsseldorf durchgeführt wurde. Doch Frieder Schoen hat ein Alibi. In der fraglichen Zeit war er mit Schimanski zusammen in einem niederländischen Bordell.
Die Edelprostituierte Uschi, genannt die Gräfin, die für den Luden Toni gearbeitet hat, wird ermordet. In der Nähe des Fundorts der Leiche befindet sich der Unterschlupf des Milieukenners Mottenpaule. Als Schimanski ihn aufsucht, bekommt er den Hinweis, dass das Opfer ein Geheimnis eines Freiers zu Geld machen wollte und dass Toni neuerdings einen teuren Nachtclub besitzt. Schimanski konfrontiert Toni mit dem Tod Uschis, aber der gibt sich überrascht.
Der Abriss einer Wohnsiedlung der Grassmann-Werke führt in Duisburg zu gewalttätigen Ausschreitungen. In einer der Wohnungen wird Grassmanns Mitarbeiter Alf Krüger mit seiner Familie erschossen aufgefunden. Die Polizei geht zunächst von einem Familiendrama mit erweitertem Suizid aus; auffallend ist jedoch, dass Krügers jüngste Tochter überlebt hat, weil sich das Mädchen unter dem Wohnzimmertisch versteckt hatte.
In einem Duisburger Stadtbus wird der Tanzlehrer Prinz, so scheint es, das Opfer einer Messerstecherei. Kriminalhauptkommissar Horst Schimanski findet dessen Ehefrau Manuela ganz in der Nähe an einer Bushaltestelle. Manuela Prinz steht offensichtlich unter Schock, sodass Schimanski sie nach Hause begleitet. Die vernommenen Zeugen sagen übereinstimmend aus, dass der Täter fremdländisch ausgesehen habe. Der Mann kann zügig ermittelt werden.
Ilona Vogtländer glaubt nicht, dass ihr Vater seine Frau Eva getötet hat. Doch Rolf Vogtländer, der sich im Gefängnis befindet, schweigt beharrlich und bittet Kriminalhauptkommissar Schimanski, seine Tochter daran zu hindern, weitere Nachforschungen anzustellen. Hafenarbeiter finden derweil eine erdrosselte unbekannte Prostituierte. Schimanski ist so beschäftigt mit dem bereits abgeschlossenen Fall Vogtländer, dass Thanner die Ermittlungen in Sachen Prostituierte erst einmal allein führen muss. Ilona will mehr über ihre Stiefmutter Eva herausfinden und fährt deshalb vor allem nachts Taxi. Sie wird in eine Falle gelockt, überfallen und soll umgebracht werden. Doch als Schimanski auftaucht, gelingt es ihm, die Angreifer zu vertreiben. Durch einen Zeitungsbericht erfährt Ilona von der aufgefundenen Toten und erzählt Schimanski, dass sie die junge Frau gekannt habe und dass diese in einem als Wohnung getarnten Bordell gelebt habe.
Rückblende, November 1978: Vier maskierte Täter überfallen einen Supermarkt, während der Pole Zbiginiew Pawlak draußen als Fluchtfahrer im Fahrzeug wartet. Einer der Haupttäter ist Pawlaks Bruder, der bei der Flucht aus dem Supermarkt von einem Wachmann schwer verletzt wird. Der Wachmann wird von einem der anderen Täter, der seine Maske abnimmt, erschossen. Weil Pawlaks Bruder den Tatort nicht mehr aus eigener Kraft verlassen kann, kommt ein anderer der Täter hinzu und tötet ihn durch einen Kopfschuss. Da Pawlak seinen toten Bruder nicht allein zurücklassen wollte, wird er von der Polizei gefasst. Die übrigen drei Täter entkommen. Pawlak verriet seine Komplizen nie, was ihm – in Anlehnung an den gleichnamigen Generalfeldmarschall (genannt „Der große Schweiger“) – den Namen Moltke einbrachte.
In einem Duisburger Stahlwerk wird mit einer Werksbesetzung gegen drohenden Arbeitsplatzabbau protestiert. Diese Aktion ist von der Gewerkschaft nicht legitimiert und wird von den Beschäftigten des Werks in Eigenregie durchgeführt. Die Bevölkerung unterstützt die Werksbesetzer mit Spenden, die bei einer Protestkundgebung im Werk öffentlich präsentiert werden sollen. Dieser „Pott“ mit mehr als einer halben Million Mark wird kurz vor dieser Präsentation bei einem Überfall geraubt. Der Streik steht damit vor dem finanziellen Aus.
Ein arabisches Terrorkommando überfällt am Abend eine Vertretung seiner Gegner in Essen-Steele. Am Morgen danach sind Schimanski und Thanner unterwegs, um einen Exhibitionisten, der an einem Drachen erkennbar ist, zu jagen, obwohl das gar nicht zu ihren Aufgaben gehört. Als sich der Hinweis als Lager für polnische Fernfahrer entpuppt, muss Schimanski erst einmal mit seinem Vorgesetzten Ossmann telefonieren, um seinen Unmut loszuwerden. So halten sie kurz bei seinem Informanten Leszek, der das Lager sowie einen Schrottplatz betreibt. Als Schimanski telefonieren will, werden sie plötzlich von dem Terrorkommando, das auch in Essen-Steele tätig war, beschossen. Dabei geht Schimanskis Wagen in Flammen auf.
Schimanski und sein Freund, der Bewährungshelfer Jannek, trainieren straffällige Jugendliche einer Footballmannschaft. Eines Abends wird ein Supermarkt von Jugendlichen überfallen, wobei ein Polizist erschossen wird. Die Untersuchung der Kugel ergibt, dass es sich bei der Waffe um eine Astra 900 handelt, die schon einmal bei einer Auseinandersetzung in einem Fitnessclub benutzt wurde
Jochen Bähr, Abteilungsleiter in einem pharmazeutischen Betrieb, wird erschossen in seinem Angelboot an einem See entdeckt. Unter ihm verborgen findet man seinen Sohn Thomas, der anscheinend infolge eines Schocks stumm geworden ist. Karin Bähr, die Ehefrau des Ermordeten, berichtet, ihr Mann ginge jeden Sonnabendmorgen mit seinem Freund Peter Schatz angeln. Peter sei an diesem Tag wegen einer Geschäftsreise nicht dabei gewesen. Als Schimanski mit Thomas in der Nähe von dessen Wohnhaus Ball spielt, läuft der Junge davon und wird entführt.
Schimanski und Thanner überraschen auf einem alten Werksgelände den Hilfskoch Sandrowski, der gerade versucht hat, Süchtigen neues Crack zu verkaufen. Sandrowski entkommt, aber kann durch eine Zeugenaussage eines der Süchtigen an seinem Arbeitsplatz, der Küche des Wuppertaler Edelclubs Sunflash, festgenommen werden. Dort begegnet Schimanski der Tänzerin Zabou, in der er seine Ziehtochter Conny wiedererkennt. Er hatte sich in ihre Mutter verliebt, als Conny noch Kind war, und war wie ein Vater zu ihr gewesen. Conny ist Schimanski aber nicht wohlgesonnen, da er ihre Mutter damals einfach im Stich gelassen hatte. Schimanski hat durch Sandrowski Verdacht geschöpft, dass die Drogen durch das Sunflash geschleust und verteilt werden. Weiterhin versucht Schimanski, seine Ziehtochter aus dem Milieu herauszuholen.
Während eines Zwischenfalls in Giovanni Salvatores Restaurant kommt es zu einem Schusswechsel zwischen Schimanski und den Mafia-Killern Baretti und Hooken, wobei seine Freundin Renate in die Schusslinie gerät und vom angetrunkenen Schimanski angeschossen wird. Wenig später stirbt sie. Die beiden Gangster entkommen zunächst und Giovanni Salvatore, der verletzt wurde, zieht es vor, sich auf seiner kleinen Yacht auf dem Rhein zu verstecken.
Aus dem Duisburger Binnenhafen wird ein nackter Männerleichnam gefischt, der sich durch seine Tätowierung als ehemaliger Offizier der Stasi entpuppt. Aus diesem Grunde erbitten Schimanski und Thanner Amtshilfe aus der gerade im Wandel befindlichen DDR. Grawe und Fuchs erreicht das Schreiben gerade, als sie versteckte Kunstwerke der Stasi aufgetan haben. Sie vermuten, dass der Tote von der Stasi-Gruppe Dürer getötet wurde
Schimanski nutzt seinen Urlaub für eine Motorradtour auf das Land. Bereits seine Suche nach einem Zeltplatz erweist sich wegen der feindseligen Landbevölkerung als schwierig. Von einem Dorfpolizisten wird er darauf hingewiesen, dass er einen Angelschein braucht. Er rettet Silke, Tochter des Bauern Faber, das Leben, nachdem sie vom Pferd in den See abgeworfen wurde.
Beim Schlittschuhlaufen bricht Schimanski in einem abgesperrten Bereich in den See ein. Während Thanner ihn zu retten versucht, findet Schimanski in seinem Loch die Leiche eines Mädchens. Die Obduktion ergibt, dass das Mädchen an den Folgen sexuellen Missbrauchs starb. Ein Fall, der Schimanski sichtlich unter die Haut geht. Unter den vermissten Personen ist das Mädchen nicht verzeichnet, aber seine Lehrerin Frau von Stein erkennt das Mädchen in der Zeitung wieder. Sie identifiziert das Mädchen als Manuela Czermak. Schimanski schließt daraus, dass das Mädchen nicht vermisst wurde, da man es jeweils als krank oder auf Klassenfahrt wähnte.
Schimanski erzählt in einer Rückblende, wie er in kurzer Zeit seinen Job verloren hat: Alles beginnt damit, dass Schimanski mit seinen italienischen Freunden auf einem Campingplatz am Rhein, gegenüber dem Heizkraftwerk Huckingen feiert. Dort lernt er die verheiratete Corinna kennen, mit der er eine Affäre hat. Als sie nachts vom ominösen Fahrzeuglackierer Pfeifer bedroht wird, mischt sich Schimanski ein und kommt mit ihm in eine Rangelei. Dabei geht seine geliebte Jacke kaputt und er verlangt von Pfeifer als Schadensersatz 200 DM, die Pfeifer ihm am nächsten Tag in dessen Werkstatt geben will. Pfeifer übergibt Schimanski zwei Einhundert-Mark-Scheine, die jeweils als besonderes Merkmal Spuren von blauem Autolack aufweisen. Was Schimanski nicht ahnt, ist, dass der Industrielle Bissinger in einem lackierten Wagen die Unterredung mitgehört hat.