正義（唐沢寿明）たちテイク・ファイブは自分たちにダ・ヴィンチの絵画「ルクレツィアの肖像」を盗ませたホームレスの女・古堀杏子（倍賞美津子）からようやく「ルクレツィアの肖像」にまつわる真相を聞き出したが、そんな正義たちの前に瑠衣（松雪泰子）が踏み込んで来てしまう。正義は自分の素性に気付き、憎悪の目で銃口を向ける瑠衣の姿に愕然となり立ち竦むが、晴登（松坂桃李）に助け舟を出され、テイク・ファイブの面々と共に何とか瑠衣の追っ手から逃れる。アジトにしているバー「スウィングタイム」に戻った正義は晴登たちから瑠衣に無抵抗な態度をみせたことを叱咤され、しばらく身を隠すよう言われる。
一方、杏子を「ルクレツィアの肖像」の窃盗容疑で逮捕した瑠衣たち警察は杏子の取り調べを行うが、杏子は頑なに黙秘を続け、瑠衣たちは絵のことも正義たちと一緒にいたことも聞き出すことが出来ず取り調べは難航する。
そんな中、正義は瑠衣たちの動向を見張っていた岩月（稲垣吾郎）が密かにコピーしてきた20年前のルクレツィア盗難事件の捜査資料を入手。正義は留置場で自殺したとされる父が死際に“最後の晩餐”という言葉を残していたことを知る。果たしてその言葉の意味するものは何なのか･･･。まだ自分たちが知らされていない「ルクレツィアの肖像」に関わる全ての秘密の鍵を握っているのは杏子しかいないと考えた正義は警察に留置されている杏子を盗み出すと言い出す。
