Bizarre Kreaturen, die Noise genannt werden, bedrohen die Erde, und nur das berühmte Gesangsduo Zwei Wing hat die Kraft, gegen sie zu kämpfen. Doch was passiert, nachdem sich die Idols opfern, um ein Kind zu retten?
A girl named Hibiki Tachibana attends a concert held by Tsubasa Kazanari and Kanade Amō, who form the pop duo, ZweiWing. In the middle of the concert, the stadium is attacked by an alien race known as Noise who begin killing the attendees. Tsubasa and Kanade summon mechanical battle armor known as Symphogear to fight off the Noise, but soon find themselves in a pinch. Kanade tries to protect Hibiki, but she is hit by a stray fragment of Kanade's armor. With her suit losing power, Kanade sings a song that destroys all the Noise, but at the cost of her own life. Back in the present, Hibiki, who was able to survive, is attending Lydian Music Academy alongside her friend, Miku Kohinata, while Tsubasa, who goes to the same school, continues to fight the Noise alone. As Hibiki goes into town to buy a new CD, she comes across a Noise attack and tries to help a young girl get to safety. When they become cornered, she sings a song that ends up giving her Symphogear armor.
Hibiki Tachibana faillit mourir sous les coups des Noise durant un concert de Zwei Wing. Kanade Amô, l’une des chanteuses du duo, lui sauva alors la vie en revêtant son Symphogear. Deux ans plus tard, Hibiki découvre que l’incident a laissé une trace indélébile en elle.
物語の主人公である立花響は、この春より親友の小日向未来と共に、私立リディアン音楽院に通うこととなった。
それまで音楽とは無縁の生活をしていた響がなぜ音楽学校へと進学したのか？
それは２年前、認定特異災害ノイズに襲われたライブ会場にて、アーティストデュオであるツヴァイウィングの戦う姿を目の当たりにし、果たしてそれが現実の光景であったのか、真偽を確かめたいという思いが理由のひとつであった。
平穏な新生活を送っていた響であったが、またしてもノイズの脅威に晒された際、その胸に抑えきれない破壊衝動が湧き上がるのであった。
