警視庁捜査一課の菊田和男（亀梨和也）は、第十係、姫川玲子（二階堂ふみ）が率いる通称“姫川班”への勤務を任命された。折しも、捜査一課は亀有北署に『水元公園内殺人・死体遺棄事件特別捜査本部』を立てていた。捜査本部に向かった菊田は着任の挨拶をしようとするのだが、肝心の玲子の姿がないまま、捜査会議が始まってしまう。 管理官の橋爪俊介（岡田浩暉）とともに現れた係長、今泉俊介（山口馬木也）が事件の経緯を説明。水元公園の溜池付近で死体が発見される。被害者は金原太一という営業マンで、死因は出血性ショック死。凶器は薄型の刃物で、被害者の体には無数の傷がつけられていた。しかし、多くの傷は死因とは無関係で、致命傷は喉元の頚動脈を切断されたことと推定されている。さらに、死後、みぞおちから股関節までを切開されていた。捜査官の質疑が始まる頃、ようやく玲子が姿を現す。 玲子は到着するなり、話があると会議を遮った。呆れる橋爪をよそに今泉が促すと玲子は自分の見解を話し始める。玲子は被害者が死後に腹を割かれたのは、池に沈めるためだと指摘。今回、沈めることが出来なかったのは、犯人側にトラブルが発生したためだと言う。そして、この事件のひと月前に同公園の溜池にしか存在しない寄生アメーバに感染して死亡した男がいると告げた。そして、玲子はその池には腹部を割かれた別の犠牲者がいると言い切る。溜池を再捜索すると新たな死体が発見されて…。
ここのところ事件もなく平和な日々の捜査一課。しかし、姫川玲子（二階堂ふみ）はそれが不満なのかイライラと動き回り、仕事を求めていた。菊田和男（亀梨和也）や湯田康平（中林大樹）は不謹慎だと諌めるが、玲子は彼らの言葉が耳に入らない様子で、石倉保（宍戸開）に今朝発生した事案を尋ねる。玲子はこれが大きな事件に発展すると読んでいた。そんな時、橋爪俊介管理官（岡田浩暉）と今泉春男係長（山口馬木也）が特別捜査本部を立てると来た。玲子の勘は的中した。 捜査本部が立てられたのは蒲田西署。亀有北署から異動になったと井岡博満（今野浩喜）もいた。井岡は蒲田西署の葉山則之（葉山奨之）を玲子たちに紹介する。会議が始まると今泉が今朝の事案を説明。多摩川土手の路上に放置されたスクーターの荷台から、成人男性の左手首が発見される。三島耕介（堀井新太）の証言と指紋から、手首は高岡賢一（寺脇康文）のものと判明。高岡は工務店を経営していて、耕介は従業員。耕介が出勤すると工務店のガレージの床が血の海になっていたため、高岡を探していたのだ。 早速、玲子が体などは川に遺棄されたのだろうと発言しだすと遮るものが現れる。日下守（神保悟志）だ。予断は捜査の妨げになると言う日下に玲子は反論しようとするが、橋爪に止められる。 なぜ高岡は殺されたのか。そして、なぜ手首だけが残されていたのか？死体なき殺人事件の真相を追う姫川たちの前に、次々と驚がくの真実が浮かび上がっていく……。
姫川玲子（二階堂ふみ）、菊田和男（亀梨和也）たちは、殺害された高岡賢一（寺脇康文）が、まったく別の人間である可能性が出てきたことを捜査本部で報告する。高岡の生命保険の受取人は、高岡が息子のようにかわいがっていた三島耕介（堀井新太）の他に、内藤君江という女性がいることが判明した。 さらに捜査を進める中で、君江の弟、内藤和敏こそが殺害された高岡の本当の名前である可能性が浮上。和敏には意識不明で入院中の息子、雄太がいた。内藤和敏は12年前に自殺しており、過去になんらかの理由で内藤と高岡が戸籍ごと入れ替わったのではないか、と姫川は推測する。 橋爪俊介管理官（岡田浩暉）は、姫川が点と点を勘でつなぎ合わせただけで裏付けがないと反論。「被害者が高岡だろうが内藤だろうが、殺したのは誰なんだよ！」といらだつ橋爪。難航する事件の真相―。犯人を追う姫川たちを、予想だにしない衝撃の結末が待ち受ける。
「不審死を遂げた男がいる」と、監察医の國奥定之助（伊武雅刀）に呼び出された姫川玲子（二階堂ふみ）。男の死因は劇症肝炎と判断され、体内からは覚せい剤も検出されていた。時を同じくして、劇症肝炎で死亡した別の男がいることが判明。死体からは同じ成分の覚せい剤が検出され、姫川は連続殺人事件の可能性があるとして捜査を開始する。 すると、死亡した二人の男の携帯電話から共通の番号が見つかる。持ち主として浮上したのは意外にも、黒髪で清楚（せいそ）、いかにも優等生らしい女子高生、下坂美樹だった。見かけによらず反抗的かつ挑発的な態度を取る下坂。下坂はなぜ成人男性と連絡を取っていたのか？そして彼らを殺したのは下坂なのか？姫川玲子と下坂美樹の緊迫した心理戦が繰り広げられる。
板橋区のアパートで50代男性の死体が見つかった。死因は全身数カ所刺されての外傷性ショック死。現場に駆けつけた姫川玲子（二階堂ふみ）たちに高島平南署の相楽康江巡査部長（宮地雅子）が状況を説明する。殺害されたのはこのアパートの住人、吉原秀一（小林隆）。指紋が拭き取られた凶器の包丁はこの部屋のものと思われた。死体の傍にある、“ある印”に気づいた姫川に、相楽は吉原の持ち物と思われる折りたたみ式携帯電話を見せる。相楽によると携帯には入力途中の番号「0456666＊」が表示されていたという。また、姫川は部屋の中にマジック関連の書籍やグッズが多数あることに気付く。事実、相楽は吉原の職業がマジシャンだったことを報告する。 高島平南署に捜査本部が立ち上がり、姫川たちは吉原の携帯電話に登録されていた人物から聞き込みを始める。すると、登録リストの中に驚くべき名前を発見する。なんと、警視庁捜査一課の勝俣健作（江口洋介）の名前が入っていたのだ。姫川は勝俣に尋ねるが、知らぬ存ぜずの一点張り。姫川はこの件を今泉春男係長（山口馬木也）に報告。今泉は「勝俣の件は俺が引き取る」と言い、姫川は他の知人や友人に聞き込みを開始する。
今泉春男（山口馬木也）が連続刺傷事件の捜査命令を伝えに来た。被害者は三人。計画的犯行なのか、通り魔によるものなのか定かではないが、“通り魔”という言葉を耳にした瞬間、葉山則之（葉山奨之）の身に緊張が走る。というのも、葉山には小学生時代、目の前で家庭教師の有田麗子（新実芹菜）を通り魔に殺されるという過去があったのだ。事件解明を託された姫川班の面々は、上本所署に赴き、担当係長の越野忠光（田中啓三）から詳しい現状を聞く。 容疑者が最初に刃物で襲った峰岡里美（黒沢あすか）は、数カ所刺されて通行中の菅沼久志（市川貴之）、小野彩香（横田美紀）に助けを求める。二人は会社の同僚で、昼食を食べた店から出てきた所だった。峰岡と同様に二人は容疑者に切りつけられ、菅沼は頸部に損傷を受けたため失血死してしまう。その後、容疑者は自殺を図って意識不明の重体となってしまったため、身元の特定や犯行動機が困難になっていた。 葉山は真剣な表情で「小野彩香を当たらせて欲しい」と姫川玲子（二階堂ふみ）に懇願する。ただならぬ思いを感じ取った姫川は葉山の申し出を許可。事件解明に向け、それぞれの捜査が動き出す。
暴力団組織である六龍会の構成員、小林充（古野陽大）が何者かに殺害された。顔は傷だらけで、凶器は大ぶりで幅の広い刃物と推測。致命傷は胸部のものと思われるが、怨恨で何度も刺したというより、刃物の扱いに慣れていない者がメチャクチャに切りつけたように見えた。殺害されていたアパートは小林が同棲中の志村恵実（玉井らん）の部屋。第一発見者でもある恵実に事情聴取が始まった。 特別捜査本部が立つ中野北署に集められた姫川班の面々。被害者が暴力団員であることから、刑事課と組織犯罪対策課の合同で捜査に当たることになった。その矢先、特捜本部にタレコミの電話が入る。それは「小林を殺したのは“ヤナイケント”」という内容だった。容疑者“ヤナイケント”を追おうとする姫川玲子（二階堂ふみ）に、警察上層部は当人を追求しないよう指示を出す。指示の裏には、過去の不祥事を隠ぺいしようとする上層部の思惑があった。巨大な警察組織の後ろ盾を失ったまま、姫川は菊田和男（亀梨和也）たちの力を借りることもせず、無謀な単独捜査を進めていく。そんな中、同じく“ヤナイケント”の居場所を探していた極桜会会長、牧田勲（山本耕史）と出会う姫川。相手の素性を知らないまま、姫川と牧田はお互い惹かれ合っていくが―。
暴力団組織・六龍会の構成員、小林充（古野陽大）が殺害された事件の重要参考人として柳井健斗（寺西拓人）の名が浮上する。柳井は過去に実姉を何者かに殺され、さらに、警察の誤認により容疑を着せられた実父を自殺で亡くしていた。警察上層部はその不祥事を隠ぺいするべく「柳井を追うな」と指示を出す。そんな中、姫川玲子（二階堂ふみ）は菊田和男（亀梨和也）たちを巻き込まないよう、単独で捜査を進める。 小林殺害事件には暴力団組織同士の内部抗争の可能性があるが、かつて小林は柳井の姉と恋人同士だった。もし、柳井の姉を殺害したのが小林だとしたら報復のために柳井が小林を殺害した可能性もある。 時を同じくして柳井の行方を追っていた牧田勲（山本耕史）。牧田は西堂組傘下、極桜会の会長だった。初めこそ素性を知らずに接触した姫川だが、その正体が明らかになった後も、お互い本能的に惹（ひ）かれていく姫川と牧田。そんな中、西堂組跡目争いの本命と目される仁龍会会長、藤元英也（鈴木隆仁）が殺害された。組織の内部抗争の可能性が高まる。 そんな中、姫川は今泉春男係長（山口馬木也）と橋爪俊介管理官（岡田浩暉）に呼び出された。藤元を撃ったと思われる拳銃が見つかり、付着していた指紋が柳井の部屋で勝俣健作（江口洋介）が採取したものと一致したのだ。橋爪は、柳井の身柄を確保するしかないと姫川に命令。姫川は再び牧田と接触し、情報を得ようとするが･･･。
暴力団員・小林充（古野陽大）、暴力団組長・藤元英也（鈴木隆仁）が連続して殺害された事件を追う姫川玲子（二階堂ふみ）は、重要参考人、柳井健斗の居場所を突き止めるも、柳井はすでに息を引き取っていた。自殺と見られ、遺書には「自分が小林と藤元を殺害した」という趣旨の内容が書かれていたが、「柳井が藤元を殺すなんてあり得ない」と、姫川は真犯人の存在を確信する。 柳井の恋人、内田貴代（永瀬莉子）と接触した姫川は柳井が残した音声ファイルを受け取る。そこには小林充が殺害されたときの現場音源が収録されていた。その声の主は牧田勲（山本耕史）に違いないと、当人を問い詰める姫川に対し、牧田は断じて自分は殺害していないと否定する。そこに、突然刃物を持って突進してくる牧田の舎弟、川上義則（田邊和也）。姫川を刺すはずが、誤って牧田を殺害してしまう。 その後、川上の供述により事件の全貌が明らかになる。四人の死をもって一応の解決をみたこの事件。自分の身代わりになった牧田、救えなかった柳井に対し、姫川は責任を感じていた。数日後、警察は事件についての記者会見を開く。長岡刑事部長（小市慢太郎）は過去の不祥事が露呈しないよう、柳井については言及しないよう和田徹捜査一課長（羽場裕一）に命令していたが･･･。
池袋の貸しビル内で一人の男が遺体となって発見された。殺されたのは暴力団組織、秋庭組組長の河村丈治（湯江タケユキ）。銃創、刺創ともに見当たらず致命傷になる出血もない一方で、内臓は破裂し27箇所もの骨折があったという。 姫川玲子（二階堂ふみ）は生活安全課の江田（久保田創）と組織関係者以外への聞き込みにあたることになった。 勝俣健作（江口洋介）は笹塚署の下井正文警部補（陰山泰）に呼び出されていた。下井は河村殺害に個人的な興味があるという。最近、河村が率いていた秋庭組が目立った活動をしていなかったと続ける下村。勝俣は秋庭組だけでなく、池袋界隈の組組織が急激に息を潜め始めているらしいと話す。 繁華街で聞き込みをする姫川は、河村殺害についてチンピラや半グレたちが必要以上に口を開かない事が気になる。聞き込み捜査を続けるうちに容疑者として浮上してきたのは、“ブルーマーダー”と呼ばれる謎の男。“ブルーマーダー”の名はすでに池袋界隈（かいわい）でとどろいており、行方不明になっている裏社会の人間は何十人もいるという。いったい何者なのか？そして、反社会組織の人間ばかりを狙って殺害し続ける、その理由とは･･･？
池袋界隈で暗躍する裏社会の者たちを次々に殺害し震撼させている“ブルーマーダー”。その手口は何らかの武器を用い、全身の骨をバラバラにすると残忍さだ。事件を追っていた姫川玲子（二階堂ふみ）は、勝俣健作（江口洋介）とバディを組む葉山則之（葉山奨之）から“ブルーマーダー”の正体がわかったと連絡を受ける。元警察官、木野一政（要潤）だった。そんな時、池袋のホテルで警察官も被害を受ける発砲事件が発生。現場に急行した姫川は、近くの公園に身を潜めていた木野を発見、確保する。 姫川が捜査本部に戻ると勝俣がいた。ホテルの事件現場に勝俣と下井正文（陰山泰）がいたことに疑問を持つ姫川。自分で調べろと取り付く島もない勝俣は、木野の取り調べは自分が行うと言い張る。安東智寛警視正（大谷亮介）は、取調官の選任は木野の治療が終わるまでに決まると告げるが勝俣は譲らない。 姫川がホテルで銃撃を受けた下井の病室を訪ねると、勝俣がいた。ホテルでの状況を聞く姫川に、下井は応じる。下井の話を聞いた姫川と勝俣は、木野が元警察官だという情報を組織に流したのは外部の人間ではないかと思い当たる。例えば、木野を組織の潜り込ませた作戦を知る当時の警察官だ。 菊田和男（亀梨和也）は指名手配犯、岩渕時生（大下ヒロト）の潜伏先として茅場組を張っている。菊田は、茅場元組長（相島一之）と出かけた男の風体が、姫川が確保した男に似ていたことが気になるが…。
