とある夏の日。中学一年生の八坂一は、弾けるキャンディーに一味唐辛子や山椒などを詰め合わせたイチゴ爆弾を作った。そして一はこのイチゴ爆弾をイチゴショートケーキに仕掛け、日頃から彼がいけすかないと思っている山代という男に食べさせようとする。だが、イチゴ爆弾を仕掛けたケーキが誰かに持ち去られてしまい…。
夏休みを祖父の家で過ごすために田舎へとやってきた中学一年の八坂一は、喫茶店でウェイトレスとして働いている “あらし”という年上の女の子に一目惚れする。たまたま隣の席に座っていた地元の中学生である上賀茂潤に、彼女の素晴らしさについて熱弁を振るっていると、店にサングラスを掛けた強面の男がやってきて…。
あらしに連れられ過去の世界を目の当たりにした一だが、時を超えたという実感がなく、また彼女の自分は幽霊だという言葉にも半信半疑。ひょんなことから潤とともに方舟でアルバイトすることになるが、仕事中もあらしのことが気になる一。そんな中、彼女のことを怪しいと潤から忠告され、さらに気になってしまい…。
あらしの秘密を知り、彼女の力になることを誓った一だが、彼女が幽霊だということがいまだ信じられずにいた。そんなある日、黒髪の女の子を主役にした自主映画を撮影したいという学生たちに協力することになる一たち。あらしと撮影場所の大倉山高等女子校に行った一と潤は、戦時中に写された一枚の写真を見せられる。
カヤは60年前のあらしの友人だった。彼女もあらしと同じくタイムトリップの能力を身につけ、現在にきていたのだ。再会した彼女は、あらしと同じく方舟でウェイトレスとして働くことになる。 そんな折、潤は仕事中に頭からミルクを被ってしまい、着替えることに。マスターが用意した服に着替えた潤。その衣装とは…!?
女性を冷めた目で見つめ、常に距離を置いて接している潤。そんな潤の態度を見て、カヤは潤の手を握り自分の方へ引き寄せた。次の瞬間、二人は昭和20年の方舟へとタイムトリップしてしまう。自分と“通じて”時を越えるためには、ある条件を満たさなければならないことから、カヤはこれまで潤が隠していた秘密に気づき…。
潤は男装した女の子だった。カヤから「皆には女だってこと、隠したままでいるつもり？」と問われ、言葉に詰まってしまう潤。その頃、あらしと一は雑巾をボールに、ひしゃくをバットにして野球をしていた。あらしは一が投げた渾身の球を見事打ち返すが、打球は勢い余って方舟の屋根にある風見鶏を壊してしまい…。
スイカの買い出しに出かけた一と潤。神社で休憩し１本のジュースを分け合って飲もうとする一。だが、間接キスとなることを気にした潤は飲もうとしない。そして揉み合いになった末、一緒に階段から転げ落ちてしまった二人。幸い怪我はなかったもののなんとお互いの身体が入れ替わってしまっていて…。
マスターから、賞味期限が切れたサバの刺身をタイムトリップで過去に戻って食べられるようにしてくれと頼みごとをされた一たち。カヤに無理だと断られるが、マスターはなかなか諦めようとしない。過去に行けるからといって何でも出来るわけではないとマスターを説得する潤。そんな中、一はふとある疑問を抱くが…。
バイトを終え帰路につくあらしと一の前に、山崎加奈子という女が現れた。加奈子は、あらしの胸に手を刺すと、体からエネルギーを吸い取りはじめた。そんなあらしを助けようとする一だが、ボウガンを突きつけられ身動きが取れない。どんどん弱っていくあらしを見て我慢できず、一は身の危険も省みず加奈子に飛びかかるが…。
あらしを助けるため、加奈子の住む屋敷に忍び込んだ一とグラサン。しかし加奈子に見つかってしまい攻撃を受ける。加奈子のナイフをよけようとしたはずみで、加奈子と同居していたやよゐに触れた一は、彼女と通じて、戦時中にタイムトリップしてしまう。町外れの丘にたどり着いた一とやよゐは、当時の加奈子と出会い…。
加奈子とやよゐから存在を維持するためのエネルギーを戻してもらい、目を覚ましたあらし。一方であらしにエネルギーを返した二人の姿は急速に薄れていき、今にも消えようとしていた。あらしの力を奪ったことを謝罪した加奈子とやよゐは、消えてしまうのはあらしの力を奪った罰だと、自らの運命を受け入れようとするが…。
方舟へ行く途中、あらしからサクランボ爆弾の名前を“キューティーチェリーちゃん”に変えようと提案された一。抵抗する一だが、あらしに押し切られて名前を変更することに。方舟に着くと一は、“キューティーチェリーちゃん”の完璧な出来栄えに満足していた。するとどこからか「赤木圭一郎よ！」という女の声が…。
喫茶店「方舟」に皆が集まり、夏の風物詩について語り合っていた。話の流れで海に行くことになり、あらしの水着が拝めると大喜びする一。あらしたち女性陣も、マスターが出してきた水着を前に、喜んだり驚いたりと楽しんでいる様子。その中、一に男と勘違いされている潤は、どうごまかそうかと途方にくれるが…。
海で遊んだ後、一たちは旅館に泊まることになった。そんな中、あらしの気づかいで一と同室にされてしまった潤は、女とばれないように男物の下着を買ったり、一緒にお風呂に行こうとする一から逃げ回ったりするはめになる。結局見つかってしまいお風呂に連れて行かれてしまうが、あらしとカヤに助けられ難を逃れて…。
やよゐと加奈子に日々存在エネルギーを吸い取られ、ヘロヘロのグラサン。せめて一人分の供給にしたほうがいいのではというあらしの提案で、方舟に来たお客さんの中から、やよゐが通じる相手を探すことになる。そんな中、飼い犬を連れた山代がやってくる。彼なら脈があると見た方舟一同はやよゐをけしかけるが…!?
土砂降りのある日、あらしと一が潤の家に遊びに来ることになった。一が来ると知らなかった潤は、大慌てで自分が女である証拠を隠そうとするが、気が動転し、何故かウエディングドレスを着てしまう。下着などをどうにかこうにか隠し終えた潤だが、最後の最後、玄関にある家族写真を隠そうとした時、うっかり転んでしまい…。
方舟で給仕をしていた加奈子は、急に目がかすんで塩の瓶を落としてしまった。あらしから眼鏡を借りて試しにつけてみた加奈子は、眩い光に包まれて美少女メイド戦士に変身してしまう。恥ずかしがる加奈子を尻目に名乗りと変身シーンを見たいがため、一たちはあの手この手で加奈子に眼鏡をかけさせようと迫るが…。
あるとても暑い日、マスターの思いつきで冷やし中華を始めることになった。あらしが小さいころに一度だけ食べたことのある幻の冷やし中華を再現しようと奮闘する方舟の面々。だが加奈子ややよゐはそもそも冷やし中華がなんなのか知らず、あらしもレシピを知っているわけではないので大苦戦。そして冷やし中華の作成は…。
茶碗がないと大騒ぎするマスター。マスターによると一千万の懸賞金がかかった高価な茶碗の片割れが方舟にあったが、いつのまにかなくなってしまっていたらしい。そこであらしたちがタイムリープして茶碗を探しにいくことになるが、タイムリープ先ではなぜかマスターが裸エプロン姿で茶碗を持って逃げ回っているらしく…。
陽炎が立ち昇るほどの暑さの日。エアコンのリモコンが見当たらず、探し回る一たち。方舟から大量に出てきたリモコンを試してみるが、エアコン用のリモコンは見当たらない。徐々に暑さが酷くなっていき、気温が上がるに連れ、あらしの様子が少しおかしくなってきたのに気付いたカヤは、何かを思い出して怯え始めるが…。
楽しそうにはしゃぐあらしと一。それを見つめる潤の脳裏には、「自分は夏が終わると消えてしまう」というあらしの言葉が浮かんでいた。そんな折、あらしが山代に誘われてデートに行くことになるが、「通じる」というあらしとの絆の強さを信じ切っている一は、まるで意に介さない。能天気に構える一の様子を見た潤は…。
突然「通じ」なくなってしまったあらしと一。２人は、整理しきれていない自分たちの気持ちが原因で、跳べなくなってしまったのではないかと思い悩む。そんな2人を見たやよゐは「通じ」なくなったのは、ひょっとしたら年の差から来る目線の違いがあるのでは？と意見し、一にある提案をするのであった。
どういうわけか、自分が大人の身体に成長してしまっていた潤。とりあえずカヤに相談しようと方舟に向かうが、目の前のスタイルの良い女性が成長した潤だと気付いたのはあらしだけで、他の面々は誰一人として気付かない。そんな中、一に女だと知られたくない潤は、とっさに姉の涼子だと名乗ってごまかすが…。
方舟の座席の一つを占拠して、怪しげな挙動を繰り返す女性漫画家の穴守。彼女は困惑するあらしたちに描けないシーンがあるのだが、あらしにモデルになってもらえれば描けるかもしれないと言う。安請け合いしたあらしだが、描けないシーンとはなんとキスシーンだった。とりあえずカヤがキス相手をつとめることになり…。
顔を上げるたびに一をにらむカヤ。実は以前うっかり飲むはめになった「キューティーチェリーちゃん入りフルーツジュース」の仕返しをしようと、虎視眈々と機会をうかがっていたためだった。丁度グラサンが買いこんできたキウイを使い、何かを作り始めるカヤ。しかし一やあらしもキウイを使い、怪しげな動きを始めて…。
