23世紀初頭、銀河中心宙域ではガルマン・ガミラス帝国とボラー連邦による、星間戦争が勃発していた。ある時、太陽系外郭にてボラーと交戦していたガルマン・ガミラス艦隊の誤射した惑星破壊ミサイルが太陽に命中、太陽内部の核融合の異常増進を引き起こしてしまう。そして、この影響により、１年たらずで地球は人の住めない灼熱の惑星となることが予測される。この人類最大の危機に際し、地球防衛軍司令部は、宇宙戦艦ヤマトに、人類が移住可能な惑星の探索を命じる。だが、旅だったヤマトは、間もなく２大星間国家の戦乱に巻き込まれることとなる……。