京都の街にアルファベットと数字で書かれた謎の暗号が出現。京都を東西南北に走る通りが交差するところに、数字が描かれたステッカーが貼られる。
気になって調べ始めた宅間と千波たち特別捜査係は、ステッカーが貼られた地点で必ず事件が起きていることを突き止める！
アルファベットと数字…いったい誰が何のために設置したものなのか？そこに隠された意味とは何なのか？それを探り始めた矢先、暗号の地点で死体が見つかってしまう…！
事件の背後に浮かんだ佐神稚洋（上川隆也）という人物。その男に会うため、宅間は10年間慣れ親しんだ滋賀中央刑務所に潜入することになる。
一方、京都府警本部長・高倉紀一郎（大杉漣）の元には、衆議院議員の清滝悦子（前田美波里）、京都第二医師会の副会長・恩知由紀彦（長谷川初範）、関西教育委員会委員長の出水宣郎（名高達男）、弁護士の日暮勇輔（中丸新将）といった京都の要人たちが集まっていた。どうやら彼らは何者かに脅迫されているようで…？
そんな中、ついにふたつめの殺人事件が！ そしてその現場にも謎の数字が残されていた…。謎のステッカーに導かれ、事件は思わぬ方向へ展開していく！
