Maetel est de retour sur Râmetal pour succéder à sa mère, la reine Promethium. Mais à peine a-t-elle débarqué du Galaxy Express 999 que la Reine est attaquée par Nazca, un jeune passager clandestin rencontré à bord. Maetel décide de l'épargner afin de l'interroger...
『メーテルレジェンド』から数年後。メーテルの母親である「ラー・アンドロメダ・プロメシューム」は機械化帝国の女王として君臨している。若きメーテルは999号に乗り、生れ故郷ラーメタルを目指す。ラーメタルに向かう途中、999号は何者かに攻撃され、その車中、メーテルは整備士の少年ナスカに出会う・・・
