In der nahen Zukunft befindet sich die Erde im Krieg mit Außerirdischen, die Worms genannt werden. Ein Großteil der männlichen Bevölkerung auf der Erde ist vernichtet worden. Die Worms wurden zwar bereits einmal besiegt, doch nun kehren sie zurück und drei junge Mädchen stellen sich ihnen mit ihren Mechas entgegen, um die Erde zu verteidigen. Können diese Mädchen das Überleben der Menschheit sichern?
The story takes place in a time when a third of mankind was wiped out by an enemy known as Worms. Mankind had to resort to using weapons of mass destruction to win. But 10 years later, Worms had return. The name Sky Girls refers to the special few girls who pilot large mechanical frames called Sonic Divers into battle.
En l'an 2071, les unités cyborgs WORMS sont soudainement apparues, et entamèrent leur opération de destruction de l'humanité. Même chose en 2073, en raison des dommages provoqués par les WORM qui ont éliminé un tiers de l'humanité, une unité d'armée internationale a été formée. Également le même cas en 2074, où l'humanité, incapable de renverser la situation, a finalement décidé de recourir aux armes de destructions massives. Et réussi à détruire les unités de WORM. Cependant, le prix fut très élevé. Les continents principaux furent éclatés, l'Antarctique disparu, et la moitié du monde a été recouvert par la mer. Mais le plus gros impact sur l'humanité dans cette guerre fut le fait que le nombre de soldats, en d'autres termes la majorité des hommes de 20 à 30 ans, a été réduit de 90%. Et 10 ans plus tard...
西暦2071年。突如出現した機械細胞群ワームにより、人類は総人口の三分の一を失った。
同2074年、統合人類軍は地球規模での大量破壊兵器を使用、さらに大きな代償を払いながらワームを殲滅する。そして10年の時が過ぎた・・・。
空を飛ぶことを夢見る元気娘、桜野音羽。IQ200の天才、園宮可憐。空軍の若きエース、一条瑛花。
三人の少女が横須賀の地へと集められる。そこで三人が目にしたのは、いままでの戦闘概念を根底からくつがえす、まったく新しい設計思想で開発された新兵器、ソニックダイバーであった。
今はパイロットを引退した冬后蒼哉の元、ソニックダイバーのパイロット候補としての訓練の日々を続ける三人。
しかし復興しつつある人類をあざ笑うかのように、10年の時を経てワームが復活してしまう。
人類の希望と未来を背負い、今、天翔ける乙女たちが大空へと羽ばたく時が来た!
В 2079 году от внешнего облика Земли мало что осталось. В пятилетней войне против загадочной инопланетной цивилизации механических существ, человечеству пришлось потопить целый континент с вражескими базами. Но победа была не полной. Некоторым механизмам удалось уцелеть. И вот, увеличившиеся просторы мирового океана бороздят военные корабли, главным оружием которых стали очаровательные юные девушки, пилотирующие меха-истребители. Трём главным героиням сериала впервые предстоит испытать на прочность свои меха-костюмы в реальном бою.
2071年,全世界出现一群以纳米机械为基础,聚集而成的集合体,世界将其统称为"Weapons Of Raid Machine"〈W.O.R.M./虫子〉。 而W.O.R.M.的出现,开始对人类进行一连串的毁灭性攻击,将人类世界的炼油厂、发电厂、军事基地一一进行消灭。
2073年,全世界损失了大约1/3的人口,迫使全球政府组成人类统合军,对W.O.R.M.进行反击。
2074年,失去冷静的人类,使用大规模破坏性武器对W.O.R.M.进行攻击,终于歼灭了W.O.R.M.,但也付出了极大的代价。主要大陆分裂、南极大陆消失、50%的地表被水覆盖,以及超过9成的20~30岁的男性消失。
2084年,两位被军队所征召的少女以及一位为了自己目的的少女,聚集在追滨基地,展开一场翱翔天空的梦想之旅。