東京水上警察署の碇拓真（佐藤隆太）が38年前に起きた飛行機事故が原因で心に深い傷を負っていることを知った有馬礼子（山下美月）は、彼のために出来ることがあるのではないかと考え、事故当時、救助活動に参加していた海技職員OBの大沢俊夫（小林隆）から話を聞こうとする。だが日下部峻（加藤シゲアキ）は、そこまでする必要なない、と礼子に告げ……。 そんな折、潮風臨海公園の海上でドローンが爆発する事件が起きる。碇たちはただちに現場へと急行するが、先に現着していた湾岸署の面々によって追い返されてしまう。それでも碇は、まだ湾岸署のヤマになったわけではない、と言って、現場近くで釣りの禁止を訴えていた環境保護団体『ヴァードアース』の事務局で話を聞いてみることにする。 同じころ、元鑑識で、現在は碇のチームにいる刑事・藤沢充（中尾明慶）は、休みを利用して妻の麻美（清水葉月）と息子の陸（加藤叶和）を東京水上警察に呼び、職場見学をさせていた。見学担当の舟艇職員・米田航基（宮津侑生）から警備艇への乗船を許可された藤沢たちは、『あかつき』に乗り込もうとする。するとそこに現れた上原修也（小須田康人）という男が、いきなりナイフを取り出して藤沢の脇腹を刺した。上原は、藤沢たちを『あかつき』に押し込むと、自らも艇に乗り込み、「早く船を出せ」と米田に命じて立てこもり、シージャックを図ろうとしていた……。