北宋仁宗年间，朝廷软弱，北方辽国、高丽等对大宋国土均存觊觎之心。庐州某书院学生包拯不仅才学出众，而且思维缜密，善于推理。包母医术高明经常被官府请去验尸，母子二人协助官府破了不少案件。高丽为了与大宋修好，决定将高丽郡主嫁与大宋皇帝，途经庐州险被黑衣人所刺，幸被包拯救下。
太子见民女小艾貌美，将其抢回府中欲对她施暴。不料小艾被“女鬼”二次救走。太子被杀。高丽要求北宋迅速查出真凶，并已在国内开始征兵。为免生灵涂炭，宋仁宗派八贤王到庐州缉凶。
轻功绝佳的凌楚楚救了小艾，原来她就是“女鬼”。庐州府尹想杀掉她们，这样对高丽人也有个交代。包拯施计为二人洗清罪名。包拯认为应该重点调查黑衣人的来历，不料发现几名黑衣人被人集体杀死，而且是被高手一剑毙命。包拯查了高丽的世系谱之后认为此案与七皇子李希有关，却不料李希也被杀害了。
高丽朴将军率领3000高丽兵攻入泸州城，庞太师带领5000兵马及时赶到。包拯发现高丽郡主的侍女乔装成宋人买回打胎药，顺藤摸瓜他查出了郡主与高丽使者崔尚书的私情。二人承认相恋但否认杀人，八贤王却认为将案情定为高丽内部争斗可以化解两国矛盾，阻止包拯继续追查。
八贤王被包拯的真诚感动，给他三天时间破案。小艾被发现上吊自杀，遗书上写明自己因不甘受辱而怒杀皇子。包拯对小艾的遗书起疑，又联想到种种细节与人情不符，怀疑凶手另有其人。庞太师给包拯一天时间找出真凶。
包拯通过对照字迹，小艾遗书中奸字居然三个女字一模一样，发现是有人从小艾生前写的刘禹锡的《乌衣巷》最后一句“姓”字拓写的。又从一盘搅乱的棋局解析了所有的疑点，找出了真凶竟然是沈良 ……
天鸿书院才子展俊生性自负，常与同学发生争执。一日他与同学公孙策口角后，二人相约下学后再作理论。不料次日清晨展俊被人发现死在屋中，包母验尸后认为他是被人用大锤重击而死的。公孙策因曾与展俊争吵而嫌疑最大，被收监入狱。
展俊的弟弟展昭武功高强，发誓要为其兄报仇，试图杀死公孙策。包拯通过展俊尸上的几处细节证明公孙策与展俊死的时间不能谋合，有不在现场的证据，证明了公孙策的清白。
山洞中写有严厉的诅咒，并有数具石像描述了各种令人毛骨悚然的死状，其中一具石像的死法与展俊一模一样。负责破案的杨大人认出这是侉屹族的血祭坛，并怀疑展俊的死是因为擅闯禁地而遭诅咒。不料几天后杨大人暴死，心被挖走。
书院里阳大人遇害，手握重兵的木都统突然来到，封锁了书院，严禁包拯等人协助破案。一个有武功的瞎子夜探血祭坛，与一神秘黑衣人交手，当他再探血祭坛时被木都统抓走。深夜，一个戴面具的人救出了瞎子，而他竟是木都统。
包拯的知己、音乐老师蒙放也被人所杀，头被砍掉了。万分悲痛的包拯决心查个水落石出，他来到侉屹人原先聚居地的遗址，发现他们竟是被残忍地集体灭族而死的，这个惊人的发现使案件的侦破有了转机。失踪三天的木都统回来了，但马背上驮着的却是一具尸体。
在为木都统下葬时，早已死去多时的眼中竟然流出了血水，这一细节给了包拯新的启示。神秘的血祭坛诅咒之谜终于解开了，这是侉屹族死里逃生的两名后裔长大后为族人报仇而进行的复仇计划，而凶手却是包拯最热爱的人…
包拯同凌楚楚、展昭同赴汴京准备参加两月后的会考，途经楚楚的家乡隐逸村。几个月前，凌父的结拜兄弟卓七被杀并被砍去右臂，凌父也突然失踪，楚楚希望包拯能帮她找回父亲并查出卓七叔的死因。
村里青年卓云、杨开为获取楚楚芳心相互竞争，而杨开同楚楚的继母暗中有染，几个人各怀心事。一名自称龙秋燕的少女闯入了隐逸村，来历不明的她竟令凌父的另几位结拜兄弟张三、李四朱六大为恐慌，担心她是朝廷派来的，三个人因意见不和大吵一架，在回家的路上张三被杀并被砍去一条腿。
楚楚告诉包拯，村里的六家人每家都保存有一具干尸，而且每具干尸都缺了身体的一部分。包拯注意到死去的两人被去的部位都与自家干尸缺少的部分相同，更奇怪的是，朱六惊恐地大叫“干尸复仇”，在众人的追问下，李四讲出了干尸的来历
村人发现洞中有一可疑之人，包拯建议用火攻将其逼出，没想到他竟是失踪多日、已经疯癫的凌父。大家将其救回诊治，发现他中了剧毒暗器“暴雨梨花针”。正当他的情况日益好转、快要清醒的时候，却在展昭的严密守护下被人砍去头颅而死。
朱六也被害了，身体同样被砍去了一部分。包拯上山寻访，在上山发现一座孤坟和一间废弃的小屋，屋内陈设用具显然是一女子的卧室。朱六的独生子正德一直在暗中跟踪包拯，深夜又潜入卓云的房间企图杀他，不料反被卓云所杀。
众人发现正德的房间挂满了楚楚的画像，原来他一直暗恋楚楚，众人认为一事实上是正德为了得到楚楚一再杀人，而包拯却指出真凶另有其人……破案后，包拯等人继续踏上旅途。而庞太师带兵烧光了全村，这一切只为埋葬二十年前宫廷中的一个秘密。
包拯等人来到京城与公孙策会合，他们又遇上当今太师之女庞飞燕，考生中盛传湖边有一名妓云霜之墓，谁能猜透墓碑上诗文中的含义便能高中状元。考试前一天，考生阮文浩、向天问自称状元非己莫属。
考试第一天，包拯刚打开试卷正在审题，却见旁边阮、向二人已不假思索地奋笔疾书。考试第二天，考场突起大火，将第一天的考卷全部烧光，阮文浩死在书库里。书生中流传着一本影射包拯为夺状元而杀人的书，包拯有口难辩。
考试第三天，向天问被发现死在水缸里。年轻的皇帝为与一手遮天的庞太师抗衡，希望广纳人才，亲召包拯，限他在三天之内全权负责破案，然而就在此时，客栈酒保周八斤在突发横财之后，被发现淹死在湖中。
飞燕建议大家划船游玩，以便为包拯散心。船至湖中，飞燕与考生赛中原不慎落水，包拯发现赛中原的一条腿是假肢，联想到种种疑点，包拯认定赛中原便是凶手，将其缉拿归案。当官司府判决将赛中原斩首时，包拯却发现赛中原之案疑点重重。
包拯重验周八斤的尸体，发现他是被人毒死的。包拯认为自己的判断有误，推翻了原来的想法，从刀下救出了赛中原。从云霜的碑文中，包拯悟出了杀人者的动机，他设下圈套诱真凶现身，凶手果然中计。正当凶手原形毕露时，庞太师却在此出现。
在八贤王的帮助下，真凶被押上公堂，他竟是庞太师的女婿、主考官崔明冲，他也是云霜昔日的恋人。为了怕人揭穿他们的关系，崔明冲不惜连环杀人。包拯破案有功，但却耽误了考试，他辞皇帝赐予的官职，准备明年再考。
在回庐州的路上，展昭将包拯带到了他出家的相国寺。寺的附近有五个孤儿，号称“五鼠”，经常偷吃寺里的东西。包拯等人来到寺里的第二天，寺中住持衍悔的四大弟子之一戒空从山上掉下摔死了，而他死前曾与来偷东西的五鼠之一“锦毛鼠”发生争斗。
第二天一早，大家发现衍悔大师在屋中已然圆寂，全身筋脉尽断。有人猜测他是练功走火入魔而死，但公孙策在大师的房内发现了可疑的迹象，证明曾有人在大师死前进入房间，从遗留下的一个小脚印判断，来者应是孩童，众人的焦点又集中在五鼠身上。
五鼠被抓到寺里，态度恶劣，口出恶言，锦毛鼠还声称看过寺中的武学秘笈《大日如来咒》，他们被押进地牢。深夜，在寺中作客的西夏僧人达摩智放走了五鼠，但威逼锦毛鼠背出《大日如来咒》，锦毛鼠不从，达摩智给他服下毒药，并和突然而至的一黑衣人交手。第二天，大家发现达摩智已经死去。
巡抚杭天豹与衍悔是故交，对《大日如来咒》一直存有觊觎之心，为得秘笈他借为锦毛鼠发功疗伤之际，逼其背诵，但毫无结果。一名神秘的黑衣人再次出现与杭天豹激战，当众人发现时，杭天豹已经死在药房中。
公孙策在药房现场发现杭天豹死前用剑写下了“戒”字，怀疑凶手是寺内“戒”字辈的僧人。他还注意到凶手留下的一个破绽：杭天豹是左撇子，死后却是右手握剑。一直生病的包拯发觉有人在他的食物里下毒，目的是不让他参与破案。
包拯从锦毛鼠身上的文身洞悉了全部秘密，他召集众人，指出凶手便是四大弟子之一的戒贤。原来三十年前衍悔曾犯下色戒，锦毛鼠便是他的孙子，戒空、达摩智与杭天豹发觉了这个秘密，以此为要挟索取住持之位或秘笈，戒贤为维护他所热爱的大师和相国寺的声誉杀了他们，随后也自尽了。包拯破案后，寺里人执意要他作新住持，包拯无奈地逃走。
为躲避去相国寺当住持，包拯与公孙策在返乡的路上分手，公孙策与展昭等人夜宿一小镇的客栈上，与一个名叫“彩云天”的杂耍班相遇。杂耍班内关系微妙，气氛紧张，武师熊原、雷石为一双鞋竟大打出手。店主戚老爹与其义女丫头也神秘莫测。
杂耍班在表演时出了人命，熊原被绑在身上的磷粉竟是火药，他已被炸得面目全非。杂耍班内的康乔姑娘声称，熊、雷二人都对自己有意，他们是为争风吃醋而两败俱伤的。
公孙策在雷石的口中发现一根鱼刺，而他刻在板桌上雷石是不吃鱼的。公孙策怀疑死者不是雷石，他很可能还活着。事实果然如他所料，在一个被杂耍班称作“鬼洞”的地方，康乔与雷石正在寻找他们梦想中宝物，康乔趁雷石不备一刀将其杀死。
康乔等人打伤监视他们的官兵，再次闯入洞中。洞内，公孙策已布下了天罗地网，正当双方激斗之时，另两名黑衣人与康桥厮杀在一起。作恶多端的康乔终天被擒，黑衣人、戚老爹和丫头也讲出了他的的真实身份。公孙策在家乡庐州与包拯巧遇，正当几人准备回家之际，官府贴出布告：八贤王将于六天后问斩，心急如焚的包拯匆匆再赴京都。
包拯见到八贤王，得知事情的原委：在朝廷祭天的那天，八贤王提前来到大殿，随即便被迷药迷倒，等他醒来时看见自己手里握着一个血迹斑斑的铜烛台，而宫女秀珠已死在脚下。皇帝赐给包拯一枚金牌令他负责破案，包拯决心还八贤王一个清白。
包拯发现宫中的迷药“七星海棠”被盗，而秀珠的指甲里也有这种迷药，在秀珠的房间里他还发现一幅书法，字里行间暗含着“千波殿”三个字。包拯向宫内人询问，宫中对千波殿的事讳莫如深，包拯冲破太监首领郭槐的种种阻挠，终于见到了被囚禁在殿中二十余年的李妃。
秀珠死前在卖面的六子那里留下一幅画，画上是一个怀中抱着一口锅的人。包拯认为这幅画暗喻凶手是太监郭槐。协助包拯破案的捕头小刀突然被杀，地上用鲜血写着“郭槐杀我”。公孙策发现凶手另有其人。
包拯在公孙策的提示下白小刀其实是自杀，目的是掩护主人。他终于搞清是谁要嫁祸于郭槐，他和公孙策逼八贤王承认：这一切都是他布的局，他愿意承担所有的责任。楚楚发现爹爹的遗物……一块黄绫襁褓沾上酒后显出字迹，包拯看后拿着襁褓直奔六子面馆。
六子曾对包拯说他也有一块黄绫襁褓，包拯发现两块襁褓对在一起才是完整的，而上面的字迹全部显现出来后令包拯大惊失色。庞太师要亲自监斩八贤王，千钧一发之际包拯等人截法场救了无辜的八贤王。众人被召到金殿上，包拯讲出了“狸猫换太子”的往事。
原来当年李妃与皇后几乎同时分娩，御命谁先生男婴即立为太子，皇后与庞太师串通命崇庆七鹰将李妃先生之子以狸猫掉包，污蔑李妃是妖孽，先皇将其打入冷宫。当日的皇子即是今日的六子，真相大白后庞太师欲杀包拯和六子灭口。
北宋仁宗年间，横陇一带决堤，廉王得知当年建造堤坝，有人贪污舞弊，仁宗有见及此，决定找包拯入宫侦查弊案。话说包拯原来躲在乡间书院，当其教书先生，看来已然退隐，展昭对此甚为小解，但在公孙策心中，却知包拯只不过是一时雌伏，他日终会雄飞。故决定设计令包拯重燃壮志，再出江湖。
包拯终决定接下圣旨，再次上京。于是乎与公孙策及展昭一行三人上京去也，在上京途中却在破庙遇上一个叫王朝的怪人，包拯给予一饭之恩，因此而与王朝种下日后种种奇情。包拯终于入宫，但仁宗却派人带他们到一凶案现场。令包拯等人大惑不解。原来宫中专司财务的大臣陈也申竟然在密室内中毒而死，仁宗认为此案可能与贪污案有所牵连，故下令包拯细加调查，拯在案发现场发现种种令人不解的现像，再度陷入迷雾之中。
仁宗为了方便包拯查案，赐包拯免死金牌，拯心想皇上给予免死金牌，正代表皇上知道此案并不简单，甚至乎可能会有杀身之祸，但是包拯生性遇强越强，为了万民百姓，包拯终决定接下金牌，誓要将贪污弊案查个水落石出。在陈也申被毒杀的现场，包拯找到一丝线索，发现房内竟然有一种特别的泥土，而最为想不到的这种泥土，竟然正是三廉王的花园所特有。
包拯为查命案而拜会三廉王，廉王欲一试包拯是否浪得虚名，决定设局试包拯，期间竟发生了一件令廉王意想不到的事，其爱驹竟被毒杀。包拯推断有人喂毒令廉王爱驹发疯，是想行刺廉王。而另一方面，包拯在宫中遇上一宫女小蜻蜓，却想不到钱包竟然被她偷去。而更为想不到的是，竟因此而令包拯与小蜻蜓种下日后错综复杂的感情。
一直以来，公孙策都未能化解心中之结，时常想与包拯一较高下，当公孙策得知自己竟患了不治之症后，决定利用仅余的时间，与包拯分过高低，包拯当然不知道公孙策患了绝症，故想不到公孙策竟然会与自己分道扬镳。而另一方面，廉王再次险死，再度被人暗杀，但竟然两次暗杀事件似乎竟牵连到小蜻蜓身上。
公孙策竟然遇上指腹为婚的未婚妻陆湘湘，陆湘湘性格傲慢，加上公孙策一心要与拯决过高下，不想在这时谈情说爱，所以断然拒绝了陆湘湘的婚事！而另一方面，包拯暗中追查廉王被行刺之事，竟发现其中原来有所谓的“暗杀密码”，跑拯及破译密码，救了廉王一命，但廉王不单没有感激之意，竟然还要包拯不可继续追查。廉王此举令包拯大惑不解。
公孙策竟然遇上指腹为婚的未婚妻陆湘湘，陆湘湘性格傲慢，加上公孙策一心要与拯决过高下，不想在这时谈情说爱，所以断然拒绝了陆湘湘的婚事。而另一方面，包拯暗中追查廉王被行刺之事，竟发现其中原来有所谓的“暗杀密码”，跑拯及破译密码，救了廉王一命，但廉王不单没有感激之意，竟然还要包拯不可继续追查。廉王此举令包拯大惑不解。
包拯得到重要线索知道陈也申被毒杀之事，果然案中有案，但可惜公孙策为了快包拯一步破案，竟然自行将真凶揭发，公孙策万没料到自己竟然堕进了贪污集团所设计的陷阱之中，后经包拯揭发，才恍然大悟，但却因此而大受打击。加上公孙策所患之不治之症终于病发，原来公孙策感染了怪疾，会令其双目失明。公孙策在双重打击之下，完全崩溃。
贪污集团竟然筹划一项惊天动地的计划，打算夺宫。包拯却陷入迷雾之中，陈也申被毒杀、廉王接连被行刺，包拯为求破解种种谜题，冒险调查，却不慎被人发现，并且被人抓在牢中。包拯在牢中反复思量，终于凭一小事而灵光一闪。
王朝马汉竟被判死刑，包拯这才想起，王朝曾受自己一饭之恩，绝非穷凶极恶之人，因此怀疑另有内情…… 原来基于种种巧合，马汉被控奸劫，王朝拯救义弟心切，错用劫犯的途径，结果令案情更为严重。但据马汉所说，看来这案确然谜团重重，包拯感到内有乾坤，遂决定为二人伸冤，但在调查当中，却发现疑凶李道有明显的不在场证据。
包拯调查马汉冤案，终掌握破案关键，可惜受到襄阳王处处阻挠，无奈下，包拯唯有以御赐之免死金牌拖延王朝马汉的刑期，但这却加深了与襄阳王之间的矛盾。于小蜻蜓的帮助下，包拯得以抓到李道，开审之日，包拯逐点击破他的狡辩，终令李道伏法。此案令包拯再显声名，马汉的母亲更送了他一个刻有“包青天”的牌匾以表谢意，包拯心内顿然下了一个改变一生的决定。
李道被斩之日，刑场内发现了十年前定远县惨案的逃犯乔泰，仁宗因而顺水推舟，任命包拯为定远县知县，负责调查此奇案。上路途中，王朝马汉一心报恩，主动追随包拯，而更喜出望外的是，公孙策亦已放下心结，与包拯携手合作。另一方面，小蜻蜓自离开廉王后再遇包拯，包拯因受廉王所托，所以将小蜻蜓扣押身边，二人不禁成为一对斗气冤家。
桃园惨案源于乔泰杀害陈大、张根、王田三家七口八命，于是包拯着三人前来协助。当晚，陈大神秘失踪，包拯正自奇怪，却有两名黑衣人掠过，可惜因为小蜻蜓的捣蛋而给他们逃脱。包拯痛骂小蜻蜓，小蜻蜓声称怀疑乔泰还有同党，所以才前去调查，包拯祈望乔泰响应，但他的答复只是“沉默”……当包拯想出方法之际，却又遭到当地府尹的阻挠。
小蜻蜓与湘湘因为误导包拯的查案方向，结果给拯识破，拯为免二人再度生事，唯有把二人囚在牢中，但却因此令两人成为好友，结义金兰。两人欲助拯破案，于狱中故意逗乔泰，但不慎弄坏了乔泰妻子的遗物，引至他激动地逃离了监牢，两人唯有跟踪乔泰……另一方面，包拯终识破了陈大失踪之谜，谁知此时张根却又告失踪，也就是案中两名重要受害者，在十年后都分别失踪，令案件更加耐人寻味。
乔泰逃狱后，原来到了妻子的坟前痛哭，并没有接触其它人，看来乔泰还隐藏着甚幺秘密。但一波未平，剩下的重要证人王田竟然遇害。更令人惊讶的是，这次最大嫌疑犯---乔泰，也同样遭人毒手。乔泰临死前，竟向小蜻蜓直认自己是真凶，真是他杀害了当年三家七口。
经过验尸后，公孙策发现王田的死因并非是表面所看……另一方面，包拯抽丝剥茧，竟发现乔泰只不过为了四十八两而杀害了八条人命。而买凶杀人的幕后，竟是一个与陈大等三人曾经结拜过的李义，李义与陈大张根王田之间，有着一个不可告人的秘密才引致如此悲剧收场。
包拯终想出妙计，一方面破解了小蜻蜓与张龙、赵虎之间的瓜葛，另一方面亦令张龙、赵虎不用再亡命天涯。事件解决后，包拯接到密旨，为怕小蜻蜓生事，便与小蜻蜓上路，离开了定远县。但就在这时，展昭却在一次行动，无意间得悉有刺客打算在金龙寺刺杀包拯，公孙策等人知道后不禁大为震惊。但因为联络不到在途中的包拯，所以众人决定乔装混入金龙寺调查，希望在事件发生前能找到刺客。
想不到湘湘竟会在金龙寺出现，原来湘湘为了公孙策，找来名医，决心要替策治好双眼。此举令策不禁不感头痛。而另一方面，表面祥和的金龙寺，却又像隐藏着不可告人之秘密。而投宿在金龙寺内的人，又像各怀鬼胎，每个人都甚有可疑，策一时间亦未能找到谁是刺客，想不到就在此时，展昭竟然被人在封闭的饭堂内毒害。策诊断之下，知道昭中了剧毒，会昏迷七天，七天之后便会毒发身亡。
公孙策推理，展昭中毒并非因为身份败露，可能只是误中副车，当务之急是要找出落毒之凶徒，因为只有凶徒才能替展昭解毒。为此公孙策预备筹划一次自我中毒的假局，但正要行动之时，投宿在金龙寺的胡家五口却遭毒害。凭借蛛丝马迹，公孙策破解那是唐氏兄弟所为，但却给两人逃走了……策检验之下，知道唐氏兄弟所用之毒药，与展昭所中的有异，才知道唐氏兄弟只不过是趁火打劫。
投宿在金龙寺内，还有一对奇怪的夫妻，倪琼与蒯正良，策知道琼身患绝症，策正想试试能否替琼治命之时，却被其夫所阻止。这两夫妇的行为十分可疑。二人投宿在金龙寺似乎另有目的。而他们的目的竟然大出公孙策的意料之外。另一方面，包拯表面接旨往账灾，实则是仁宗另有密旨，原来仁宗微服出巡，遇上奇案，所似暗中命包拯前来相助。
湘湘突遭奇袭。醒后竟然身处在树林之内，原来这个并非一个普通的树林，是一个会令人走不出来的树林。公孙策救湘心切，不顾后果走进树林，结果二人被困树林，走了一日一夜竟仍然迷路。但亦因策奋不顾身，令湘感动不矣。而在树林内，二人竟然遇上冷血的唐氏兄弟，原来唐氏兄弟亦被困在林内，二人找不到食物，竟想吃湘湘，在危急关头，公孙策的灵马火耳竟前来相救。凭借火耳的动物本能，策终找到离开树林的路径……当二人返回金龙寺的时候，王朝竟然已然找到下毒真凶。但策却认为凶手另有其人。
金龙寺住持来恩大师，竟就是下毒真凶。原来来恩大师表面慈悲为怀，实则背地里犯下种种不可告人之秘密。更是多年前的七省淫魔裘霸天。来恩这法号之下，竟然掩藏着这重大之秘密。而蒯正良与倪琼也并非真正夫妇。倪琼竟然正是当年受来恩奸淫过的其中一位受害者。究竟来恩还犯下过甚幺十恶不赦的罪行呢。虽然真正下毒的凶手已然找到，但刺客仍然是谜。
虽然拆解了金龙寺隐藏着的秘密，但策仍未能找到刺客，大为心焦，因为下毒真凶已然找到，所失展昭亦顺利得救。苏醒过来的展昭，很快便回复活力，最为意想不到的，是展昭竟然无意之间，发现当日听到有人要行刺包拯的说话，是出自唐氏兄弟口中。也就在这时，本来被困树林内的唐氏兄弟，为了感谢策救了他们一命，决定把真相说出来。
唐氏兄弟所谓的真相，就是刺客已然改变了下手的地方，刺客竟改在县衙下手。策等信以为真，也就赶回县衙去。而此时包拯已然动身往金龙寺，一切危机看来已然化解，却想不到真正刺客竟然在金龙寺出现。拯险死，命悬一线之际，展昭赶到救了包拯。原来策在途中突感不妙。推理到唐氏兄弟说的是谎言。也就赶回金龙寺来，幸策及时，包拯才能逃过一劫。而最教人意想不到的是，刺客竟然是……
城中竟然发生一件事先张扬的盗窃案件，此举令小蜻蜓兴奋不已，推波助澜地要包拯接下此案。原来名噪一时的名画“牡丹亭少女”竟然重现江湖。包拯大为奇怪为何小蜻蜓对此画竟如此好奇，也就决定接下此案，果然就在画展期间，此画竟在众目睽睽之下失踪。就在众人大惑不解之时，包拯竟然说知道名画下落，更知道谁是真凶。
想不到盗画真凶竟是藏画人自己。而更为想不到的是，传说中“牡丹亭少女”这画中藏有一谜，而此谜一直无人能解。包拯亦想不到小蜻蜓竟然却把此惊世之谜解开。而更令包拯大出意料的是，小蜻蜓竟然自称是绘画此画的名家冯止水的亲生女儿。
想不到一切都是因为小蜻蜓的义父。原来小蜻蜓知道冯止水的画可能与义父有开，而义父在多年前突然失踪，小蜻蜓一直都想寻到义父下落，而这幅“牡丹亭少女”正是她亲眼看见义父为她所画，所以她才知道“牡丹亭少女”之谜。为此，小蜻蜓才冒认为冯止水之女儿，更暗中利用张龙、赵虎将冯止水绑走，令自己有更多时间在冯府内进行调查。但冯府却在疑云阵阵，小蜻蜓像陷进了重重危机之中。
冯府有一疯妇，突然塞了一张字条给小蜻蜓，起初包拯与小蜻蜓也感到迷惑，后来包拯终破解了字条之谜，从而在冯府内找到一个隐秘的密室，而在密室内，小蜻蜓终于找到义父，但义父已早化作一具骷髅。似乎小蜻蜓的义父曾经被困在密室之内。而曾遭人残杀。而冯府上下，却个个都有可疑。
就在疑团阵阵之时，疯妇竟然自认正是杀死小蜻蜓义父的真凶。正当众人震憾不已之际。冯止水的弟弟冯永吉，竟又自认是杀死小蜻蜓义父的真凶。更从而揭发出当年小蜻蜓义父在冯府内所遭受的令人惨不忍睹的折磨。而这一切令小蜻蜓大受打击。小蜻蜓怎也想不到义父曾经遭受如此之折磨。甚至乎在死前亦遭受到种种虐待。
而当疯妇及冯永吉自认是杀害小青蜓义父的真凶之后，案情竟然又再度峰回路转。原来疯妇、冯永吉虽然曾杀害小蜻蜓义父，但到最后，真正凶手却竟然是冯止水。但似乎包拯仍认为真凶另有其人。原来在小青蜓义父死那一晚，先后遭到疯妇下毒、冯永吉砍杀，继而是冯止水再度强迫小蜻蜓义父喝下大量毒药。但这些其实都并不是小蜻蜓义父之真正致命之处。
展昭欲回相国寺，岂料途中竟然遇上一个身受重伤的小公子芳芳，从芳芳口中，展昭得知他的家人在客栈遇害，所谓路见不平，拔刀相助，展昭决定替他伸张正义，带他往报官，岂料这人所说的一切竟全是谎话。但幸好展昭察觉到某细节，而知道这小公子原来另有苦衷，而所说的亦非谎话，只是有人故意把真相掩藏，最后，他更要求展昭带他到福港村去，想去寻找一个叫做逍遥岛的地方，但怎料，这世上根本没有逍遥岛，村民说这只不过是一个传说，想不到小公子竟然又再度说谎，令展昭哭笑不得。
乔穆峰与乔珠峰的出现，又令到逍遥岛这一传说变得可靠，原来真的有逍遥岛之存在，当展昭等人被人伏击，乔穆峰舍身相救，并在展昭昏倒后，将展昭等救到逍遥岛去。原来小公子身怀一特别的钥匙，是开启逍遥岛某密室所用的，但藏宝处却另有玄机，一定要找到一线天这地方，才能找到藏宝之密室。
展昭查得乔氏兄妹是假冒的。想往拯救小公子，终在千钧一发之际，救出小公子。就在这时跟随小公子的总管原来未死，而亦找来真正的乔氏兄妹。另一方面，包拯奇怪为何展昭久去未返，也就出发往找展昭，在途中，包拯凭种种蛛丝马迹一直追寻，终来到福港村。
话说真正的乔氏兄妹终令众人抵达逍遥岛，但就在这时，他们遇到泰雅，一直像充满谎话的芳芳，竟被展昭揭发他是一个小女孩。只是一直女扮男装。众人终于抵达逍遥岛，亦寻到一线天这地方，但无奈，却破解不到一线天之谜，未能找到藏宝的地方。这时之前假买乔穆峰的格氏兄妹，竟亦已找到来到之方法，更带来大批人马，实行要抢夺小女孩芳芳身上的钥匙，就在众人被困之时，突有大军杀到将众人解救，这时展昭才知道芳芳不单是一个女孩子，更是一位小公主。
展昭终于知道芳芳的真相，原来芳芳是哈拉维族的公主，因为政变，父皇被困，芳芳一定要来逍遥岛寻找族中神石，只有这样才能解救父皇。但当展昭得悉真相后，却就被人突袭，醒后，展昭发觉自己竟然已身在拯怀中。包拯终于找到展昭，但无奈，包拯亦破解不到上逍遥岛的方法。展昭十分担心芳芳，因为展昭知道在芳芳身边的所有人其实都很有可疑，所有人都像各怀鬼胎。包拯一行人却遭到泰雅的暗算，最终他们成功逃脱，包拯一行人帮助了芳芳，芳芳和乔氏兄妹去救父皇，与展昭告别。
仁宗微服出游，在返京途中巧遇一奇案，于是乎再度命令包拯去追查。话说有些囚犯出狱后都相继离奇意外死亡，包拯和公孙策同往验尸，发现各人的死因表面是意外死亡，实际上却是被人精心设计而害死的。包拯与公孙策决定要亲访那牢房，但若果这样去调查，很容易走漏风声，于是乎二人决定坐牢。假装囚犯混入牢房去。而就在各人侦查期间，竟传来仁宗遇刺的消息。
仁宗遇刺受伤，但幸没有生命危险，包拯也就继续追查那狱中奇案，在囚室内，包拯碰见那个行刺仁宗的刺客，那刺客竟然被人用铁头套套着。包拯看着铁头人，心内像有些甚么感应，但又说不出所以然来。至于那监狱奇案，包拯终于找到重要线索，将谜题破解。但一波未平一波又起，这时候，马汉和赵虎竟然身陷囹圄，似乎被人陷害。但包拯为了赶着上京，唯有暂时将二人的冤案搁在一旁。
王朝、张龙一直在跟踪着张龙冤案案中的主要嫌疑犯，一直跟踪到京城，但竟然却陷入另一奇案之中，二人昏迷后，竟然发现自己在凶案现场，且证据确凿地成为伤人的嫌疑犯。于是得二人也被拿到狱中。包拯想不到甫到京城，四个身边的朋友竟相继入狱，但无奈皇上催速二人入京，二人也就唯有先进宫见皇上再说，但皇宫内竟然与前大相径庭，仁宗竟变得十分相信襄阳王，而廉王竟然变成了一个终日吃喝玩乐的窝囊。
皇上举行狩猎活动，展昭竟然在狩猎期间，被人陷害，竟负上刺杀皇上的罪名。幸仁宗网开一面，吩咐展昭往剿匪，将功赎罪，并派襄阳王的手下及兵马同行，实则襄阳王命手下在途中将展昭杀害。而包拯、公孙策这时亦陷入重重迷雾之中，仁宗的性情大变，廉王的态度，襄阳王的得志，种种都令人摸不着头脑。就在这时，廉王终与二人联络，此时，才知道廉王装胡涂，只是为了保命，好去侦查襄阳王的阴谋。
襄阳王手下兵马，终在途中杀害展昭，但展昭表现仁勇，竟把一众手下及兵马感动。另一边厢，廉王怕襄阳王怀疑自己，决定装疯，在装疯过程中，受尽襄阳王的侮辱。而这时包拯竟然得到一重要索，揭发出惊人内幕。在皇宫内的仁宗，竟然是被掉了包的皇帝。这人酷似仁宗，是襄阳王找来代替皇帝，好让自己继位，企图黄袍加身。包拯找到真正的皇帝制止襄阳王夺位的阴谋。
北宋仁宗年间，汴京每有奇案发生之时，号称“大宋第一聪明人”公孙策便会出现在现场。 “大宋第一聪明人”不是包拯吗，原来包拯已经失踪两年，下落不明。三年前和谈金被盗，宋辽议和一事一直搁置，皇上委派公孙策前往边境双喜镇议和，大辽南院枢密使萧军却离奇丧命于此，一家妓院里，公孙策与展昭竟意外发现包拯。
原来包拯已经失去记忆，他在妓院和一帮姐妹成为好友，因爱吃大包子而被戏称为“大包”。厨子小蛮总是欺负大包，两人成为欢喜冤家。双喜镇县官安国泰同样离奇被害。辽国限定公孙策在规定时间内破案，否则进攻双喜镇。失忆的大包误打误撞帮公孙策破了案。
公孙策和耶律俊才设下圈套，很快发现西夏派来潜伏于大宋境内的王海霸便是凶手。可大包的意外发现，又使安国泰的死因现出新的疑点，凶手又成为一个谜。种种猜测之后，公孙策为刺激包拯，故意怀疑厨子小蛮是杀人凶手，而大包坚信小蛮无辜。为救小蛮，包拯答应一天之内找出真正的凶手。
尽管对手布局精妙，大包还是找出了萧军和安国泰的真正死因，但却没能找出真正的凶手。为救小蛮，包拯居然说自己便是凶手。离辽军限定破案的期限越来越近，驿站后院又发现一具死去多年的男性遗骨，看似和之前的杀人案没有关联。可尸骨如此巧合的出现在这样的时间和地点，会不会成为破案的关键？
官兵万吉祥又被杀害。种种猜测之后，因盗窃和谈金在三年前被处死的马兵被疑为凶手，他究竟是死是活并没有人敢下断言；同时，公孙策也没能发现接连三个不相关的命案之间有何关系。离破案的最后期限还剩一天，真凶依然逍遥法外。此时，又有人被杀的消息再次传来。
嫌犯王海霸在狱中被杀，看守他的衙差也同时被害。展昭发现重要线索，公孙策根据种种现象推断妓院老板黄乐是凶手，不料此时，黄乐自杀身亡，被认为是因暴露身份而被灭口。耶律俊才认为没有足够证据证明黄乐是凶手，包拯又争取到了一天的破案时间，关键时刻，又有新的线索出现。
耶律俊才决意要攻打大宋，公孙策在营中陪耶律喝酒企图稳住他，同时私下安排转移双喜镇居民；另一方面大包继续努力寻找真凶。当包拯离真相越来越近的时候却被不明身份的黑衣人打晕，辽军大举进攻，千钧一发之时庞太师之子庞统带军赶到。危难关头，包拯醒来，并且阴差阳错恢复了记忆。
经过周密分析，包拯终于找出真凶，原来凶手一直隐藏在妓院里，并设计了这一系列的杀人圈套。包拯同时查出了当年和谈金失窃的内幕，一系列的连环案水落石出。
在事实面前，马回峰终于承认了所有的罪行，最后大彻大悟，对自己所做的一切后悔不已，自杀身亡。包拯虽恢复记忆，可始终不能想起自己是如何失去记忆、如何被扔到京城之外的。厨子小蛮不舍“大包”，跟随包拯来到京城。一回京城，包拯便被召进宫，包拯巧妙应对庞太师刁难之后，皇上仁宗亲自召见。
皇上委派包拯寻找“天芒”的秘密。包拯和分别两年的包大娘相见。受皇帝之命，包拯、公孙策、展昭和女扮男装的小蛮一同前往迦叶寺迎接东瀛使团及其带来的藏有天芒秘密的“三大神器”。三大神器让整个寺院充满诡异，包拯直觉会有危险发生。而展昭巧遇师伯长水大师。
长水大师意外死去，被认为是神器的诅咒。寺院僧人对长水大师的离去悲痛不已。面对似乎没有任何线索的案发现场，包拯手足无措，难道真是“三大神器”杀人。事后不久，寺院里又有人被杀，刚接过长水大师袈裟的无忧大师也神秘死去。现场和长水大师颇为相似，似是一个凶手所为。
展昭被派去跟踪东瀛小忍者小狸，两人“不打不相识”,之后就有了情人关系。长水大师和无忧大师死去后，可以接替他们位置的无止被怀疑是凶手，然而在和包拯一番坦诚对话之后，两人有了朋友的默契。包拯、小蛮、公孙策一群人下山找大包子吃，在一系列意外的启发下，包拯对案情有了新的推断。
种种谜团之后，包拯查出东瀛来的少将军是凶手，证据面前，少将军并不认罪，反而指出包拯判案的几个破绽所在。正在此时，传来从东瀛来宋的一孽大师被杀的消息，他的徒弟小狸伤心不已，展昭一直陪伴在她身边。一孽大师的死和前两宗案件有许多相似之处，包拯绞尽脑汁却并没有找出真凶。少将军要血洗迦叶寺，公孙策带兵及时赶到。
双方僵持之际，少将军的父亲——大将军到达迦叶寺，限期包拯两天内破案。一直在迦叶寺的将军夫人——少将军的母亲被疑为凶手，正在此时，夫人却被杀害。包拯和公孙策查出夫人是中毒而死之后，真凶依旧没有现身。案情越来越复杂，包拯在一团乱麻之中几乎失去信心。
包拯和大将军的精心设计使凶手露出破绽，在事实面前，少将军不得不认罪。一切表象之下，一个凄美的爱情故事被揭露出来，少将军同父异母的弟弟在寺院里潜藏多年，少将军一心想找出弟弟并杀死他。想不到看似真相大白的背后，一直隐藏着另一个同谋，竟然是两个人联手制造了这四起血案。
包拯找到了真凶，真凶却为了救大将军而死，少将军也跳下悬崖。大将军发现了包拯寻找天芒秘密的用心，用优厚的条件“诱惑”包拯赴东瀛辅佐其治国。不经意间，包拯发现了“三大神器”中隐藏了和“天芒”相关的秘密。
大将军带领东瀛使团带走了三大神器。皇上得知包拯获知了一些天芒的秘密之后，命包拯立刻出发继续探寻。包拯想尽办法仍无法摆脱小蛮，四人又一起上路了。不料却迷路进入一片森林，遇到许多奇怪的人和事。意外得知当地巡抚大人刘义离奇地死去的消息，包拯等人决定去看个明白。
据说刘义的死和西陵王的脸谱有关系，刘夫人思夫心切，悬赏重金寻找能够把刘义之灵带回阳间的祭灵人，以藉丈夫亡魂。在灵术比赛中，江湖道士们破绽百出，而住在刘义家的天问姑娘却用“读心术”让在场众人心服口服。
刘夫人心愿已了，欲将脸谱和刘义一起下葬。谁知富商钱并早对脸谱垂涎已久，于是偷了脸谱给自己戴上，怪事又发生了，钱并好像着魔一般发疯了，并且和刘义用了几乎一样的方法自杀了。公孙策和包拯解剖尸体时，发现一些疑点，最后他们怀疑地方将军高甲是凶手。
展昭和高甲交手，险胜。高甲寻机偷了脸谱，随后和刘义、钱并一样，几乎用同样的方式在相同的地方自尽了；死之前，高甲劫持了包拯。包拯在和高甲接触时发觉高甲好像活死人一样，包拯恐惧不已。尸检时，同样有一些疑点出现。公孙策突然想明白了许多问题，发现天问姑娘原来根本不懂法术。
天问姑娘被揭穿身份，她原名小风筝。公孙策和小风筝在一次次“交锋”中成为欢喜冤家。离限定的破案日期越来越近，包拯仍然没有任何头绪。小蛮为包拯忘了自己的生日而耿耿于怀，郁闷之际在集市上看到庞统，悄悄跟了上去。包拯、公孙策、展昭和小风筝在森林里遇到了西陵族人。
西陵族人并没有伤害包拯等人，用香草让他们在做梦时看到了埋藏在自己内心深处的想法。有人跟踪庞统并意图暗中刺杀，却意外弄伤了小蛮。戴着西陵王脸谱的人再次出现，差点伤到包拯和小蛮。被刘夫人指认抢走脸谱的丁函被烧死在一间密封的小屋里，死因依旧是扑朔迷离。
包拯等人仔细分析了一遍案情，发现了越来越多的疑点，在一些线索的提示下，他们离真相越来越近。重新检验丁函尸体之后，包拯发现了真正的死因，不过凶手是谁、杀人动机等等一系列的问题依旧是谜。公孙策和小风筝也开始逐渐的了解对方的优点，感情更加深厚。
神秘的黑衣人出现，把包拯推下悬崖，下落不明；小蛮为找包拯甘愿舍弃自己的性命。庞统突然拿着西陵王的脸谱出现了，和展昭打得不分上下。大难不死的包拯竟然意外发现了许多线索。从丁函被杀之谜开始，案情的真相逐渐浮出水面。在众人感叹之余，包拯把矛头指向了刘夫人。
在场众人均不相信刘夫人是凶手，更另人吃惊的是，庞统和刘夫人曾经有过一段亲密的感情，案情愈加扑朔迷离，而真相却另人大吃一惊——刘义并没有死去。包拯揭开了整个脸谱的秘密，他们继续踏上了寻找天芒的道路。
小风筝不辞而别，包拯等人来到凤凰村，竟然在这里遇到了前太医令雪医金匮。金匮有病在身，可仍然有高超的医术。小风筝和爷爷封大居然扮成了郡主和王爷来找金匮看病，意外遇到了公孙策。
小风筝感激公孙策没有揭穿她的真实身份。正在大家为得到《金匮医术》一书而勾心斗角时，金匮的女弟子二白却意外失踪，众人看到是凤凰的影子带着她的影子走了，大家惊呼“凤凰勾魂”了。包拯发现二白一直深爱着大师兄大椎，并有了他的孩子。为得到《金匮医术》而抛弃二白的大椎有最大嫌疑，大椎死不承认。
大椎随后也在“凤凰勾魂”出现时离奇身亡，金匮受到如此重大刺激，病情也加重。原来两年前，金匮带着三弟子三阳和最小的弟子如心来到这里治好了当地百姓的瘟疫，深受爱戴。可是随后如心的失踪深深刺激了金匮，他大病一场不再记得如心。
包拯一行人在查案的过程中发现金匮的管家关门在秘密跟踪他们。包拯找到了案件的关键线索，公孙策也查出了两人的死因。原来三阳在这些人死后就能得到《金匮医术》一书，在确凿的证据面前，三阳虽然被断定为真凶，却仍然难逃 “凤凰勾魂”的命运，在牢里遇害，死因和大椎、二白相似。
小风筝又一次不辞而别让公孙策有些失落。包拯突然意识到之前对案情的推断是错误的，他们又重新回到了凤凰镇，包拯当众揭穿了“凤凰勾魂”的秘密，并指出真正的凶手是金匮，却没有人相信这个事实。
包拯一行人继续踏上了寻找天芒之路，庞太师派出征西将军张西打着保护的名义来监视包拯等人。庞太师更是软禁了包大娘，限保证五天内找到天芒。包拯破解出了天芒所在地，路上他们又遇到了高丽太子智源，小风筝和封大、辽国南院大王耶律文才、东瀛忍者等人相继出现。
包拯他们浩浩荡荡来到一个道观，在这里，有一个秦将军的传奇故事被描述得活灵活现。正在大家将信将疑之际，不死的兵团秦将军复活的故事再次上演，闹得人心惶惶，却没人明白其中究竟。皇上仁宗为了不让庞太师得到天芒，情愿将寻找天芒的大事公布于天下，引得天下大乱，各国都派出了能人干将要在最短时间内找到天芒，一场争夺天芒的大战即将展开。
张西被一枝青铜的弩箭刺死，旁边还有一个没有眼耳口鼻的晴天娃娃，凶案现场布置得像是秦将军复活杀人。经过包拯、公孙策等人对案情一番分析之后，人人都貌似可疑，却又找不到真正的凶手。包拯预感到还会有人陆续死去，而这一切都是因为争夺天芒所致。
找天芒时，包拯等人发现两具死了几百年的骸骨，旁边还有传说中的将军的头发，天芒和将军的复活成为越来越神秘的谜。小蛮的表现也越来越奇怪，她究竟是谁。为了救包大娘，小蛮情愿嫁给庞统。在沙漠里遇到的女子若水的提示下，包拯发现了天芒所在的秘密。而正在此时，包拯和公孙策眼看着封大死在了传说中三大神器和天芒的铸造者徐将军的剑下。悬念逐渐增加。
包拯坚信凶手就在这些人当中，小蛮若有所思地给若水交代了很多事，要把包拯托付给她照顾。而另一边，辽国南院大王耶律文才要和公孙策单独比试，他们约定用一天的时间，看谁先查出封大被杀的原因，输的一方就自动放弃对小风筝的追求。
小风筝心中对公孙策念念不忘，而小蛮同样也放不下包拯。随着时间的缩短，包拯更加急于找到关乎“包大娘性命、皇帝宝座和社稷安危”的天芒。在小蛮提示下，包拯带着大家找到了咸池所在，离天芒又近了一步。封大的死，公孙策也找了些许线索。而随师公半藏来寻找天芒的小狸偷偷告诉展昭，她怀疑半藏是杀死封大的凶手。
公孙策将整个封大被杀的过程破解得清清楚楚，可是被他怀疑的凶手——半藏和表面是辽国大将实为西夏汉奸的高深都相继被杀。小狸失去师公半藏后，展昭一直陪伴在她身边。一场意外的地震将天芒埋在山中，包拯反而感到高兴，他希望这场天灾让天芒远远消失。
包拯也越来越多的意识到小蛮对他生活的重要性，开始发现自己根本离不开小蛮，也离不开小蛮的“大包”，嬉闹中，他发现小蛮有六个脚趾头。最后，大家在土城路口告别。展昭与小狸泪流满面，相互告别，就此分道扬镳。包拯发现，秦将军复活的故事、还有张西、封大的死都是他们在小镇遇到的一个极为风骚的饭店老板娘青莲所为。青莲是一个弱女子，为什么要杀人。
青莲承认所有的被害的人是自己杀的，可包拯并没有就此罢休，真相终于水落石出，原来真凶另有其人。青莲是若水儿时的好朋友，因此这次特意回来帮助她保护天芒。若水带着不舍,了结了自己的生命。经历种种磨难之后，包拯终于找到了天芒。
包拯带着天芒回到京城，交到皇上手里。正当包拯察觉到自己对小蛮的感情时，小蛮却被杀害了，天芒也被盗。包拯离奇发病，太医诊断说最多还能活三天。公孙策查出杀死小蛮凶手竟是庞统。为揭开真相讨回公道，公孙策和包拯冒着丢掉性命的危险开庭审案，庞统并不认罪。
包拯昏迷不醒，庞太师父子却有造反的预谋。梦境中，小蛮来到包拯身边，最终把他唤醒。包拯终于康复，要亲自开庭审庞统。庞统依然不认罪，并把嫌疑推到了小风筝身上，小风筝被关进大牢。公孙策开始感觉到小蛮的死背后蕴藏着一个大阴谋，包拯和公孙策来到小蛮被害的现场，从头开始对案件进行调查。
在案发现场郑王府，包拯总有一种似曾相识的感觉，可他却解释不清。情况更加危急，四大将领带着兵马来参加皇上婚礼，庞太师夺权之心表露无疑。郑王被行刺，刺客竟是仁宗身边的太监忠义，难道忠义是杀害小蛮的凶手。庞太师暗示包拯所有的事是儿子庞统所为，即将成为皇后的柴郡主此时病重。
庞统兵临城下，包拯不负众望，所有的谜底真相大白，他成为惟一一个可以左右结局的人，压力全压在了他身上，包拯举棋不定。皇帝仁宗和庞统都接到传讯，包拯要在太庙对小蛮被杀一事进行公审。包拯请出了代表大宋万世基业之始的太祖黄袍，皇上下跪了，真相即将揭开。
包拯指出了庞统阴谋篡权之罪，同时也指出杀害小蛮的真凶，众人哗然。包拯说出天芒的秘密，两年前包拯意外失踪并且失忆的事也真相大白，所有的一切都是一个精心策划的阴谋，包拯和小蛮不过是其中一颗棋子罢了。
包拯说出天芒的真相，城外却传来辽兵入侵的消息，庞太师主动请缨带兵出战。最终，所有的矛盾冰释前嫌，公孙策、展昭、小风筝、包大娘等等，每个人都选择了一种自己的想要的生活方式继续生活，包拯却跳下了山崖，离开了大家。（全剧终）