塾の帰りの夜道、小山田まん太は何かの気配を感じてふんばりが丘霊園に足を踏み入れると、そこには霊たちと楽しげに肩を組む不思議な少年がいた。彼は翌日、まん太のクラスに転校生として現れた少年、麻倉葉だった。
シャーマンとは何か、と疑問を抱くまん太。葉は、強い霊を仲間にするために東京に来たと話し、阿弥陀丸に「自分の持ち霊になってくれ」と頼む。しかし阿弥陀丸は「ここを動くつもりはない」と断った。
まん太はまたも不思議なやつに会う。中国の武将を持ち霊とする道蓮という名前のシャーマンで、いつものほほんとしている葉と違い、車を真っ二つにしてしまったりと、ちょっと危なそうなやつだった。
蓮に襲われた葉を助けてくれたのは木刀の竜だった。彼の紹介で病院に運ばれた葉が目を覚ますと、阿弥陀丸は自分のふがいなさを謝る。そしてまん太は蓮が話していた「シャーマンの王」について聞く。
憑依合体100％で蓮を倒した葉が病院に戻った翌朝、謎の少女が訪ねてくる。葉の許婚でイタコの少女、恐山アンナだった。葉の幼馴染みで、ずっと泣かされ続けた相手らしく、葉も頭が上がらない存在だった。
シャーマンファイトに備え、葉はアンナの用意したさらなるハードな修行をこなす。そんななか、葉たちは街で映画を見ることになる。それは17年前に謎の死を遂げた伝説のアクションスター・李白竜主演の映画だった。
道潤の操る李白竜のキョンシーと戦う葉。しかし、憑依合体した阿弥陀丸も握りのない棒では太刀打ちできない。その頃、葉のために木刀を探していたまん太は、街で暴走族に木刀を貸してくれと頼むも殴られてしまう。
木刀の竜は先日の戦いですっかり葉に惚れ込み、何と「俺もシャーマンになる」と弟子入りを願い出た。困ってしまう葉に竜はなおも熱く語る。そこで、アンナが「竜の弟子入りのテストをする」と言いだした。
葉は道端で雪だるまと出会う。すると、そのそばで少年が倒れていた。空腹で行き倒れていた彼の名前はホロホロ。北海道からヒッチハイクで東京に出てきたが、いきなり荷物を盗まれてしまったのだと言う。
自分がシャーマンになるのは無理、とすっかりめげている木刀の竜。彼を元気づけようと、マッスルパンチたちが用意したのは郊外のボーリング場跡だったが、「こんなのはベストプレイスじゃない」と竜は力説する。
竜に取りついたトカゲロウは、まん太を人質にして阿弥陀丸に迫る。やがて、マッスルパンチたちがまん太を救い出す。竜が最低の野郎になるのを見ていられなかったのだ。しかし、トカゲロウは、今度は竜に刃を向けた。
トカゲロウの騒ぎで憑依された竜は翌日もなかなか起きない。アンナは1週間は目覚めないだろうと言うが、竜はあっさり目覚めた。おまけに葉はもちろん、阿弥陀丸にも謝る。竜は阿弥陀丸が見えるようになっていた。
シャーマンファイトの始まりを告げる星・ラゴウが出現。しかし葉は、相変わらず緩いままだ。そんな彼の前に空を浮遊する男・シルバが現れ「夜に会おう」と告げて消えた。その夜、葉は再びシルバと会うが…。
晴れてシャーマンファイト参加資格を得た葉の予選の最初の相手は、何とホロホロ。気まずくなるホロホロの前に彼の妹・ピリカが現れた。そして葉が初戦の相手と知ると「毒を盛られるかもしれない」と騒ぎだす。
葉の次の対戦相手はファウスト8世だが、葉は相変わらず相手のことを調べずに挑む。葉とまん太は会場である猪口浜外国人墓地を訪れた。ファウストと顔を合わせた葉は、その優しそうな雰囲気に調子が狂ってしまう。
ファウスト8世は、まん太を実験台にするためはりつけにした。怒りを爆発させた葉はファウストに近づこうとするが、白骨が群れになって飛びかかってくるため進めない。葉はどうにかファウストの目の前まで来たが…。
夢も命も友達も失ってしまうところだったと、葉はファウストとの戦いを反省。そして突然まん太に対して冷たい態度を示し、絶交宣言をする。その後、葉はアンナと共にこっそり出雲の祖父を訪ねることにした。
まん太と竜はついに出雲に到着したが、2人の前には少女・たまお、タヌキのポンチ、キツネのコンチが立ちふさがる。まん太たちが葉の修行の邪魔をしにきたと勘違いしているたまおたちは、2人を攻撃し始めた。
負けたらシャーマンキングへの道を断たれる予選最後の試合を明日に控えた葉。相手は強敵の道蓮だったが、葉はいつもどおりのんびりしていた。一方の蓮は、黙々とトレーニングにいそしんでいて…。
予選突破を懸け、摩多霊園で戦う葉と蓮。オーバーソウルを繰り返して攻撃する両者は全くの互角だった。蓮は、特別に調教されたシャーマンホース・白鳳を呼んで全開オーバーソウルを行い、さらに馬孫を巨大化させた。
蓮は父・道円に反抗するが、あえなく破れてしまう。これを知り、葉は居ても立ってもいられないが、アンナは特訓をやめるのを許してくれない。しかし翌朝、蓮を救いたい葉、まん太、ホロホロは家を抜け出していた。
蓮を助けるため道家の屋敷までやってきた葉、まん太、ホロホロ、竜。待ち構えていた円は、改造を重ねて作り上げた最強のキョンシー部隊「五福星隊」を差し向け、竜は五福星隊にあっさり倒されてしまう。
五福星隊の最後のとりでである壱上等は、何と白竜の技である導弾道を使って葉たちに攻撃を仕掛ける。実は壱上等は、白竜の師・沙問の亡きがらに手を加えて作られたのだ。葉たちは窮地に立たされるが…。
ホロホロや竜がいくら攻撃しても、道円は次の瞬間には違う場所に姿を現し、強烈な反撃に転じる。葉たちの攻撃は円に全くダメージを与えることができず、反対に葉たちはどんどん傷ついていくのだった。
シャーマンファイトの2次予選はアメリカで行われる。葉たちとしばらお別れることになるまん太は少しばかり悲しい。一方の葉はやはりいつもと変わりのない雰囲気なのだった。葉とアンナは、夜の散歩をして…。
アメリカにやってきた葉たちだが、彼らの乗る自家用機が何者かに撃墜されてしまった。葉たちはとっさのオーバーソウルによりその危機を脱するが、炎天下の荒野を歩いて進むことになってしまう。
リゼルグの強さを痛感したシャローナたちは、仲間に引き入れるため誘拐を試みるが、リゼルグは簡単に彼女たちを退けた。そんなリゼルグを好きになったミリーは、強い仲間を探している彼に葉たちの存在を教える。
葉たちはリゼルグが6歳の時に起きた悲劇を聞くことに。リゼルグの父・リアムは、世界一の探偵にしてダウジングの名手で、リゼルグの憧れの存在だったという。かつて、ハオに協力することを拒んだリアムは…。
激しい吹雪の雪山の中を進んでいく葉たち一行。すると、5つの雪だるまと遭遇。調べてみると、それは遭難したシャローナたち一行だった。葉たちは、洞窟の中で暖まりながらシャローナたちを介抱する。
つまらないことでシャローナたちと喧嘩してしまったミリーは、1人で森の中へと駆け出していってしまう。そんな彼女の前に、どうしてもシャーマンファイトに参加したい男・クライスラーが現れた。
森の中のハイウェイで葉たちはビリーの車を待つが、ビリーは一向に姿を見せない。野宿の覚悟をするが、そこへガスとメラニーという老夫婦の乗るミニバンが現れ、葉たちはその親切な老夫婦の屋敷に泊めてもらう。
荒野の中、食料も水も尽きてヘトヘトの葉たち一行。前方に丘陵と林を見つけたホロホロは、みんなのために食料を探しに向かう。その林の中で、彼は自然を大切にするシャーマンの少年・アレンと出会う。
荒野のバス停でなかなか来ないバスを待つ葉たちの前に、ハオの部下であるマリオンが雲外鏡を引き連れて現れ、葉以外の仲間たちを殺すために来たと言う。そして、マリオンと蓮たちの戦闘が始まってしまう。
葉を捜して道に迷ったシャローナたちは、つり橋の上でキャンピングカーを停車させてしまう。そこへ、シャローナの幼馴染みにしてライバルのチルダが現れ不意打ちを食らわし、シャローナのエンラエンラを奪い去った。
田舎町を訪れた葉たちは、教会で一泊させてもらうことになった。その近くにあった映画館で、竜は蜥蜴郎と一緒に吸血鬼の古い映画を観ることにする。しかし蜥蜴郎は映画の内容が怖いと言い、出ていってしまう。
ボリスに首筋をかまれて意識を失ってしまうリゼルグ。教会の天井へと飛び上がるボリスを葉たちは追った。一方、教会から出たミリーは、葉たちもろともボリスを倒そうとしているX-LAWSの前に立ちはだかる。
竜はリゼルグを失ったショックから立ち直れずにいた。そこへ、「仲間にしてほしい」とチョコラブという男が現れ、「笑いの風を世界中に吹かせたい」と言うが、そのお寒いギャグに蓮たちはいら立ってしまう。
チョコラブの情報をもとに、「セミノアの戦士」の血を引く者を訪ねる葉たち。セミノアの戦士とは、500年前のシャーマンファイトに参加している人物で、その末裔であるリリララが当時の様子を語り伝えているという。
大渓谷の中を進んでいくアンナ、まん太たち一行の前に、ハオが現れた。緊張感を漂わせるアンナたちだったが、おだやかな様子のハオは、早く「超・占事略決」を届けて葉をもっと強くしてほしいと告げる。
葉たちはアンナやまん太たちと再会。アンナは葉を強くするために、大陰陽師麻倉葉王の力が書かれている「超・占事略決」を持ってきた。そして超・占事略決を覚えるために、スペシャル修行コースを用意したと言う。 23分
セミノアの戦士に教えてもらった「黒い砂漠」を目指す葉たちは、大渓谷でどちらに進んでいいのかわからなくなってしまう。まん太のノートパソコンでも情報を得られないなか、突然、阿弥陀丸が行く方角を察知する。
葉の父・幹久により、葉とハオは双子の兄弟だと聞かされた一同は衝撃を受ける。今から13年前、ハオは葉と一緒に生まれた。ハオはすぐに、大切な半身である葉をいずれ取りにくると宣言して去っていったという。
葉たちが訪れたこの町にいる全員がシャーマンファイト参加者で、第2次予選の参加者の中でも選りすぐりの最強のシャーマンたちだった。ここで葉たちは、エジプトからやってきた3人組のシャーマンと知り合う。
マイナス30度というアイルランドの厳しい自然の中で修行をしてきた、シャーマンのピノ率いる3人組「アイスメン」が、葉たちに勝負を挑んでくる。「同じハオの敵同士で争うことはない」と、戦う気のない葉だが…。
残るパッチ村へのヒントは、「黒い砂塵を抜け、青い洞窟を目指せ」というもの。砂漠を歩いた末に葉たちは謎の遺跡にたどり着く。そこには神秘的な淵があり、阿弥陀丸たちはその水の中で青い洞窟を発見した。
シャーマンファイトの本戦が始まった。ハオの手下は、圧倒的な強さで初戦に勝利を収めた。その頃、潤と白竜はある刺客の襲撃を受けていた。その相手は、道家に恨みを持つ黎冥、鏡、そして幻陰だった。
まん太と共にパッチ村を散策する竜は、小さな湖のほとりでベールをかぶった美女と出会う。彼女はチームアラビアンのアニスで、竜は一目惚れする。ところがアニスには、チームメイトのハルーンという許婚がいた。
今日もアンナに厳しい特訓をさせられる葉。そんな時、ホロホロの妹・ピリカがパッチ村に来た。ピリカを歓迎するホロホロは、村の広場でロニーという男と出会う。彼は「子供はシャーマンキングになれない」と言った。
路上で美しい女性・マイアと出会うまん太とファウスト。マイアは、夫と子供と一緒にチーム・エンセイオスという名前でシャーマンファイトに出場していると言うが、彼女が疲れている様子なのがまん太は気になった。
最近様子がおかしいという十祭司の1人、ニクロムが、蓮の前に現れた。かつてニクロムの兄・クロムは蓮にボコボコにされて死んでしまい、責任を感じていた蓮はニクロムに会って以来、幻覚を見るようになってしまう。
邪霊や悪霊を封印するため、不動、日光、月光の3人がパッチ村にやってきた。そしてシャローナたちをはじめ、シャーマンファイトに出場している者たちの持ち霊が次々と封印され、ついに蜥蜴郎まで姿を消してしまう。
今日も、どちらが強いかでもめている竜たちと蓮たち。そこで、ふんばり温泉チームとチーム・ザ・蓮で練習試合を行うことになった。そして戦ってみて、このままではどちらのチームもハオには勝てないことが判明した。
シャローナたちリーリーファイブの次の対戦相手は、何とハオたち星組だ。身を案じる葉たちは、シャローナたちに棄権するよう告げる。しかし、シャーマンキングへの夢を捨てきれない彼女たちは絶対に出場する言う。
マルコとリゼルグは、ハオの手下であるロングコートをまとったシャーマンと対戦して圧勝する。最後にはハオの手下を殺そうとするその冷酷な戦いぶりを見た葉たちは、リゼルグのあまりの変わりように寂しさを覚えた。
ハオと同時に葉もゲートオブバビロンで排除すると聞かされ、リゼルグはショックを受ける。しかし、ハオを倒すという使命感に突き動かされているリゼルグは、葉を抹殺する意志を固めるのだった。
ハオと戦うジャンヌはスピリットオブファイアの炎に包まれ意識を失い、アイアンメイデンの中に取り込まれて再生を図る。X-LAWSの面々はアイアンメイデンを囲み、ハオの手下たちの猛攻撃からジャンヌを守ろうとする。
離れ離れになってしまった葉たち。チョコラブはスピリット・オブ・ファイアのあまりの強さに「俺にできることは何もない」と自信を失いかけるが、たまおに勇気づけられ、一緒に葉たちを捜すことにする。
ハオたちの後を追い始める葉たちだが、蓮が葉と対決したいと言いだし、2人は戦闘を始める。葉はスピリット・オブ・ソードを凝縮して蓮を圧倒して優位に進めるが、蓮も最後に巨大なパワーを放って葉を吹き飛ばした。
「星の聖地」へと続く光の中へ飛び込んでいくハオ。葉や蓮たちもその後を追い、続いてまん太も飛び込んだ。そして、星の聖地に到着した蓮たちの前にザンチンとターバインが現れ、攻撃を仕掛けてきた。
重傷を負って息も絶え絶えの蓮。ファウストが蓮の治療をしている間、竜、ホロホロ、チョコラブはターバインたちの攻撃を必死で防御する。次第に弱っていく蓮に、ファウストは巫力を使って治療を続けようとするが…。
星の聖地の関門にやって来た葉とシルバ、カリム。そこへ｢その魂をわれに示せ｣という言葉と共に、グレートスピリッツを守る守護精霊が現れた。すぐさま葉たちは精霊へ攻撃を始めるが、全く通用しなかった。
葉がハオに倒されてしまい、アンナやまん太たちは呆然としていた。そして、怒りに燃えた蓮たちはハオに攻撃を開始するが、その力の差はあまりにも大きく、ハオに傷を負わせることすらできなかった。
何度倒されても蓮たちはハオへ攻撃を加えるが全く通用しない。「麻倉葉という存在はこの世から完全に消滅した」と言うハオに対し、蓮たちは「葉は俺たちの心の中で生きている」と叫び、なおも立ち向かう。
葉の攻撃はハオには全く通用せず、スピリットオブファイアの火の玉に圧倒され気絶してしまう。ハオがとどめを刺そうとした時、蓮、竜、ホロホロ、そしてアンナやまん太たちのオーラがひとつになって葉に集まる。
