Diesmal müssen Shaggy und Scooby zu einem Armeestützpunkt fahren, um Dr. Phibes' Pläne zu durchkreuzen. Dort stehen sie jedoch vor einem großen Problem: Dank des Erfindergeists des Arztes ist es ihm gelungen, zwei seiner Agenten unsichtbar zu machen - alle anderen halten die beiden plötzlich für Geister ...
Shaggy and Scooby meet up with Fred, Velma, and Daphne at a military base where Dr. Phibes' agents use their new invisible technology to steal weapons.