We are introduced to Keroro, an eccentric and blundering alien who came to destroy and conquer Earth, and is living as a slave under the roof of the Hinatas, a perfectly normal family who had lived a perfectly normal life: The mother, Aki, is an extremely busy and beautiful manga editor who rarely spends time with her teenage children; Fuyuki is the gentle-hearted and paranormal-loving son and Natsumi is the sweet but hot-tempered daughter with extremely great athletic skills, and who despises Keroro, while Fuyuki is intensely interested about him. After a few weeks of living with the Hinatas, Keroro gets his own room that is rumoured to be haunted by a ghost! However, the turn-out of the room is a big surprise for the Hinatas later on.
Un chico de 12 años llamado Fuyuki Hinata tiene un sueño en el que una tropa de ranas alienígenas conquista el planeta. Natsumi, su hermana, para despertarle le dice que en la pared hay un alien (en broma) pero luego resulta que sí que lo hay. Cogen a ese alienígena verde con aspecto de rana deforme llamado Keroro y lo atan mientras están en el colegio mientras que Fuyuki se lleva al colegio la Kero-bola del alienígena para utilizarla. Mientras tanto, se desata y tiende una trampa a Natsumi cuando viene del colegio. Cuando los dos estaban perdidos llega Aki, la madre y Fuyuki y Natsumi advierten a Keroro que ella podía diseccionarle o atropellarle con el coche. Fuyuki dice al sargento que podían ser amigos, a lo que Keroro rechaza indirectamente. Finalmente cuando recibe un mensaje de la comandancia que dice que lo abandonan, acepta la propuesta de Fuyuki y son amigos.
寄居於日向家的Keroro軍曹，經過多日辛勤的家務工作後，終於從媽媽日向秋手中分配到一個專屬房間。但那個房間是有一個不為人知的秘密……
從K隆星來到地球進侵略行動的Keroro軍曹，在潛入日向家時被日向冬樹以及日向夏美抓住。究竟Keroro軍曹會否被解剖、實驗或受到其他殘酷對待？
