赤嶺中学3年1組の担任で、国語教師の浅村涼子（真木よう子）は、夜の繁華街の見回り中に、同級生から集団で金を奪った中学生を注意するが、反対に自らがナイフを突きつけられ窮地に。するとそこへ一人の警察官が現れ、男は相手が中学生でも容赦せず、生徒たちを恐喝と暴行の罪で現行犯逮捕し、所轄の少年係刑事・三枝弘樹（山田裕貴）に引き渡す。翌日、学校では文科省の承認を得た学校内警察官、通称スクールポリスが試験導入されようとしていた。涼子をはじめ、水野楓（山口紗弥加）や阿部裕亮（音尾琢真）たち教師が不安を覚えるなか、校長の木島敏文（高橋克実）に紹介されて姿を見せたのは、昨晩中学生を逮捕した男・嶋田隆平（藤原竜也）。警視庁捜査一課の刑事でありながら、スクールポリスに志願した理由を尋ねる涼子に、隆平は「この学校の生徒に守る価値があるのか確かめたかった」と意味深な言葉を告げる。 3年1組では一ノ瀬悟（石井正則）による数学の授業が行われていたが、授業態度を注意された真田一樹（中川翼）が逆上。駆けつけた隆平に器物破損と暴行罪で逮捕される。さらに、この逮捕劇がクラスの何者かによってSNSで拡散。隆平は涼子に犯人を特定するよう指示し、一方で、校内のあるうわさを耳にして…。
スクールポリスが導入された赤嶺中学校で、警察官の嶋田隆平（藤原竜也）が着任して早々に、生徒が逮捕されるという衝撃の事件が発生。生徒たちは動揺し、校内ではスクールポリスに対する賛否が渦巻いていた。そんななか、妊娠3カ月の英語教師・水野楓（山口紗弥加）の机の引き出しからネズミの死骸が発見される。どうやら校内には教師の妊娠を快く思わない人物がいるようで、楓は以前から嫌がらせを受けていたという。普段から楓を母親のように慕う3年1組の成田千佳（田畑志真）は、犯人捜しに躍起になり、浅村涼子（真木よう子）もまた、2組の生徒たちが担任である楓の妊娠に嫌悪感を抱き、SNSの裏アカで楓とおなかの子の不幸を願うような書き込みをしていることを知り、ショックを受ける。 やがて千佳は、楓の悪口を言っていたという大林優也（荒木飛羽）を犯人だと決めつけ、食ってかかる。しかし、これがある騒動を巻き起こし、責任を感じた楓は産休も育休もそこそこに、生徒のために働くと宣言するが…。 その頃、隆平は、理科教師の青木祐志（渋谷謙人）から、亡霊の謎について聞かされ…。
校内の高価な備品が何者かに盗まれ、フリマアプリに出品されている事実が発覚。学校関係者による犯行だと考えた隆平（藤原竜也）は、盗難品に残された指紋と教師、生徒全員の指紋を照合して窃盗犯を暴き出そうとする。各クラスで指紋採取が進められるなか、サッカー部の仲村紀明（藤本哉汰）が突然大声で笑い出し、服を脱ぎ捨てて廊下の窓から飛び降りようとする。間一髪のところで隆平が阻止するが、仲村はそのまま失神。隆平は仲村がドラッグを使った可能性を示唆し、それにより、ドラッグを買う金欲しさに仲村が盗難を働いたのではないかと疑いの目が向けられる。
体育館の女子更衣室で盗撮カメラが発見された。バレー部顧問の澤田敦子（智順）が確認したところ、これまでに撮影された映像は動画サイトに投稿されていたことが分かる。そして、三枝（山田裕貴）と共に秘密裏に捜査していた隆平（藤原竜也）は、ある犯人にたどり着く。 昼休み、校内に他の盗撮カメラがないかを探す柴田（泉澤祐希）と涼子（真木よう子）は、男子バレー部の更衣室から、3年生部員の菊池京介（鈴木悠仁）が出てくるところに出くわす。京介の表情はどこかぎこちなく、やがて盗撮カメラ事件は予想もしない事態に発展する——！ 一方、一年前に亡くなった音楽教師の小川香里（明日海りお）の事件について調べる隆平は、岡部昌浩（遠藤雄弥）という美術教師のことを耳にする。香里とよくもめていたという岡部の存在が気になる隆平は、岡部が学校をやめた原因となった生徒に接触する。さらに、隆平の行動に目を光らせ、スクールポリスとして赤嶺中学校に来た本当の目的を探ろうとする涼子に、隆平はこれまで公にされなかった、香里の死にまつわる誰も知らない真実を明かす！
男子バスケ部で、アレン徳永（川村ジーモン凜一朗）が同じ3年生部員の市原健太（奧智哉）と西田雄一（池田優斗）からいじめを受けていることが分かる。柴田（泉澤祐希）から報告を受けた顧問の涼子（真木よう子）は、西田に代わってアレンをスタメンにした自分のせいだと責任を感じるが、心配する涼子や柴田を前に、アレンは余計なことはしないでほしいと笑顔を向ける。 そんなある日、市原が帰宅途中に何者かに襲われる事件が発生。市原は相手の顔こそ見えなかったものの、犯人はアレンだと主張。西田も次の標的は自分に違いないとアレンを激しくけん制するが、それでもなぜか、アレンはかたくなに西田をかばう。隆平（藤原竜也）の聞き取り調査でアレンは自らの犯行を否定するも、何か心当たりがある様子。とある場所へ一人で向かうと、そこにいたのは…。 はたして隆平は、容赦なしの荒治療で、いじめの加害者と被害者、どちらも救うことができるのか！？さらに、隆平が香里（明日海りお）の死の真相を追う理由も明らかになる！
香里（明日海りお）の死に関わっていると疑う岡部（遠藤雄弥）の居場所を突き止めた隆平（藤原竜也）。しかし、香里と自分が恋人関係だったことを涼子（真木よう子）に明かすと、なぜか岡部の足取りは再び分からなくなり、隆平は涼子に疑惑の目を向ける。 職員室では新津清（須賀健太）が、同じ1年の教師・荒井英子（たくませいこ）と古賀一成（兒玉宣勝）に仕事を押しつけられ、連日の残業で心身ともに限界を迎えていた。新津と同期で、学生時代の同級生でもある柴田（泉澤祐希）は、そんな新津を何とかして助けたいと立ち上がるが、そこには、“他学年のことに口を出さない”という教師間の暗黙のルールが。柴田に泣きつかれた隆平もまた、教師自身が解決すべき問題だと冷たく突き放すが、柴田の悲痛な叫びに、生前、教師に対する学校の態度を「やりがいの搾取」だと嘆いていた香里の姿を重ねる。さらに、香里がかつて新任の新津を荒井や古賀から守っていてことも知る。そんななか、新津が夜道でひったくりに遭い、生徒の個人情報が流出する騒ぎが起きて…。 隆平の胸に去来する香里との思い出…。2人の知られざる恋人エピソードが明らかに！ 愛する人の身に起きた突然の悲劇。それを知った隆平は…！？
何者かの告発により、香里（明日海りお）と涼子（真木よう子）が美月（米倉れいあ）の暴行事件をめぐって口論していた事実をつかんだ隆平（藤原竜也）。当時、臨時教員だった涼子が香里の死と同時に本採用になったことや、以前に勤めていた学校での不可解な行動が気になる隆平は、自ら調査に乗り出す。一方、三枝（山田裕貴）はそんな隆平をサポートするために、スクールポリスに就任する。 その涼子は、近ごろ欠席や遅刻が増え、体が痩せてきた深山敏春（田中奏生）のことが気になっていた。ネグレクトを疑う涼子に対し、深山は笑って言葉を濁すが、クラブで働く母親と祖母と3人で暮らす深山の生活状況は、思った以上に深刻だった。とある事情で深山の過去を知る三枝もまた、涼子と同じく深山を気にかけていたことから、2人は何とか深山を助けようと立ち上がるが、その矢先、金に困った深山が思わぬ行動に出て…！？ 一方、涼子の過去を調べていた隆平は、涼子が前の学校を退職した衝撃の理由を知る。香里を死に追いやった犯人は涼子なのか！？明かされる新事実から隆平が導き出した答えは！？
野球部のピッチャー・矢島裕（長島令玖）が、試合中に頭部にボールを受けて脳しんとうを起こす。矢島によると、マウンドから投球する際、目にレーザーが飛び込んできたという。矢島は友達からの信頼も厚く、恨みを買うようなタイプではない。そのことから隆平（藤原竜也）は、学校へ報告なしで部員たちに休みなく厳しい練習を課す“闇部活”を常態化させたり、いきすぎた指導で部員の鼓膜を破裂させたこともあるという顧問の阿部（音尾琢真）に対する嫌がらせではないかと考える。さらに、亡くなった香里（明日海りお）が、熱中症で部活帰りに誤って道路に出て、事故にあった野球部員がいると話していたことを思い出した隆平は、事故以来、学校に来られなくなった坂木司（山時聡真）の家を訪ねる。その一方で、自らの携帯電話に送られてきた香里と涼子（真木よう子）が口論する音声データの送信元をたどると、野球部の一件と意外なつながりが見えてきて…。恋人の死の真相へ近づく隆平。香里を死に追いやったのは誰なのか…学校が隠し続けてきた秘密がついに明らかとなる！そして、隆平が追い続けていた黒幕の正体も明らかに！？
岡部（遠藤雄弥）による暴行未遂事件を公表しようとした香里（明日海りお）を阻むべく、生徒を脅迫して香里を死に追いやったのは、校長の木島（高橋克実）だった。木島の逮捕で一年前の事件はすべて明らかになったかに思えたが、隆平（藤原竜也）は、事件の裏にまだ何か秘密があると考えていた——。3年生のクラスでは高校受験の進路指導が始まり、涼子（真木よう子）は志望先が親の意向と異なる相良恭子（石井薫子）のことで頭を悩ませていた。自分と同じ帰国子女が多い学校へ進学し、語学に磨きをかけたい恭子に対し、母親は家の病院を継がせるために、何としても医学部付属の高校を受験させるというのだ。一方的な母親の言動にいら立ちを隠せない恭子は、次第に授業態度も悪くなり、見かねた涼子は恭子にある提案をする。一方、暴行未遂事件の被害者でもある美月（米倉れいあ）の進路相談には父親が現れる。その態度から、家庭内に問題があると考えた隆平は、美月を尾行。すると、向かった先には思わぬ人物が待っていた。さらに、木島の逮捕で岡部の身にも異変が…！？一年前、香里は何を調べ、何をしようとしていたのか——。亡き恋人の思いを胸に、隆平が事件の核心へと迫る！
木島（高橋克実）が岡部（遠藤雄弥）に撃たれた。1年前の事件が表沙汰になったことですべてを失った岡部が、木島を逆恨みして犯行に及んだものと思われたが、隆平（藤原竜也）は、本来なら事件の真相を暴いた自分こそが狙われるはずなのに、何かおかしいと違和感を覚える。一方で、普段はまったく接点がない美月（米倉れいあ）と香澄（鈴木梨央）が、そろって同じ高校への進学を希望していることを知った隆平は、1年前の事件について、ある仮説にたどり着く。もしそれが正しければ、逃亡中の岡部が次に狂気の矛先を向けるのは…！？スクールポリスとして、校内にはびこる“悪”を次々とあぶり出し、成敗してきた隆平。志半ばで亡くなった最愛の恋人・香里（明日海りお）の思いを受け継ぎ、1年前の事件の裏に隠された真実を明らかにして生徒と学校を救うことができるのか！？この学校の生徒に守る価値があるのか——、隆平が最後に出した答えとは！？
