Pilar llega al Santuario, un centro de maternidad rodeado de naturaleza, donde pronto experimenta visiones extrañas y descubre inquietantes coincidencias con otras mujeres. Sospecha que el lugar oculta un oscuro secreto relacionado con los embarazos.
Un mes después de su llegada al Santuario, Pilar experimenta pesadillas y presencias inquietantes, que aumentan al presenciar un extraño colapso en otra paciente y descubrir detalles inexplicables sobre el lugar. Cuando intenta investigar, es perseguida y tranquilizada a la fuerza, pero luego logra escapar con Rocío hasta descubrir pruebas de que han estado allí antes. Al ser descubiertas, Valle y Víctor deciden expulsarlas urgentemente del "proyecto".
Valle asiste a una entrevista en el Santuario, donde le explican que necesita mejorar las incubadoras de gestación de inteligencias artificiales en cuerpos simulados de mujeres embarazadas, un proyecto que desafía la ley y busca erradicar efectos secundarios en la población. Aunque dudosa, Valle decide aceptar el puesto tras consultarlo con una inteligencia artificial que recrea a su difunto padre.
Valle inicia su trabajo en el Santuario, donde descubre la inquietante verdad sobre los partos de las híbridas; al descubrirlo, Pilar es capturada y sus recuerdos serán borrados.
En un flashback, Valle y sus amigos se meten en problemas al activar un viejo tren, lo que lleva a que las autoridades los trasladen a un sector superior. En el presente, el gobierno decide interrumpir el proyecto del Santuario y extraer a los bebés; Valle intenta salvar a Pilar y Rocío, pero Rocío es desconectada mientras que Valle y Pilar logran escapar con la ayuda inesperada de Víctor.
En un flashback, Valle recuerda su tormentosa relación universitaria con Daniel y Bosco, trabajando en un híbrido inicial. En el presente, huye con Pilar, quien descubre que sus recuerdos son falsos; tras varias persecuciones, logran escapar hacia el búnker de Daniel, mientras Valle pierde la última conexión con su padre, cuyo bot es finalmente borrado.
En su arriesgado viaje al búnker, Valle y Pilar atraviesan un páramo hostil, enfrentándose a peligros ambientales y a asaltantes. Una vez en el búnker, Valle se reencuentra con Silvia y Bosco, quienes experimentan con úteros artificiales en mujeres. Bosco quiere extirpar el útero de Pilar para obtener datos clave, pero Valle duda de sus intenciones.
Valle planea huir del búnker con Pilar, quien aún no comprende el peligro que corre. Durante el escape, Bosco hiere gravemente a Valle, y esta usa una frase en clave para activar las habilidades de defensa de Pilar, quien lo elimina y sigue adelante. Valle se sacrifica para que Pilar pueda sobrevivir con su bebé, y, una vez en el sector 6, Pilar descarga la huella de Valle en su mente, comenzando una nueva vida con su hijo.
