熱血教師が、問題児が集まる野球部と甲子園を目指す。二子玉川学園高校に赴任した教師・川藤（佐藤隆太）は、野球部が暴力事件が原因で活動停止状態になっていると知る。川藤は、事件以来やる気をなくした部員たちにもう一度野球をやらせようと顧問に就任。しかし、安仁屋（市原隼人）ら部員に反発されてしまう。
川藤（佐藤隆太）は、校長・村山（伊武雅刀）に1カ月後までに野球部員がそろわなければ教師を辞任すると約束した。そのことを知った部員・若菜（高岡蒼甫）は、辞任させようと川藤に野球よりもサッカーをやりたいと宣言。だが、川藤は若菜の夢を初めて聞けたことを喜び、サッカー部に入部させようとし始める。
安仁屋（市原隼人）らが野球部を侮辱した3年生らとけんかを。退学騒動となるが、川藤（佐藤隆太）の説得で事なきを得る。そんな中、川藤は安仁屋の幼なじみ・塔子（村川絵梨）から、安仁屋が甲子園出場校との実力の差を嘆いて野球をやめたことを聞かされる。川藤は、気軽に甲子園を目指そうと言ったことを猛省する。
1週間後の練習試合に向け、川藤（佐藤隆太）は部員のポジションを決め、キャプテンに御子柴（小出恵介）を抜てき。だが、キャッチャーとなった若菜（高岡蒼甫）はバットを怖がり、目をつぶってしまうため捕球できない。そのことを桧山（川村陽介）にばかにされた若菜は激怒し、翌日から練習に来なくなる。
用賀第一高校1年生との練習試合が始まった。負けたら廃部の約束を村山（伊武雅刀）としていた安仁屋（市原隼人）は、全力投球で2回を無失点に。だが徐々にスタミナが切れ、川藤（佐藤隆太）は安仁屋から今岡（尾上寛之）に交代。若菜（高岡蒼甫）はベンチに戻った安仁屋に力を抜けと言うが反論され殴り合いになる。
代打・新庄（城田優）が活躍するも接戦の末、ニコガクナインは試合に敗れた。しかし、安仁屋（市原隼人）らは自分たちの健闘をたたえ合い、川藤（佐藤隆太）はその様子を優しく見守る。後日、試合中に川藤に殴られた相手校の副顧問・国松（田口浩正）が二子玉川学園を訪れ、村山（伊武雅刀）に川藤をクビにするよう詰め寄る。
川藤（佐藤隆太）は、桧山（川村陽介）を暴行した元野球部員で、目黒川高校に転校した江夏（上地雄輔）に試合で決着をつけようと申し出た。後日、目黒川高校と正式に試合することが決定。安仁屋（あにや・市原隼人）らは、かつて野球部を廃部寸前まで追い込み、暴力事件を起こした張本人である江夏に勝つため、練習に精を出す。
若菜（高岡蒼甫）と安仁屋（市原隼人）の連続安打でニコガクは目黒川高校に対し、同点に追いついた。江夏（上地雄輔）は、打たれたことを責められ、メンバーを殴る。目黒川の雰囲気は悪くなり、メンバーは守備を放棄し、その間にニコガクは1点を追加。川藤（佐藤隆太）は、やる気を見せない目黒川メンバーに激怒する。
御子柴（小出恵介）は、甲子園予選の抽選会で他校の生徒から「おれたちの甲子園を汚さないでくれよ」などと言われ、傷つく。一方、更生した部員にいら立つ1年生たちはグラウンドや部室を荒らす。安仁屋（市原隼人）たちは耐えるが、御子柴は川藤（佐藤隆太）に自分たちは野球をする資格があるのかと弱音をもらす。
ニコガクは甲子園の予選を勝ち進み、4回戦へと駒を進めた。だが、川藤（佐藤隆太）が前の学校で暴力事件を起こし、練習試合でも他校の監督を殴ったと新聞に載る。高野連に呼び出された川藤は、その記事が事実だと認め、理事長・落合（古谷一行）に謹慎を受けるからニコガクを出場停止にしないでほしいと頼む。
最終回 ニコガクと目黒川高校の試合が始まった。ベンチに入ることを禁じられた川藤（佐藤隆太）は、球場の外でラジオ中継を聞きながら応援していた。そんなとき、川藤は医師・小山（平泉成）から安仁屋（あにや・市原隼人）が試合前に負った脇腹のけがは深刻で、このまま試合を続けていると選手生命にかかわることになると警告されてしまう。
ニコガク野球部に戻ってきた顧問の川藤（佐藤隆太）は、安仁屋（市原隼人）、御子柴（小出恵介）、新庄（城田優）らと再び野球を共にできる喜びをわかち合っていた。そして新学期、メジャーリーグを目標とする新入生の赤星（山本裕典）と、ひょんなことから入部した濱中（石田卓也）が野球部に入ったことによって……。
