ビヨンダード２

Iris transports Trill away from her PET to somewhere in Beyondard where DarkMan cannot take him. Meanwhile, the children awaken in Beyondard, a world where both human and cyber worlds are one, and NetNavis and viruses can interact with humans directly. Maylu and Chaud reunite, as do Dingo and Raika, but Lan is left alone. He encounters Baryl and Colonel; they are Beyondard alternates of their original bodies and do not know Lan. When Zoano SnakeMan appears searching for Trill, MegaMan substantiates and defeats him.

ビヨンダードへと通じる空間の裂け目に吸い込まれてしまった熱斗たち。ビヨンダード、そこは現実空間と電脳空間が交じり合った不思議な世界だった。実体化したウイルスに襲われそうになった熱斗を救ったのはバレル大佐だった。熱斗は再会を喜ぶが、バレルは熱斗とは初対面だとそっけない態度を取る。バレルと共に戦うカーネルも熱斗やロックマンの知るカーネルとは別存在らしく、その冷徹さに戸惑うロックマン。そこにゾアノスネークマンがトリルを狙って襲撃してきた。