BubbleMan, who was frozen in cyber space by Colonel, finds himself freed when a strange energy appears before him. Left behind is an infant NetNavi. He carries it to NetCity before collapsing and being found by Roll and the others. Meanwhile, strange disturbances appear in the real world as two gigantic cloaked beasts begin battling. Lan, Chaud, and Raika intervene, and the beasts move their battle to the internet. When MegaMan battles with them, the infant's power combines with his own, and MegaMan defeats the beasts using two new styles modeled after the beasts.
ロックマンのもとに赤ん坊の姿をしたナビが迷い込んできた。なりゆきでその赤ん坊ナビの面倒を見ることになったロックマン。そんなある日、現実世界に姿の見えない巨大な怪物が出現、２体いるとおぼしきその怪物はデンサンタウンに現れ街を破壊し始めた。祐一朗は、その怪物を電脳世界から来た存在だと推測し電脳獣と名づける。
クロスフュージョンして電脳獣と戦う熱斗たち。電脳獣はサイバーワールドへ移動しインターネットシティ内で暴れ回る。
熱斗はロックマンをプラグイン、電脳獣に立ち向かうロックマンだが全く歯が立たない。その時、ロックマンにしがみついていた赤ん坊ナビがロックマンの身体に異変を起こさせた･･･！
