The survivors of the 15th Tactical Squad plan a daring mission to thwart the plans of the Robotech Masters, who have virtually crippled the United Earth Government defense forces. The young heroes come face to face with the dreaded Robotech Masters in a no-win situation, which must be faced if the Earth is to survive.
Zor y Dana se enfrentan al Robotech Masters, donde se tiene una visión de sus padres y una hermana más joven desconocido, quien le advierte sobre los Invid. Musica se reúne con sus hermanas, uno de los cuales murieron.
统治者设下的圈套被15小队打破，战士们和玛丽、布朗会合，在旗舰中奋力突围。离开旗舰之前，戴纳发现佐尔没有跟上，她立刻离队前去寻找。而缪西卡也感受到姐妹和乡亲们发出的绝望呼救，她说服了战士们跟她前去救援。但随即援救者却发现百姓们的太空收容舱已被抛弃在旗舰外，他们缺乏能源支持，即将死去。
佐尔深入旗舰核心地带，遭到昔日战友卡诺的狙击。危急时刻戴纳赶到救了寡不敌众的佐尔。佐尔向戴纳吐露了复仇的心愿。一场疯狂冲杀之后，他们闯进旗舰的指挥部。统治者认为佐尔不会真正背叛自己，因为他的生命和史前能量息息相关。而佐尔却出乎意料的击毁了所有的史前能量瓶。戴纳奋不顾身的接住了最后一个史前能量瓶，瓶内的生命之花使戴纳产生了奇特的幻觉，她与生俱来的天顶星人记忆被唤醒了。
地面上，全球联合武装溃不成军，司令部被迫撤退，但伦纳德却高傲的坚持独自留下，要坚守到最后一刻。太空中，15小队的其他成员设法登上了收容舱，救出了泰洛难民。撤退时他们再次遭到固执的卡诺军队的围攻，奥塔维娅中弹身亡。留守的肖恩及时支援，战士们带着幸存的泰洛难民登上运输舰，飞向地球。
旗舰终于抵达SDF-1的废墟上空，巨大的生命之花养殖场被武力打开，统治者们正为收获史前能量的胜利时刻而庆贺，佐尔和戴纳赶到阻止了他们。混战中统治者们被逐一击毙，失去控制的旗舰朝纪念碑市坠去。佐尔把戴纳送进弹射舱，为了保护人类的城市并摧毁废墟里的生命之花，他最终和旗舰同归于尽。然而佐尔的高尚行为只挽救了地球目前的危机，却使未来的灾难更加复杂——大爆炸释放了生命之花中的变异孢子，它们在地表上四处
