神蔵蓮太郎／仮面ライダーシノビの使命は、闇の忍者軍団・虹蛇から妹の紅芭を守ること。紅芭の正体は虹蛇の姫君だったが、その秘密を知るのは蓮太郎とガマノ師匠だけだった。ある日、紅芭は大企業である今生カンパニーへの就職を目指して忍術大会に出場。その才能をいかんなく発揮して勝ち進むが…。
