緑化都市、⾵祭。 ⽂明と緑の共存という理想を掲げたこの都市で、神⼾⼩⿃、吉野晴彦らの友⼈たちと平凡な⽇々を送っていた天王寺瑚太朗は夜な夜な心霊現象に悩まされるようになり・・・
瑚太朗は学園の魔女・千里朱音に出会い、オカルト研究会に所属することになる。 超常現象の実在を証明すべく、瑚太朗は仲間達とオカルト研究会の活動を開始する。
遂に本格的に始動するオカルト研究会。初調査として、ツチノコ探しを開始するが・・・。
未確認生物の話を聞くべく、老紳士を探す瑚太朗。聞き込みを駆使して見つけた店には、あの老紳士と静流の姿が・・・。
ある日、オカルト研究会に「アサヒハルカ」についての投書が届き、瑚太朗は早速調査に乗り出す。
ちはやとルチアのわだかまりも解け、活動を再開するオカルト研究会。様々なオカルトの探究をすすめる中、「虹の楽園」の調査に乗り出す。
井上の消息が絶ってから早５日が過ぎた日、突然朱音はオカ研の活動停止を宣言する。
森での一件以降、朱音もちはやも、ルチアも静流も、そして小鳥とも連絡がとれなくなってしまった瑚太朗の前に、一人の少女が姿を現す。
記憶喪失になってしまった篝の自分探しを手伝うため、瑚太朗は篝を連れて街に行くことになったのだが・・・。
小鳥と再会し、小鳥と篝の秘密を知る瑚太朗。そんな中、結界を壊し秘密基地へ侵入してくる者が現れる。
朱音の命令で咲夜のもとへ向かうちはや。小鳥の秘密基地を探し森の中を彷徨っていると倒れているある人物を見つける。
次第に様子がおかしくなる篝。ルチアとちはやと合流した瑚太朗たちのもとに結界を破壊し地竜を連れたミドウがやってくる。
滅びの歌が響きわたり、放たれた魔物たち、自然の脅威によって崩壊する世界。そんな中、目を覚ました篝に喜ぶ瑚太朗たちだったが、そこに江坂が現れ・・・。
篝との対話を試みるも何度も殺され、記憶という夢を見る瑚太朗。整合性のとれない記憶に矛盾を感じつつも、再び篝のもとへ向かうのだが・・・。
何度も自身の能力を書き換え、篝の世界に近づこうとする瑚太朗。篝の研究を知り、彼女を守ろうと決意するのだが・・・。
加島桜の襲撃から篝を守るためオカ研メンバーが集結する。戦いの合間、瑚太朗は星を救うのに足りない何かに気付き・・・。
中学生時代。日常に退屈していた瑚太朗は、ＵＭＡ退治に夢中になっていた。そんな中、魔物に襲われあぶないところをある人物に助けられる。
マーテル会を抜けることを決めた瑚太朗は両親の反対にあい、家を出て江坂の元に向かうのだが・・・。
基礎訓練を終え、風祭に戻ってきた瑚太朗はガーディアンの本部に出頭し、鍵を探す任務を言い渡される。
日本を離れ、戦地で傭兵生活を送る瑚太朗。2年が過ぎたころある作戦に参加することになり・・・。
日本に呼び戻され鍵である篝と接触した瑚太朗は、良い記憶を探し星を救うため篝に協力することを決める。
篝との約束を果たすため、鈴木凡人としてガイアに潜入した瑚太朗はマーテルの聖女・加島桜との面会を試みるのだが・・・。
篝を助けるため、瑚太朗はガイアの魔物使いとガーディアンの超人、双方と立ち向かう。
篝の運命を書き換えるため、瑚太朗は最後の戦いに挑む。
