Helen schickt jemanden von der Bähbem Foundation los, um Quon genauer untersuchen. Als ein neuer Dolem angreift, wird Rahxephon und die Alpha Squad losgeschickt, um für Ruhe zu sorgen. (Text: Animax)
A photographer heads out to a mysterious archeological site, but is promptly shot to death by the very woman who brought him there. At Nirai Kanai, Sayoko and Mokoto are getting together. Haruka is shocked when she walks by and sees him leaving. Helena, of the Barbem Foundation sends Doctors to investigate Quon, who is in a deep sleep. A new Dolem attacks, and both RahXephon and the Alpha Squad is sent out, but Ayato becomes distracted when he finds Quon inside RahXephon with him...
Sur une île du Pacifique, un reporter semble chercher un site de fouilles secret... Mais arrivé devant un cratère où l'on peut voir des pyramides mayas et des équipements d'extraction, il est assassiné. Au QG de TERRA, Quon est tombée dans une sorte de coma, et c'est Sayoko qui la garde, bien que plus occupée par ses ébats avec Isshiki. Ayato, de son côté, croise Haruka dans un ascenceur, mais l'évite à cause de la gène qu'il éprouve par rapport à ce qui lui est arrivé "avec elle" quand il était prisonnier du Dolem Vivace. Le jeune homme ne sait plus trop où il en est, ses sentiments le perturbent.
眠り続ける久遠に、変化の時が近づいていた。それを察したバーベム財団のヘレナは調査チームを差し向けるが、久遠はライフモジュール無しでベッドを離れ、失踪してしまう。その時、東シナ海に出現したドーレムをラーゼフォンで迎撃していた綾人のコックピットに久遠が現れ、綾人の手を取ろうとする。
Un fotógrafo se dirige a un misterioso sitio arqueológico, pero la misma mujer que lo llevó allí lo mata a tiros. En Nirai Kanai, Sayoko y Mokoto se están juntando. Haruka se sorprende cuando pasa y lo ve irse. Helena, de la Fundación Barbem, envía médicos a investigar a Quon, que está profundamente dormido. Un nuevo Dolem ataca, y tanto RahXephon como el Escuadrón Alfa son enviados, pero Ayato se distrae cuando encuentra a Quon dentro de RahXephon con él ...