Die Geschichte geht nun etwas mehr auf die familiäre Situation der Charaktere ein. So wird Sayaka beim Besuch eines Schulfreundes im Krankenhaus gezeigt. Kyōsuke Kamijō liegt dort schon längere Zeit in einem geschwächten Zustand und kann seinen Körper und insbesondere seine Hände nach einem Unfall nicht mehr richtig bewegen. Dabei war er zuvor ein bewunderter Violinspieler und kann sich nicht mit der Situation abfinden, dass er sie vermutlich nie wieder spielen könne. Mami auf einer weiteren Exkursion begleitend können sie ihr nun teilweise ihren Wunsch entlocken. Dabei muss sie zugeben, dass sie nicht viel Zeit hatte darüber nachzudenken, schließlich sei sie in einem Verkehrsunfall verwickelt gewesen. Dies nutzt Mami aber zugleich um Sayaka über die Grundvorraussetzungen für die richtige Formulierung des Wunsches zu informieren. Der Wortlaut des Wunsches ist nämlich essentiell, damit er sich am Ende nicht als schlechte Entscheidung herausstellt.
Später in der Nacht unterhält sich Madoka mit ihrer betrunkenen Mutter und ihrem Vater, um sich mit ihnen zu beraten, ohne jedoch den wahren Grund ihres Anliegens preiszugeben. Zugleich tritt Homura an Mami heran und warnt auch sie davor Madoka sich in ein Magical Girl verwandeln zu lassen. Abermals kann sie aber nicht richtig begründen, warum sie das nicht dürfe.
Am nächsten Tag, bei einem erneuten Besuch von Kyōsuke, bemerken Madoka und Sayaka einen Grief Seed, der sich nah am Eingang des Krankenhauses befindet. Da der Grief Seed schon kurz vor der Aktivierung steht, beschließen sie, dass Madoka Hilfe holen soll, während Sayaka zusammen mit Kyubei die Parallelwelt betrifft, damit sie von der Unterstützung gefunden werden könne. Als Madoka mit Mami als Verstärkung zurückkehrt, stößt ebenfalls Homura dazu, die Mami vor dieser Hexe zu warnen gesucht, da sie etwas besonderes sei. Mami der dies überhaupt nicht gefällt, nutzt hingegen ihre magischen Fähigkeiten um Homura festzusetzen und folgt z
Madoka and Sayaka are getting used to Mami's witch hunting trial run, yet their wishes remain undecided. Mami reveals her past to the two girls.
Sayaka rend visite a son ami Kyôsuke, un violoniste paralysé du bras et qui donc ne peut plus jouer. Elle pense utiliser son vœu pour le soigner. Alors qu'elle et Madoka lui rendent visite a l'hôpital, elles trouvent une grief seed, un œuf de sorcière, sur un mur. Madoka court chercher Mami alors que Sayaka est aspirée dans la barrière du monstre. Mami explique à Madoka qu'elle a toujours peur de se battre, et qu'elle ne veut plus être seule. Madoka lui promet de faire son pacte avec Kyubey le plus tôt possible et de former un duo avec elle. Mami, en larmes, la remercie. Quand la sorcière, Charlotte, apparaît, Mami la matte très facilement. Seulement, dans sa dernière attaque, la sorcière se change en monstre géant qui fonce sur Mami et la tue sur le coup. Choquées, Sayaka et Madoka sont sauvées in extremis par Homura mais Sayaka ne veut toujours pas lui faire confiance.
Sayaka inizia a considerare l’opportunità di esprimere il desiderio di curare Kyōsuke Kamijō, un suo amico di cui è segretamente innamorata, il quale a causa di un incidente, ha perso l’uso di una mano, precludendosi per sempre la possibilità di esprimere il suo talento di violinista.
まどかもさやかも、魔法少女になって叶えたいほどの願い事はなかなか思い浮かばなかった。しばらくして、さやかの想い人・恭介が入院している病院の付近で、まどかとさやかとキュゥべえは魔女として孵化する直前のグリーフシードを目撃し、マミに助けを求める。まどかはマミと共に魔女の結界の奥へ進む途中、この戦いが終わったら魔法少女になる約束をマミと交わす。長く孤独な戦いを続けていて本当は寂しかった、という心境を打ち明けてまどかの申し出を歓迎したマミだったが、「お菓子の魔女」との戦いの中でマミは首を噛み砕かれ、あっけなく絶命する。窮地を脱するため、キュゥべえは魔法少女になるようにまどかとさやかに迫るが、そこへ登場したほむらが魔女を倒す。
마미의 마녀 퇴치 체험에 코스에도 익숙해진 마도카와 사야카. 하지만 정작 중요한 소원은 아직 정하지 못한 상태였다. 고민하는 두 사람이 알게 된 마미의 과거. '소원이란 건 자신을 위한 일에만 사용해야 돼요?'라고 묻는 사야카에게 마미는 진지한 말투로 '타인의 소원을 이뤄주고 싶다면 자신이 뭘 원하는지 좀 더 분명히 알아야 해'라고 대답한다. 다음 날 방과 후 쿄스케의 병문안을 간 사야카와 마도카는 돌아오던 길에 우연히 병원의 주차장에서 부화가 얼마 남지 않은 그리프 시드를 발견한다. 이대로 방치하면 대참사가 발생할 수도 있는 사태에 사야카는 큐베와 함께 감시를, 마도카는 마미에게 도움을 요청하러 달려가는데.
Мадока и Саяка находят семя скорби, из которого скоро должна родиться ведьма. Они зовут на помощь Мами, которая игнорирует предупреждения Хомуры о силе ведьмы и связывает её. В итоге ведьма пожирает Мами, но Мадоку и Саяку успевает спасти освободившаяся Хомура.
Visitas Sayaka un muchacho herido llamado Kyōsuke Kamijo , que era un violinista que admiraba cuando era pequeña. Después de derrotar a una bruja conocida , Mami le dice a Madoka y Sayaka que ella estaba en un accidente de tráfico y no tenía tiempo para pensar en su deseo.
圓與沙耶香陪同麻美討伐魔女。麻美成為魔法少女的理由揭曉了。
兩人在某天傍晚,發現恭介所住的醫院,有一顆即將孵化的悲歎之種。
Madoka i Sayaka biorą udział w próbnym polowaniu na wiedźmę zorganizowanym przez Mami, ale nadal nie wiedzą, czego chcą. Mami opowiada im o swojej przeszłości.