慶応四年――幕府軍と薩摩軍の争い“鳥羽伏見の戦い”が始まった。土方は前線で指揮を執り、山崎は隊医として負傷者の救護にあたる。しかし圧倒的に不利な銃撃戦、淀城の薩摩への寝返りと、苦戦する新撰組は次第に追い詰められていく。
一方で、思いを寄せる少女・沙夜を身請けするため奔走していた鉄之助は、隊を離れたまま幕府軍大敗の知らせを聞く。自分は何のために新撰組に入ったのか――屯所へ来て間もない頃、山崎と交わした会話を思い出した鉄之助は、もう一度刀を手に、隊へと戻る決意をするが……抗うことの出来ない運命の戦いが幕を開ける。
Suite du premier film Peace Maker Kurogane: Belief.
Четвертый год эпохи Кейо — начинается сражение между войсками бакуфу и самураями Сацумы, известное как «Сражение при Тоба и Фусими». Тикадзаки командует на передовой, а Ямазаки занимается оказанием помощи раненым в качестве врача. Однако, в условиях подавляющего огневого превосходства противника и предательства самураев из замка Ёдо, отряд «Синсэнгуми» постепенно оказывается в безвыходном положении.
Тем временем, Тэносукэ, который стремится выкупить свою возлюбленную Саю, получает известие о сокрушительном поражении бакуфу, оставаясь вдали от своего отряда. Он начинает задумываться, зачем же он вступил в «Синсэнгуми». Вспомнив разговор с Ямазаки, когда только пришел в отряд, Тэносукэ решает снова взять в руки меч и вернуться к своим товарищам, но... начинается битва с судьбой, которой не избежать.
