飛鷹千寿(反町隆史)は洞察力に長け機転が利く敏腕熱血刑事だったが、ある事件がきっかけで警視庁捜査一課特命捜査情報管理室、通称“オクラ”に追いやられていた。そこは、“お蔵入り”の未解決事件に関する膨大な資料のデータを入力することが主業務の部署で、捜査権こそあるものの警視庁内では「刑事の墓場」とも呼ばれていた。 この部署には千寿のほか、元組織犯罪対策部でヤンキー上がりの結城倫子(白石麻衣)、定年間際の老刑事・鷲沢泰造(宇梶剛士)、ギャンブル狂の室長・幾多学(橋本じゅん)、元公安部の牧原祈里(青木さやか)、サイバー犯罪対策室で活躍していたハッカーの吉岡雷(前田旺志郎)が所属している。そんな情報管理室に、所轄から不破利己(杉野遥亮)が新たに配属されることに。利己は優秀な刑事だという評判だったが、オクラに配属されてしまうほどワケありの様子で、祈里や雷は不思議がっていた。 時を同じくして、情報管理室に1通のメールが届く。メールの発信者は、12年前に起きた女子小学生殺人事件の容疑者として捜査線上に上がっていたものの証拠不十分で逮捕できなかった矢継周作(黒田大輔)だった。容疑者本人からの情報ということで沸きだつオクラ一同。当時事件の捜査に当たっていた千寿は、利己、倫子とともに被害者の遺体が発見された山の雑木林へと向かうが………。
飛鷹千寿(反町隆史)、不破利己(杉野遥亮)が所属する警視庁捜査一課特命捜査情報管理室――通称『オクラ』に、新たなタレコミ情報が舞い込む。2013年に橘東高校で起きた道尾忠司(浦上晟周)という生徒の死亡事件は、自殺ではなくいじめによる殺人だ、という情報だった。 それを聞いた吉岡雷(前田旺志郎)は、自身も橘東高校の出身で、道尾は同級生だったことを明かす。吉岡によれば、道尾は学校に馴染めずいつもひとりでいたため、不良グループの追川孝晃(豊田裕大)や岩淵康太(牧亮祐)らに目を付けられ、執拗ないじめに遭っていたのだという。事件後、吉岡をはじめ他の生徒たちは、学校が実施したアンケート調査で、いじめがあったことを訴えていた。だが教育委員会はいじめを頑なに否定し、進路に悩んだ末の自殺である可能性が高いという結論を出した。千寿は当時、捜査一課課長の加勢英雄(中村俊介)らとともにこの事件の捜査を手がけていたが、何らかの圧力があり、捜査が打ち切られていた。 千寿は、結城倫子(白石麻衣)、吉岡とともにもう一度この事件を洗い直そうとする。手がかりになるものは何もなかったが、利己は当時の資料とタレコミからある暗号を解読し……。
不破利己(杉野遥亮)は、飛鷹千寿(反町隆史)とともに野放しになっている犯罪者を法の下へ引きずり出す決意を固める。その上で、千寿の“正義”が本当に正しいのかどうか、自分自身で見極めようというのだ。 千寿はそんな利己を、犯罪者を引きずり出すための証拠捏造をしているという秘密の隠し部屋へと連れて行き、11年前に発生したアメリカ国務長官を狙った爆破テロ事件「東京シンフォニーホール爆破事件」を次の捜査ターゲットにすると告げる。そして「2013年の東京シンフォニーホール爆破事件の犯人は『プロフェッサー』。秋葉原の電気街を探せ」というタレコミメールを警視庁のサイトに流すのだった。 翌日、タレコミメールを見た牧原祈里(青木さやか)は、「この事件で私の夫が殺された」と『オクラ』メンバーに告げる。かつて公安部に所属していた祈里と夫の圭吾(是近敦之)は、警備部と連携して国防長官の警備に当たっていた。だが、長官の席が急遽変更になるなどバタバタした状況の中、変更された座席の周辺を調べていた圭吾は仕掛けられていた爆弾の犠牲になったのだ。 千寿と利己は、祈里とともに秋葉原の電気街へと向かう。マニアックなパーツを扱う電気店を訪れた千寿たちは、店主の石崎(佐藤タダヤス)にプロフェッサーのことを尋ねた。すると、突然逃げ出す石崎。一方、捜査一課長の加勢英雄(中村俊介)は、千寿らを見張るよう志熊亨(有澤樟太郎)に指示を出しており……。
飛鷹千寿(反町隆史)は捜査一課長・加勢英雄(中村俊介)に呼び出され、かつて捜査中に犯人の仕掛けた爆弾によって殉職した結城真一(平山祐介)の遺体には、銃で撃たれた跡があったことを告げられる。さらに加勢は、千寿が強行犯係にいた当時の未解決事件が最近になって立て続けに解決したことを指摘し、何を隠しているのかと問いただす……。 一方、不破利己(杉野遥亮)は千寿に何も告げずに、2年前に白金で起きたホステス殺人事件の情報提供メールを警視庁に送る。事件当時、墨田署にいた利己はホステスの不知火美佳(樋井明日香)と息子の壮太(石塚陸翔)を守るよう命じられていた。美佳は経済界の大物も訪れる銀座の高級クラブに勤務していたが、脅迫電話やストーカー被害が出たことから、利己は志熊亨(有澤樟太郎)とともに警護に当たった。だがあるとき、利己が何者かに襲われて意識を失っている間に美佳が殺害されてしまう。目を覚ました利己は包丁を持った美佳の元交際相手・新山博一(後藤剛範)が逃走するのを目撃するが、証拠不十分で当時は逮捕することができなかった。 千寿は、勝手なことをするなと利己を非難。すると利己は、有力な情報を掴んだと返し、千寿と共に新山が働くリサイクル工場へと向かう。一方、結城倫子(白石麻衣)たちは、美佳がなんと利己の元カノだと知り……。