忍者の末裔が噛むと、潜在能力を強力に引き出すことができる「ニンジャガム」。その開発を極秘でおこなう研究員のバートン、ベレッカ、ロンの3人は、実験を始めて丸３年、失敗記録を更新し続けていた。そんなある日、いつものように失敗に思われた実験だったが…
ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。２人はそれまでWNA（世界忍者協会）で「ニンジャガム」の開発をしていたが、その研究所も封鎖されてしまった。為す術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが、彼らの家はすでに何者かによって解約され、スマホも使えない状態になっていた…
運動神経バツグンな少年バーンは、大好きなバスケットボールで今日も大活躍。 ある日、離れて暮らす父親の夢を見るが、夢の中で父は何者かに襲われてしまう。胸騒ぎをおぼえたバーンは意を決し、父の家へ。そこでバーンは、父と忍者が戦う場面に遭遇し…
明るい性格で友達思いの少女ルーシーは仲良しのサツキ、サリーと一緒に、アイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが誤って、二人組の不良の一人にアイスをつけてしまい、トラブルに。友達を助けようと「やめろ！」と叫ぶルーシー。その時、ルーシーの右眼は赤い閃光を発し…
倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへ颯爽と現れる、天才ダンス少女のエマ。彼女は踊るようなアクションでマフィアを撃退。その様子を目撃者がスマホで撮影し、ニュースとして拡散した。これを見たWNAの職員ウォーレンは、エマに接触を試みることに…
子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれこもうとする。そこには、バーン、カッペイ、ルーシー、エマらの姿もあった。そして校長が、ニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込む…
ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら6人の担当になったのはマッチョなブルースと、セクシーなエイミー。各々がアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をする中、ルーシーは「ここ、やめたくなったら、やめてもいい？」と、みんなが驚くようなことを言い出す…
WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにかこうにか本部の屋上へとたどり着き、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通って先へ行こうとするのだが、バートンはリュックが挟まり、身動きが取れなくってしまう…
WNAアカデミーが休みの日。街の一角でストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。一方その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、まさに今、トラックを盗もうとしている２人の男の姿を目撃する。正義感の強いエマと好奇心旺盛なルーシー、それぞれの奇妙な尾行が始まる！
ある日アカデミーに途中入学してきた2人の子供は、ロンとジェーンと名乗る。かつて、ニンジャガムの開発を共にしていたロンなのか？と驚きを隠せないバートンとベレッカ。アカデミーのデータを改ざんして入学したロンとジェーンには何か企みがあるようで、２人は時折、不穏な空気を放ちながら言葉を交わす…
初めての屋外訓練に挑戦することになったアカデミーの生徒たち。バートン、ベレッカ、ロン、エマはヘリから密林に降下し、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンは砂漠に降り立つ。それぞれのチームは、ニンジャガムに頼らずに、自力でアカデミーを目指すことになった…
バートンたちがやって来たのは、寂れた建物が並ぶゴーストタウン。そこでニンジャの基本中の基本、隠れることを学ぶため「かくれんぼ」をすることに。すると、ルーシーが、このゴーストタウンでは得体の知れない怪物が出ると言い出す。町を囲む森の茂みでは何者かの眼が光っていた…
野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、追いかけっこバトルをすることに。そんな生徒たちの訓練を、藪の中から何者かが見ていた…
一緒に講演会へ行く約束をしていたバートンとベレッカ。しかし当日、バートンの姿はどこにも無かった。ロンの姿も無かったことから、ベレッカはよからぬ想像を巡らす…
ＷＮＡ本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中に囚われていた。深夜、そこに侵入した何者かが機材のスイッチを触ると、未確認生命体がいるカプセルのふたが開く…
地球外生命体の出現により、ＷＮＡでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務として、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に行き、その正体を確かめることになる…
WNAで起こるさまざまなことに不信感を募らせていたロンとジェーン。仮病を使って授業を欠席した2人は、協力してWNA本部への侵入を試みようとしていた…
一向に減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。バートンたちには、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるという忍務が下された…
バートンたちは、未確認生物が目撃された場所を調査することに。現地へ向かうバスには、デイジーという見知らぬ先生が乗っていた。やがて一行は、不穏な雰囲気を放つ村に到着する…
ベレッカは、父の同僚で親友だったレナードと遭遇した。何者かに命を狙われているレナードと話をするため、ベレッカたちは、追っ手から彼を守りながらアジトまで連れてくることに…
父がシャドーニンジャに襲われて命を落とした場所を確かめるため、ベレッカはジェーン、カッペイとともにオエドへ。オエドに到着するとカッペイの祖父・源雲斎が待っていた…
忍務を終え、WNAアカデミーへと歩くバートンたち。エマが振り返るとそこには、一体のスペースニンジャの姿が！ルーシーに倒されたスペースニンジャを見て、バートンはある考えを話し出す…
とあるビルの巨大看板の前に集まったスペースニンジャたちは、何かを企む表情を浮かべていた。一方WNAでは諜報部長官であるアレンが、大量のニンジャガムを使ってスペースニンジャをおびき出し、一気にせん滅するという作戦を提案。作戦には討伐隊だけでなくアカデミーの生徒も参加することに…
スペースニンジャを倒したことを祝って、WNA本部で演説を行うアレン。そんな様子を、ロンは苦々しく見ていた。演説を終えたアレンはツキカゲに、ある命令を下す…
オエドの採掘場に潜入しようと様子をうかがうベレッカたち。この大規模な採掘場では、シャドーニンジャが周囲を監視していた。資材を搬入するトラックに隠れて採掘場の中に入ることに成功するが、目的の場所へ行くエレベーターの前にはさらに見張りが立っていた…
オエドの隕石採掘場で、橋の爆発に遭遇したアカデミーの生徒たち。無事だったジェーンたちはマキフォンでルーシーに安否を確認すると「エマが全然起きない」との返事が…
バートンたちを乗せ、エゼットたちの故郷メルウス星を目指して宇宙空間を進む宇宙船。その船内で授業をおこなおうとするブルースだが、宇宙に来てまで受けたくないルーシーたちは思い思いの宇宙旅行を満喫する。そしていよいよメルウス星へ向けて、サクットチケットドライブ（ワープ）を起動！しかしワープを抜けた先はメルウス星ではなく、なぜか小惑星帯で…
スペースニンジャの数と配置を掴むための偵察をバーン、カッペイと一緒に成功させたロビット。その結果を受け、スペースニンジャの殲滅作戦が行われることになった。そこでエゼットはバートンたちの協力を提言し、ガボット将軍はバートンたちの作戦への同行を許可する。作戦はオデット隊、ジャーケット隊、ロビット隊、ジベット隊の４チームに分かれて行うことに…
スペースニンジャ殲滅作戦のため部隊を４チームに分け、それぞれシティ周辺の拠点へと向かうこととなった。バートン、ベレッカ、エゼット、ガムッチはジベット部隊に同行することに。スペースニンジャに注意しながら目的地へ向かう途中、バートンたちは何者かの視線を感じる。さらに怪しい行動をとるジベットを目撃して…
スペースニンジャに占領されたシティを取り戻すため、四つの部隊に分かれた、バートンたちとメルウス軍。ジェーンとロンはオデット部隊に同行することに。ジェーンが場を和ませようと話しかけても無視をするオデット。さらに部下であるキャロットが話しかけても冷たい態度を取る。不満を募らせるジェーンだったが、実はオデットには秘密があって…
