力尽き倒れ、アガタの部屋で目を覚ましたフジキドは、 TVに流れるニュースでラオモト・カンの知事選電撃立候補を知る。 今夜のうちに決着をつけねば、 ソウカイ・シンジケートが持つマネーとニンジャの力でラオモトはネオサイタマ知事となり、 暗黒と暴力の時代が幕を開けるだろう……！ 最早一刻の猶予もなし。 ラオモト・カンを暗殺すべく、そして戦友ナンシー・リーを救い出すべく、 放たれた鮮血の矢の如く、ニンジャスレイヤーは敵の本拠地トコロザワ・ピラーへと突き進む！ 待ち受けるヤクザ！ ニンジャ！ オムラ社のモーター兵器！ カラテが爆発する！