萬天中学に通う六条壬晴は、クラスメイトの相澤虹一と英語講師の帷から、忍道部同好会への勧誘を受ける。ただでさえ何事にも無関心な壬晴はふたりの話を無視。それでもあきらめず壬晴を入部させようとする帷は、「お前が殺されるかもしれない」と壬晴に詰め寄る。 その午後、壬晴は、虹一と山背先生の戦闘に出くわしてしまう。伊賀忍・灰狼衆の手先である山背は、忍の世が生み出した秘術「森羅万象」を手に入れるために、灰狼衆とともに萬天に来ていたのだ。 灰狼衆の襲撃をきっかけに、壬晴の身の内に封印されていた「森羅万象」が覚醒する・・・！
すべてを思いのままに支配する力が自分の内に宿っている。それの事実を知ったにも関わらず、壬晴の希望は、秘術を自分からはがし取ってもらい、今までのような無関心生活に戻ることだった。壬晴の安全を考えて忍術を教えようとする帷たちに対しても、相変わらずの無関心ぶりは変わらない。 そこに現れたのは、清水雷鳴。隠の世を見定める任務を負う侍である雷鳴は、隠の世を左右する秘術を所有する者の出現を聞きつけ、萬天にやってきたのだ。あまりにか弱く無関心な壬晴に対して不信感を抱く雷鳴だが、壬晴の意外な一面を知ることで、態度が軟化する。
帷たちを待ち受けていたのは、霧が晴れて、全容をあらわにしている風魔の里。そして、灰狼衆の襲撃により、傷つき倒れていた風魔忍たちだった。その不可思議な傷つき方に悪い予感を覚える帷。 里を襲撃した灰狼衆の目的は、風魔忍に伝わる禁術書の奪取だった。灰狼衆を率いて里を襲った雪見和彦は、目的を果たし、帰還しようとしていた。それを阻むべく雪見に戦いを挑んでいく雷鳴。帷や虹一も、壬晴を守りつつ、灰狼衆と戦い始める。
壬晴たち萬天一行は、里に戻ってきた風魔忍の首領・風魔小太郎たちに保護され、傷の手当を受ける。壬晴たちを守ろうと宵風と戦った帷がもっともひどいケガを負っていた。壬晴は、宵風や灰狼衆の冷徹な攻撃、彼らにより傷つけられた風魔忍のことを思いだしながら、自分が忍同士の戦いに巻き込まれた事を実感する。 翌日、壬晴と雷鳴、虹一の前に風魔忍が集合し、会が開かれた。小太郎は壬晴を秘術の保有者として紹介する。壬晴は、自分は秘術なんてほしくないと明言し、小太郎に対し、森羅万象を剥ぎ取って、自分のものにしたくないのかと問いかける。
壬晴、雷鳴、虹一は、ケガが重い帷を残し、萬天に帰ってきていた。中学校に隠された萬天忍に伝わる忍術書を処分し始める三人。 風魔の禁術書のように、萬天に伝わる禁術書を灰狼衆が奪いにくる可能性を考え、帷が三人に早く処分するよう頼んだのだ。 その日、学校から帰った壬晴を、祖母のお好み焼き屋で待ち受けていたのは、秘術を手に入れるために自分を襲った山背だった。 祖母が出かけ、ふたりきりになった店の中で、山背は壬晴に対し、秘術の力を使って、自分の願いをかなえてほしいと懇願する・・・。
雷鳴と虹一の前から、壬晴が姿を消した。気羅使いの宵風が壬晴を連れ去ったのだ。それを知り、取り乱し、自分の至らなさを責める帷。 その頃、壬晴は、宵風とともに、町から離れた山の中に居た。竹やぶに囲まれた廃電車の中で、宵風は壬晴に、森羅万象の力を使い、自分の願いをかなえてくれと迫る。
萬天中学校に現れたのは、第四の忍の里・戸隠の首領である織田八重。 表の世では人材派遣会社を経営し、隠の世では企業間や国際規模での諜報活動を行っている。彼女が萬天を訪れたのは、帷たちに、まもなく訪日する海外の要人の暗殺を請け負わせるためだった。 その日、学校から帰った壬晴を、祖母のお好み焼き屋で待ち受けていたのは、秘術を手に入れるために自分を襲った山背だった。 一種の読心術である禁術・飯綱心眼の力を使い、帷や虹一や雷鳴たちに揺さぶりをかける八重。それでも暗殺の話をうけようとしない帷を追い込むため、八重は壬晴の心の中に入りこむ。
フロスティの特別警護に来ていた灰狼衆は雪見と宵風だった。壬晴は、雪見たちに捕まったふりをして宵風と接触。お互いの味方の目を交わしながら、禁術書をめぐる状況について情報交換を行う。 壬晴を人質にとられた帷は雪見と戦闘に入るが、そのすきにフロスティ・ジャパン支社長の野分がフロスティたちを連れて、逃げ出した。その野分達の前に立ちはだかる八重。「ひさしぶりね、野分英生さん」。八重の本当の目的は、自分の娘を新薬の実験台にした野分への復讐だった・・・。
兄・雷光が雷鳴を除く清水家の全員を切り捨て、清水家から出奔した日からまもな5年。その日以来、雷鳴は雷光を探し続けていた。灰狼衆に造反する人間に制裁を加 える「分刀」の二人組。そのひとりが、雷光だった。 日本刀での殺人、彼岸花の置きみやげのニュースを聞いた雷鳴は、部屋を飛び出していく。それは、まもなく５年目となるその日に向けた、兄から妹へのメッセージだった。
かつて清水家の存在した場所で、遂に、雷鳴は雷光と対峙する。雷鳴は、清水家を滅亡させ、侍の誇りを汚した人間として、雷光を切り捨てるべく、刀をふるう。 一方、森羅万象の秘密をめぐり、帷を問い詰めていた壬晴のもとには、予期せぬ来訪者がやってきていた。
雷光との勝負に負けた雷鳴は、重傷を負い、病院で治療を受けていた。身体は傷つき、さらに黒我門を奪われ、心は屈辱に震えていた。雷鳴を静かに見守るサラバと十字と虹一、そして萬天からひとりやってきた壬晴。そのころ雷光から清水家の過去の真実を聞いた俄雨は、雷鳴を探し出そうと病院を回り、ついに、病院を抜け出し、雷光と決着をつけにいこうとする雷鳴を見つけ出す。雷光への復讐心に燃える雷鳴に対し、俄雨は真実を語りだす・・・。
俄雨が入院していた病院の前で雷鳴は、萬天の地から出てきた壬晴に出会う。宵風のために森羅万象を使うことを決意した壬晴の意思の強さを確かめた雷鳴は、壬晴のこれからを心配しながらも、引き止めることができなかった。宵風と合流した壬晴は、雪見の車で風魔忍が運営する図書館で飯綱心眼の書を手に入れ、灰狼衆首領である服部に会いに行く。壬晴の真意を疑い続ける雪見を尻目に、服部の前に飯綱心眼を差し出した・・・
その実体は甲賀の里の本拠地というアルヤ学院からの招待状。今までずっと他の里との交流を断っていた甲賀からの突然の招待に疑念を抱きつつも、やってきた雪見、雷光、壬晴、宵風の４人。甲賀の里の持つ禁術・蛇薬の書を入手するには最高のチャンスなのだ。途中車の事故に見舞われた雪見たちを案内すべく、学院の生徒・しじまが迎えにやってきた。しじまを始め、明らかに普通の生徒ではない、油断ならない雰囲気をかもし出すアルヤ学院の人々。その晩、雪見の目の中に飛び込んできたのは、となりの部屋から顔を出している帷の姿だった！
襲撃を受け、雪見たちと離れ離れになった壬晴と宵風が逃げ込んだのは地下室だった。すばるやカタリナたちに対し、宵風は気羅を使い、応戦する。宵風が気羅を使うのを見たしじまは、宵風に向かっていく。しじまの鉤爪と宵風の体術の死闘が続く。しかし、明らかに、宵風が押され始めていた・・・。
アルヤ学院の地下書庫では、森羅万象の文字を浮き上がらせた壬晴が立ち上がっていた。地下書庫への扉を開けた雪見たちも、壬晴から噴出する圧倒的な「気」の威力を受ける。初めて森羅万象に遭遇し、何もできないすばるや雪見たちを脇に、帷はひとり、森羅万象の発動を止めようと、壬晴に近づこうとするが・・・。
壬晴が甲賀の蛇薬の禁術書を預かったことにより、灰狼衆は5つのうち4つの禁術書を手にいれた。これで最後の1つは、帷が萬天で保管している円月輪の書となった。服部は、萬天に赴き、帷から最後の禁術書を手に入れるよう、雪見に命令を下す。最後の禁術書をめぐる戦いが、萬天で始まろうとしている！
最後の術・円月輪をめぐる戦いが始まった。服部の命を受け、帷から円月輪の書を奪うために、萬天を訪れた雪見。帷の行方を英に問いただすが、英が隠の世とは関係のない人間であることを知り、次に雷鳴と虹一のもとを訪れる。帷の行方を知っているふりをして、雪見を連れまわそうと思いついた雷鳴だったが・・・。
壬晴は、宵風を連れて、和穂がいる診療所に戻ってきた。点滴を受けながら眠り続ける宵風。壬晴は和穂にこれまで集めた禁術を使って森羅万象をはぎとる研究が進んでいるかどうか、さぐりを入れようとする。一方、別の部屋では、傷はふさがったのに、一向に目を覚まさない俄雨につきそう雷光の姿があった。
雷光と俄雨に気羅を撃ち、診療所から姿を消した宵風が壬晴とともに帰ってきた。安堵する間もなく、和穂は俄雨の病室に呼び出される。雷光の刀に倒れて以来意識不明だった俄雨が目を覚ましたのだ。その翌日、帷を探し出すための作戦会議が雪見の部屋で開かれる。任務復帰に意欲満々の俄雨、雷光、壬晴、そして宵風が集う。
和穂から得た情報をもとに、壬晴と宵風は、飯綱心眼の術者である織田八重に会いに長野にやってきた。八重と対峙する壬晴は、宵風のために森羅万象を使えるようになりたいのだと明言する。壬晴の変化に驚く八重。フロスティの事件以降、飯綱心眼を封印し隠の世を退いていたが、壬晴のために封印を解く覚悟を決める・・・。
灰狼衆への造反者とみなされた壬晴と宵風、八重は、鬣に捕まり、東京の灰狼衆の本拠地に連行された。宵風は気羅を使えないようにと体の自由と意識を奪われ、壬晴は監視カメラのある部屋に閉じ込められていた。そして、八重は、飯綱心眼を使えば森羅万象と接触できることを知った服部の尋問を受けていた。
俄雨と雷光に助けられ、壬晴と宵風は灰狼衆から逃げおおせた。衰弱の激しい宵風は壬晴に対して自分をおいてひとりで逃げるように告げるが、壬晴は宵風と一緒でなければ動かないと言い切る。一方、服部の前に雷光が現れた。分刀であるにも関わらず、壬晴と宵風の逃亡を助けたことに対し、責任を果たすために・・・。
服部のもとに連れ戻された壬晴と宵風。服部は壬晴と雪見の前で、自分が宵風と出会い、どうして宵風が気羅を身につけるに至ったかを語りだす。そのころ、俄雨に案内されて雷鳴や虹一が、そして八重や加藤、サラバが、壬晴達の居る寺に向かっていた。そして、自分のなすべきことを見つけた雷光が白我聞を手にして、一季の前に現れた。
壬晴と宵風のいる座敷牢に飛び込んできた雷鳴と俄雨。思いがけない光景を前にした二人は、怒りに任せて服部に向かっていくが、かなうはずもない。服部は、愕然とする壬晴に向かい、すべてはお前のせいだと、大いなる力を持つ者として義務を果たせと語る。追い詰められた壬晴はついに・・・！
宵風はついに服部に対して気羅を放ち、殺してしまった。そのショックで混乱を極める宵風は、自分自身に気羅を打ち込もうとする。その宵風のそばに立ち尽くす壬晴の中では、森羅万象が壬晴を取り込み、より完全な発動をとげようとしていた・・・。
帷や虹一、雪見のおかげで、壬晴は姿を消した宵風のもとにたどりつくことができた。海の近くにたたずむ教会で、壬晴は宵風と何を語るのか・・・。壬晴と宵風。彼らをめぐる人々。そして森羅万象。それぞれの物語がついにクライマックスを迎える。
