Das Dominion will die Menschheit perfektionieren und bringt Lexa in seine Gewalt, um sie für gefährliche Versuche zu missbrauchen. Das Mutant-X-Team macht Adam ausfindig, doch er weigert sich, seine Informationen im Austausch für Lexa preis zu geben. Das Mutant-X-Team sucht daraufhin den Leiter des Dominion, den so genannten "Creator". Und erlebt dabei eine böse Überraschung.
The team uncovers many of the mysteries surrounding Mutant X after the Dominion captures Lexa and Jesse.
Mange af mysterierne omkring Mutant X bliver afsløret, da Lexa og Jesse bliver taget til fange af Dominion, og holdet, sammen med Adam, går ind for at redde dem.