After Zaft's ultimatum requesting Djibril, Yuuna gives the obvious lie of Djibril not being in Orb in a public announcement. Following the announcement, Zaft begins its invasion of Orb. Cagalli is given her father's will: the mobile suit Orb-01 Akatsuki, arrests Yuuna and reforms Orb's defense against Zaft. Later, the Minerva arrives and Destiny launches to confront the Akatsuki...
Shinn et Rey sont promus Faith par le président. ZAFT apprend que Jibril a trouvé refuge à Orb et ordonne donc à cette nation de le leur livrer, mais Yuna préfère nier. Le pays se retrouve encore à feu et à sang, et Cagalli décidera d’agir.
デュランダルは、シンとレイにフェイスの徽章と勲章を授与。レイによって巧みに誘導されながら、シンは次第にデュランダルの指し示す未来を盲信し始める。そんな中、ジブリールの行方がついに判明。彼は、オーブのセイラン家へ身を寄せていたのだ。ザフトは オーブへジブリールの身柄引き渡しを要求するが、ユウナは「いない」と返答。当然納得できるはずもなく、ザフトは武力によるオーブ制圧を開始する。
オーブの危機を知ったカガリだが、アークエンジェルは修理が完了しておらずキラも留守、アスランも未だ回復していない。それでも祖国を救おうと、ムラサメ隊と共に決死の 覚悟で出撃しようとするカガリ。そこに現れたキサカとエリカは、カガリの亡き父・ウズミが遺したモビルスーツ・アカツキを、彼女へ与えるのだった。 「力はただ力。多くを望むのも愚かなれど、厭うのも又愚か」……父の遺言を胸に刻んだカガリは、ムラサメ隊と共にオーブ軍の中枢を掌握すると、ユウナを拘束させて全軍を指 揮し、一時はザフト軍を押し戻す。が、そこにシンのデスティニーとミネルバが到着し、形勢は再び逆転。カガリのアカツキとシンのデスティニーが、相反する祖国への思いを胸 に、オーブの空の下で激突する。
直布罗陀基地内，由于先前战斗所取得的成果，真不但被再次授予了星云勋章，还与雷一起成为了FAITH。就在这时，传来了加百列藏身于奥布的消息，杜朗达尔遂名正言顺地开始计划对奥布作战。而此时真正掌控奥布的塞兰家却对眼前的危机浑然不觉，为了维护自身的利益而由尤纳公开答复宣布加百列并不在奥布境内。
