In order to save Stellar's life, Shinn brings her back to Neo.
Le capitaine Amagi et ses camarades décident de rejoindre l’Archangel, comme leur a conseillé le colonel Todaka avant de se sacrifier. Sur le Minerva, Shinn apprend que Stella est condamnée et prend alors une décision irrévocable…
アークエンジェルには、先の戦闘で生き残ったオーブの有志たちが合流を果たしていた。トダカの今際の言葉をカガリに伝え、この船で改めてオーブの理念のために戦いたいというアマギらを、キラたちは暖かく迎える。
一方激戦を終えたミネルバは、ジブラルタルを目前にしながら、修理と補給のために足止めされていた。キラに一喝された上にセイバーも大破し、アスランは塞ぎ込む。が、ステラに何もしてやれないことに苛立つシンは、そんな彼に冷たく当たるのだった。
そんな中、シンは偶然タリアと軍医の会話を聞いてしまい、愕然とする。このままではステラは助からないし、仮に助かったとしても本国に引き渡され、実験体扱いにされてしまうというのだ。ステラを救うには、ネオのいる地球軍へ返すしかない……。レイの協力を得て彼女を連れ出したシンは、ガイアの識別コードを利用して地球軍と連絡を取り、ネオを呼び出す。
夜明けの海岸で、対峙するシンとネオ。シンは「ステラを二度と戦場に近づけないと約束しろ」と要求し、ネオにステラを預ける。彼女へ貝殻の入った小瓶を手渡し、「俺を忘れないで」と言い残して、シンは立ち去った。あふれ出る涙を拭いながら……。
受户高上校殉职前的嘱托，奥布舰队残余人员在天城上尉的带领下来到大天使号上投奔卡嘉莉，并为基拉等人所接受。损伤惨重的密涅瓦号开始了休整，在战斗中负伤的露娜玛丽亚恢复了过来，然而阿斯兰却日渐消沉。史黛拉的身体状况越发危险，真无意间听到了随舰军医和塔丽亚的对话，发现史黛拉将要被PLANT用于研究，不禁大惊失色。
На Арченджеле к экипажу присоединились добровольцы из Орба, уцелевшие в предыдущем бою. Передав Кагари последние слова Тодаки, Амаги и остальные заявляют, что хотят вновь сражаться за идеалы Орба, и Кира с товарищами встречают их тепло.Тем временем Минерва, завершив ожесточённый бой и уже видевшая Гибралтар, задерживается ради ремонта и пополнения запасов. После того как Кира резко отчитал Аструна, а Сейбер получил серьёзные повреждения, Аструн замыкается в себе. Шин, раздражённый тем, что ничем не может помочь Стелле, относится к нему холодно.Случайно подслушав разговор Талии с военным врачом, Шин поражён услышанным: в таком состоянии Стелла вряд ли выживет, а если и выживет, её выдадут на родину и будут использовать как объект для опытов. Единственный способ спасти её — вернуть в войска Земли, где сейчас Нео. С помощью Рея Шин тайно забирает Стеллу, с помощью идентификационного кода Гайя выходит на связь с земной армией и вызывает…
