It's now CE 73 and three of ZAFT's new Gundams are stolen. During the Gundam-Jack, Cagalli, now Orb's head of state, and Athrun, now her bodyguard, are meeting with Zaft's new head honcho.
En EC 71, Shinn a perdu ses parents et sa petite sœur de façon atroce sur l’île d’Onogoro, lors de l’affrontement entre Orb et l’Alliance Terrienne. Deux ans plus tard, le jeune garçon travaille à Armory 1, sur les PLANT, lieu où Cagalli Yula Athha a justement rendez-vous avec le président Durandal.
地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。
Ｃ．Ｅ．７３・１０。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハはアスラン・ザラ（公には別名「アレックス・ディノ」を名乗っている）を伴ってＬ４に新設されたザフトのプラント「アーモリーワン」を訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。
その時、突如鳴り響く警報！
新造艦「ミネルバ」の進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型ＭＳ「ガンダム」を強奪する。
再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のＭＳ「ザクウォーリア」に乗り込み奪われたカオス・ガイア・アビス、３機のガンダムを相手にする。しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！
絶対絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型ＭＳ。
その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。
C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰·萨拉；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。
После кровопролитной Второй битвы за Якин-Дуэ, где обе стороны понесли тяжёлые потери, Земной Альянс и Зафт подписали соглашение о перемирии на руинах Юниус Севен. Но очаги конфликта между натуралами и координаторами от этого не исчезли.C.E.73.10. Кагари Юла Асуха, ставшая главой Орб, вместе с Атруном Залой (в открытую использующим псевдоним Алекс Дино) прибывает на только что построенный на L4 зафтовский плант Армори Уан. Она намерена провести секретную встречу с председателем Верховного совета Гильбертом Дюрандалом, чтобы обсудить тревожные признаки возобновления напряжённости между фракциями.Внезапно раздаётся тревога! Таинственная группа совершает диверсию, нацеленную на церемонию спуска на воду нового корабля Минерва. Воспользовавшись хаосом, они также похищают новейший мобильный костюм Гандам, готовившийся к роллауту.Кагари в замешательстве при виде вновь разгоревшейся схватки. В клубах дыма Атрун, чтобы защитить её, спешно…
