博物館に展示されていた石板が何者かによって破壊され、封印されていたホラーが解き放たれてしまった。その場にいた警備員のセキヤ（日村勇紀）は、過去の陰我からホラー・アズダブに憑依されてしまう。アズダブ討伐の指令を受けた冴島雷牙は、元老院からの遣いが強力な魔導具を持って自分を訪ねて来ると知るが…。
石板に封じ込められていた9体のホラー。それは、古の魔獣・エイリスを封印するために必要な礎だった。9体のいずれかに潜んでいるというエイリスを探すべく行動を開始する雷牙とマユリ。一方、ホラー・エクスタ（羽野晶紀）は様々なものに姿を変えて人間を襲っていた。そこに謎の青年・クロウが現れて…。
死をモチーフとする芸術家の常盤エリナ（佐伯日菜子）は、本当の死を求めて男を殺害、ホラー・サキュバスに憑依されてしまう。多様な死を探すエリナはマユリに興味を持ち、自身の温室へと誘う。マユリとホラーが接触したと知る雷牙だったが、マユリ奪還よりもホラー殲滅が重要であるとジイルに告げられてしまい…。
寂れた映画館の映写技師であるハリマ（きたろう）は、ホラー映画を極度に敬愛していた。ある日、若社長からホラー映画を馬鹿にされた挙げ句、映画館の閉館を告げられ憤るハリマに古いフィルムが語りかけてくる。ホラー出現を知った雷牙が駆けつけると、そこは数々のホラー映画を模した不思議な空間であり…。
人は死んだ後に星となって輝くと妄想するルーク（セイン・カミュ）は、殺人を犯してホラー・ステラスに憑依されてしまう。願いをかける人々の前に現れ、次々と星に変えていくルーク。元老院からの正式な命令により、雷牙のパートナーとして共に戦うこととなったクロウは、早速ステラスの捜索を開始するが…。
雷瞑館の片付けをしているゴンザだったが、懐かしい品の数々に作業が進まない。その中にある歪な形の風鈴。それは幼い雷牙が自分で作ったものだった。下町で風鈴屋を営むシマダ（松方弘樹）は、美人画の絵付けを得意とする職人。あるとき、亡き息子・テツヤへ想いを馳せていると、不気味な声が語りかけてきて…。
武道場でグラウ竜の牙を相手に鍛錬を続ける雷牙。ところが突然、グラウ竜の牙が生物のように変化して襲いかかる。原因は雷牙の身体に溜まったホラーの邪気。浄化のために英霊の塔へと向かう雷牙を森の中から見つめる怪しい気配。その正体は黄金騎士を付けねらう執念の魔獣・ザジ（声：天野ひろゆき）だった。
人生に絶望し、樹海で自殺を試みるサラリーマンのオオタカ。しかし、そこにあるはずのない民家が出現し、中には温かい家族の団欒が。家族の長・イチロウ（ガッ石松）は優しくオオタカを招き入れる。イチロウ一家から客人としてもてなしを受け、心が穏やかになったオオタカだったが、用意された鍋の蓋を開けると…。
大学生のミキモト（柄本時生）は、道端に倒れている若い女性を発見、介抱するためにサークルの部室へと運び込む。何らかの原因で意思表示出来なくなった女性の面倒を見続けることとなる。一方、ホラー・リザリー出現の知らせを受ける雷牙。リザリーには憑依してもすぐには完全体にならないという特徴があり…。
ある朝、ホラー・グランダの討伐を命じられる雷牙。グランダは出現場所こそ特定されているが、出現時間までは不明という特殊なホラー。明朝まで雷瞑館に戻れないと考えた雷牙は、ゴンザに休暇を与える。突然の休日をどう過ごして良いか困り果てるゴンザだったが、昔なじみのアンナ（松坂慶子）と会うことになり…。
過去の栄光に縋る売れない漫画家のカワバタセイジ（石井正則）は、ホラー・カリカジュアンに憑依されてしまい、人気漫画家を喰らうことでアイデアや画風を取得していく。ある日、漫画雑誌を手にした雷牙とマユリは、そこに描かれている旧魔界文字に驚く。その漫画こそカワバタの描いた人気作『マカイキング』だった。
田舎町に暮らす翻訳家のカリナ（我妻三輪子）は、帰り道に不思議な白いタマゴを拾う。タマゴはいつの間にか成長し、ヒナの様な小さな生物となる。ヒナと暮らす様になるカリナだったが、いくつかの異変が起こり始める。あるとき、亡くなったおじいちゃん・シュウジ（ミッキー・カーチス）のことが何故か思い出されて…。
月光の儀に参加するため、独り山道を行くクロウ。偶然出会った雷牙とマユリも同行することとなる。月光の儀とは、魔戒剣を浄化するためのもので、クロウと同じ影の魔戒騎士たちが集うのだと言う。一方、祠の中で月光の儀の準備を進めるゲント、シズル、ナユタたちだったが、浄化に必要な井戸に異変が現れて…。
ホラー・イドラ（安藤遥）の中にエイリスの種を発見するマユリ。ガロがイドラを一刀両断するが、エイリスの種は瞬時に消え去ってしまう。その直後、突然マユリが倒れ込む。マユリの不調を察知したかのように、雷瞑館に現れる魔戒法師の四道（大杉蓮）。四道はマユリの秘密を全て知っていると言うが…。
魔戒通信なる怪しげなマスコミからインタビュー取材を受けることとなったゴンザ。すっかりスター気取りのゴンザは、彼の視点から雷牙やマユリ、クロウのことなどを語る。順調に取材の進む中、インタビュアーの様子がおかしくなり…。
研究所主宰のキエラ（宮地真緒）から、レジャー開発会社のイイダ（石塚義之）たちが招待を受ける。それはキエラの開発した至上最強の絶叫マシーン試乗会だった。何の変哲もない箱の中で繰り広げられる恐ろしい体験の数々。すっかり気に入ったイイダたちは、1週間後に試乗イベントの開催を約束するが…。
リビングで眠っている雷牙。見ている夢は少年時代の記憶だった。独りで修行をしている10歳の雷牙は、未熟が故に怪我をしてしまう。怪我をものともしない雷牙だったが、アカリ（吉井怜）と名乗る女性が現れ、傷の手当をしてくれる。その夜、眠っている雷牙を何故かザルバが起きる様に促して…。
魔戒騎士イズモの前に現れた一人の女。それは、魔戒法師の媚空（秋元才加）であった。闇に堕ち、ホラー・ラテルに憑依されたイズモと戦う媚空。一方、ラテル出現を知る雷牙であったが、あくまでも媚空に協力してラテルを討伐せよと厳命される。媚空と対面する雷牙、マユリ、クロウ。しかし、媚空はクロウを挑発して…。
とある会社の会議室に突如として現れたオーケストラの一団。指揮者ヨハン（ROLLY）のもと、会社員の男に合わせた楽曲を演奏し始める。思わず聴き入ってしまう男だったが、楽譜に変えられヨハンに喰われてしまう。ホラー・アビスコア出現の知らせを受けた雷牙は、ヨハンが残したコンサートの招待状を受け取るが…。
深夜、車の前に飛び出してくる制服姿の少女・サキ（桑江咲菜）。運転手の顔が恐怖に変わる。車の前にそびえたっていたのは不気味な巨人だった。翌日、陰我の宿るオブジェを封印していたクロウに巨偶ホラー・ドゥオクト殲滅の指令書が届く。ドゥオクトと対峙したクロウは、その体内から響く謎の声を聴いて…。
剣を振るい、命乞いをする男を躊躇いもなく斬るマトウ（渡辺大）。その手は幼い女の子・アイと繋がれていた。ホラーと対決する雷牙の前に現れたマトウは、ホラー狩りに協力すると宣う。断る雷牙をあざ笑うかの様に姿を変えるマトウ。それは魔戒騎士の鎧の様で…。
石板を破壊し、エイリスの封印を解いた法衣の男。だが男の真意は不明のまま。青の番犬所で男に関する情報を得た雷牙は、ジイル（護あさな）にある願いを伝えるのだが…。
捕らえられたマユリ（石橋菜津美）を解放すべく、雷牙とクロウは戦いに挑む。そしてついにエイリスの封印が解かれた理由が明かされる。一方、目覚めたエイリスがマユリに迫っていた…。
開花の場所を探し“慟哭の湖”を目指すエイリス。雷牙はついにエイリスと対峙するが…。
開花が始まってしまったエイリス。雷牙のために戦い続けるマユリとクロウ。光を取り戻せ雷牙！ 邪悪の花を散らせ、ガロ！
