ローマ法王への謁見を果たした少年たちは、ふたたび船に乗り帰路についた。インドのゴアでは、彼らを送り出した巡察師ヴァリニャーノに再会する。しかし、少年たちを待つ日本では、バテレン追放令を出した秀吉により、キリスト教徒への弾圧が激しさを増していた。
