Having discovered an abandoned base on Mars, the Zentradi set up a trap for the Macross. The ship already far off the intended course for Earth, makes a stop on Mars for much needed supplies. Driven by personal considerations, Misa requests permission to inspect the base for the origin of an emergency signal. The Zentradi spring their trap, pinning the Macross to the surface. Misa is forced to blow up the base's underground nuclear reactor to release the Macross. Hikaru is sent to rescue her after she finds Herself trapped in the doomed base.
Après plusieurs mois de combats, le Macross arrive sur Mars. Détectant une base abandonnée à la surface de la planète, l'équipage du navire part à terre pour recueillir des fournitures indispensables. Quamzin Kravshera, un commandant brillant mais instable Zentradien, s'attaque au Macross. Pendant ce temps, Misa enquête sur un signal d'urgence à partir de la base.
地球への帰還途中だったマクロスは、攻撃によってその進路を大幅にずらされてしまった。そして、ゼントラーディ軍のカムジンは廃棄された火星基地からニセのメッセージをマクロスに送り、火星にマクロスをおびき寄せる作戦を立てた。補給にも好都合だったため、火星に降り立つマクロス。未沙は、火星に向かったかつての恋人･ガイバーの影を求めて火星基地をさまようのだった。
