In 1999, a giant alien spacecraft crash-lands on South Ataria Island. Humanity proceeds to attempt to rebuild this marvel, but political conflicts centered around the "Macross" result in a global war. After 10 years, the "Unification Wars" are finally over, the new Earth United Nations Government is in power, and work on the Macross is complete. On the day of the launching ceremony, its main cannon fires on its own, destroying an alien spacecraft. This fateful day marks the beginning of the war between the humans on the Macross and the Zentradi, a race of humanoid aliens of giant proportions.
En 1999, un vaisseau alien s'écarse sur l'île d'Atalie du Sud. L'humanité sait maintenant qu'elle n'est pas seule dans l'univers. 10 ans plus tard le vaisseau a été réparé et baptisé SDF-1 Macross. Néanmoins, le jour du lancement, les Zentradiens arrivent sur Terre, débutant ainsi le guerre entre l'UN Spacy et les Zentradien, guerre qui changera pour toujours l'histoire des 2 espèces.
民間人のパイロット、一条輝は先輩･フォッカーに会うために進宙式にやってきた。その時、マクロスに仕掛けられたブービートラップが作動。ゼントラーディ軍は、10年前に撃墜した艦であることを知り、攻撃を掛けてきたのだ。輝は戦闘中、バルキリーVT102を操縦することになったが撃墜され、バトロイド型に変形して街になんとか不時着するが……。
