La storia è ambientata nel 2059, cinque decenni dopo il conflitto della Prima Guerra Spaziale visto nella prima storia di Macross. In Macross Frontier, la 25a flotta di colonizzazione a lunga distanza della Nuova Classe Macross, sta viaggiando attraverso la galassia verso un nuovo paradiso da chiamare casa. Tuttavia, è bloccata in guerra con uno strano nemico chiamato Vajra. Ozma Lee, il leader dell'S.M.S. Skull Team, che sta combattendo il Vajra in prima linea, un giorno incontra una misteriosa forma di vita, diversa persino dal Vajra. Questa misteriosa forma di vita lascia una cassetta VHS con all'interno le immagini della flotta di colonizzazione di Macross 7 con Ozma, Ranka e Sheryl.
L'histoire se déroule en 2059, cinq décennies après le conflit de la Première Guerre Spatiale présenté dans la première histoire de Macross. Dans Macross Frontier, la 25e flotte de colonisation à longue distance de la Nouvelle Classe Macross voyage à travers la galaxie vers un nouveau paradis qu'ils espèrent appeler chez eux. Cependant, la flotte se retrouve bloquée dans une guerre contre un étrange ennemi nommé Vajra. Ozma Lee, le leader de l'équipe S.M.S. Skull, qui combat les Vajra en première ligne, rencontre un jour une forme de vie mystérieuse, différente même des Vajra. Cette forme de vie mystérieuse laisse une cassette VHS contenant des images de la flotte de colonisation Macross 7, avec Ozma, Ranka et Sheryl.
