La storia è ambientata nel 2059, cinque decenni dopo il conflitto della Prima Guerra Spaziale visto nella prima storia di Macross. In Macross Frontier, la 25a flotta di colonizzazione a lunga distanza della Nuova Classe Macross, sta viaggiando attraverso la galassia verso un nuovo paradiso da chiamare casa. Tuttavia, è bloccata in guerra con uno strano nemico chiamato Vajra. Ozma Lee, il leader dell'S.M.S. Skull Team, che sta combattendo il Vajra in prima linea, un giorno incontra una misteriosa forma di vita, diversa persino dal Vajra. Questa misteriosa forma di vita lascia una cassetta VHS con all'interno le immagini della flotta di colonizzazione di Macross 7 con Ozma, Ranka e Sheryl.
