In Anknüpfung an den letzten Film macht Ranka immer mehr Karriere als Sängerin, während sich Sheryls Gesundheit immer mehr verschlechtert. Zur gleichen Zeit versucht eine Gruppe von Seperatisten die Vajra zu kontrollieren, indem sie hinterhältig die Fähigkeiten der beiden Sängerinnen ausnutzt. Während sich die gesamte Macross Frontier nicht nur den Vajra sondern nun auch den Seperatisten gegenüber sieht, entscheidet sich Pilot Alto endlich zwischen Ranka und Sheryl.
A theatrical version (second half) of the Macross Frontier television anime series.
TV 애니메이션 시리즈는 ‘노래, 삼각관계 드라마, 로보트로 변하는 전투기’라고 하는 3개 요소를 중심으로 하여 1982년부터 계속해서 만들어졌다. 본 작품은 TV 시리즈의 최신작 를 바탕으로 만든 영화 2부작 중 후편으로 이야기의 완결편이기도 하다. 무대는 은하계를 돌아다니는 이민선단 마크로스 프론티어. 파일럿인 소녀 아르토는 선단을 공격하는 미지의 생명체 바주라와 싸운다. 아르토는 스타가 되기를 꿈꾸는 소녀 랑카 리와 톱싱어 쉐릴에게 끌린다. 이윽고 두 사람의 노래와 바주라 사이에 숨겨진 비밀이 밝혀져 간다. 스피디한 전투 장면과 화려한 가희들의 무대는 눈길을 사로잡고, 메카닉과 미소녀의 매력에 아름다운 음악이 합쳐져 화려한 볼거리를 선사한다.